[日本語] English
万見
- PDB-5fay: Y208F mutant of choline TMA-lyase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fay
タイトルY208F mutant of choline TMA-lyase
要素Choline trimethylamine-lyase
キーワードLYASE / mutant / radical
機能・相同性
機能・相同性情報


choline trimethylamine-lyase / choline trimethylamine lyase activity / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / choline binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline trimethylamine-lyase / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. ...Choline trimethylamine-lyase / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / MALONATE ION / Choline trimethylamine-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Funk, M.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)0645960 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis of C-N Bond Cleavage by the Glycyl Radical Enzyme Choline Trimethylamine-Lyase.
著者: Bodea, S. / Funk, M.A. / Balskus, E.P. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Choline trimethylamine-lyase
B: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,33616
ポリマ－183,1402
非ポリマー1,19614
水42,6782369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area49930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.941, 228.941, 78.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-179-

LYS

21A-1189-

HOH

31A-1691-

HOH

41A-2123-

HOH

51A-2236-

HOH

61B-1894-

HOH

71B-1937-

HOH

81B-1955-

HOH

詳細Size exclusion chromatography

-
要素

#1: タンパク質 Choline trimethylamine-lyase


分子量: 91570.125 Da / 分子数: 2 / 変異: Y208F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)
株: G20 / 遺伝子: Dde_3282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q30W70, choline trimethylamine-lyase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 % / 解説: Crystals were rod-like and grew within 7 days.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein at 8 mg/mL in buffer containing 50 mM potassium phosphate pH 8.0, 50 mM potassium chloride, and 10 mM choline was mixed in a 1:1 ratio with well solution containing 1.0-1.2 M sodium malonate pH 7.0-8.0.
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 163497 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau


解像度: 1.901→49.48 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 4901 3 %
Rwork0.1589 --
obs0.16 163402 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12483 0 80 2369 14932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92517770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.244881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042327
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8968-0.44730.34070.9476-0.68161.2796-0.0899-0.2036-0.03180.13120.03790.00460.1797-0.2490.03360.3474-0.09610.04060.1719-0.01110.2045-56.161-74.064528.1611
20.31770.03540.13230.4199-0.06020.883-0.01070.038-0.0884-0.0640.00530.04970.4772-0.38090.0120.3728-0.13440.01610.2061-0.01890.2312-57.4479-78.77789.2795
30.227-0.26110.20840.3484-0.38861.6385-0.0642-0.04790.00560.09810.02680.01390.0854-0.27130.04730.1727-0.05490.01530.177-0.02590.2064-55.5661-57.848223.1113
40.71040.0731-0.05920.5703-0.07790.72920.0119-0.0682-0.0690.0743-0.0293-0.02720.2592-0.01180.01820.2719-0.02310.01570.12340.00640.2024-39.1833-71.650228.8701
51.0951-0.7888-0.47011.45130.61251.30640.07130.163-0.0727-0.1725-0.0821-0.1030.24260.02270.01530.2776-0.01060.02860.14050.00690.209-35.5402-73.223-2.0361
61.029-0.80770.09061.5327-0.00740.56640.08170.175-0.1291-0.3003-0.0941-0.14470.39970.12750.01280.45360.05780.05910.2241-0.01220.2803-25.2975-83.0436-2.317
70.78350.0595-0.22110.73910.00140.67030.025-0.0307-0.15260.0197-0.0871-0.0950.53820.18180.02870.54130.04010.04140.11130.0190.3035-28.0167-88.245216.5236
80.5708-0.2461-0.02680.3660.02860.7477-0.0203-0.01780.06080.00310.008-0.0986-0.10020.4096-0.0230.1356-0.03280.0190.3622-0.010.22374.3382-34.6233-1.1504
91.5410.1614-0.16131.1818-0.17440.96650.04480.01970.10160.03190.0231-0.1084-0.35440.2767-0.05680.2044-0.0626-0.00190.209-0.0330.1905-10.0426-20.999210.7848
101.1121-0.7958-0.31290.79670.29040.7530.10860.1657-0.0171-0.0908-0.06180.0173-0.00710.1802-0.05840.135-0.01420.00540.18470.00520.1429-11.3689-39.6808-11.6665
110.57460.0348-0.13810.4299-0.06751.0466-0.0183-0.018-0.06130.00120.0179-0.07540.14610.31170.00750.14570.05870.00450.2705-0.00460.1909-1.2429-52.87983.2213
120.3903-0.04220.34440.1444-0.0992.6631-0.0158-0.07120.01450.0624-0.00860.0224-0.0669-0.01280.02750.13010.00610.00710.1584-0.00190.1722-18.3496-36.675423.462
130.4676-0.17520.45340.4127-0.13622.41510.0032-0.0696-0.00730.07240.0171-0.0008-0.00280.2005-0.02290.15620.01160.01190.21780.00060.1995-13.01-42.153435.443
140.7422-0.2005-0.20641.6080.1950.80630.0018-0.0994-0.08310.08350.0249-0.19360.18490.3192-0.03410.1860.0606-0.01930.30660.02260.1933-3.1052-53.843729.0796
151.43330.8382-0.25891.863-0.09631.11710.0414-0.0686-0.00410.0926-0.0202-0.2691-0.03670.5404-0.03060.19650.0432-0.00280.511-0.01110.24928.9034-46.291723.4186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 67:110 )B67 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 111:207 )B111 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 208:285 )B208 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 286:505 )B286 - 505
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 506:626 )B506 - 626
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 627:709 )B627 - 709
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 710:846 )B710 - 846
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 44:161 )A44 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 162:207 )A162 - 207
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 208:285 )A208 - 285
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 286:505 )A286 - 505
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 506:626 )A506 - 626
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 627:709 )A627 - 709
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 710:787 )A710 - 787
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 788:846 )A788 - 846

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る