PDB-5faw: T502A mutant of choline TMA-lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5faw

タイトル

T502A mutant of choline TMA-lyase

要素

Choline trimethylamine-lyase

キーワード

LYASE / mutant / radical

機能・相同性

機能・相同性情報

choline trimethylamine-lyase / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / choline binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.852 Å

データ登録者

Funk, M.A. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis of C-N Bond Cleavage by the Glycyl Radical Enzyme Choline Trimethylamine-Lyase.
著者: Bodea, S. / Funk, M.A. / Balskus, E.P. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2015年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5faw.cif.gz	948.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5faw.ent.gz	793.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5faw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5faw_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5faw_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	5faw_validation.xml.gz	78.9 KB	表示
CIF形式データ	5faw_validation.cif.gz	126 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5faw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5faw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fauSC 5favC 5fayC 5kdpC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fav-d 5fay-d 5kdp-d 5a0u-1 6vue-d 5ymr-1 6a0r-1 7k11-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Choline trimethylamine-lyase

B: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.569, 229.569, 78.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1219- HOH
2	1	A-1657- HOH
3	1	A-2073- HOH
4	1	A-2231- HOH
5	1	B-1909- HOH
6	1	B-1949- HOH
7	1	B-1968- HOH

詳細

Size exclusion chromatography

#1: タンパク質	Choline trimethylamine-lyase 分子量: 91556.102 Da / 分子数: 2 / 変異: T502A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio alaskensis (バクテリア) 株: G20 / 遺伝子: Dde_3282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q30W70, choline trimethylamine-lyase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 % / 解説: Crystals were rod-like and grew within 7 days.
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Protein at 8 mg/mL in buffer containing 50 mM potassium phosphate pH 8.0, 50 mM potassium chloride, and 10 mM choline was mixed in a 1:1 ratio with well solution containing 1.0-1.2 M sodium malonate pH 7.0-8.0. PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 177264 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / R_sym value: 0.154 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau

解像度: 1.852→49.483 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	5327	3.01 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1747	177264	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.852→49.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12674	0	58	2374	15106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	17702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.251	4863
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1891
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2315

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8516-1.8726	0.2132	100	0.2596	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8726-1.8947	0.3299	307	0.2539	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8947-1.9178	10000000	0	0.2462	5873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9178-1.9421	0.2775	410	0.2399	5426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9421-1.9676	10000000	0	0.2289	5856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9676-1.9946	0.2346	395	0.2291	5425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9946-2.0231	0.4203	15	0.2188	5863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0231-2.0533	0.208	56	0.2196	5770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0533-2.0853	0.2303	354	0.2076	5507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0853-2.1195	10000000	0	0.2125	5870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1195-2.1561	0.2362	410	0.2005	5435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1561-2.1953	10000000	0	0.2028	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1953-2.2375	0.2357	410	0.2009	5479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2375-2.2832	10000000	0	0.198	5834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2832-2.3328	0.2018	42	0.1944	5853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3328-2.3871	0.2288	368	0.1862	5533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3871-2.4468	10000000	0	0.1849	5858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4468-2.5129	0.2037	410	0.1802	5472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5129-2.5869	10000000	0	0.1833	5902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5869-2.6704	0.2243	410	0.187	5492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6704-2.7658	10000000	0	0.1838	5912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7658-2.8765	0.1349	42	0.1809	5872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8765-3.0074	0.2245	368	0.1756	5543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0074-3.166	10000000	0	0.1655	5953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.166-3.3643	0.193	410	0.1565	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3643-3.624	10000000	0	0.1459	5963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.624-3.9885	0.1638	410	0.1334	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9885-4.5653	10000000	0	0.1209	6004	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5653-5.7504	0.1746	410	0.1274	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7504-49.5005	10000000	0	0.1394	6303	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4335	-0.1422	-0.3112	0.5518	-0.2638	0.6597	-0.0424	0.0137	-0.0987	0.0294	-0.0064	0.054	0.3792	-0.3801	-0.0001	0.3758	-0.1606	0.0109	0.132	-0.0093	0.19	-57.1576	-77.1498	16.9162
2	0.2535	-0.3499	0.2338	0.527	-0.3492	1.5583	-0.0665	-0.0446	0.0251	0.1156	0.0337	0.0099	0.0511	-0.2913	0.0447	0.152	-0.0547	0.0118	0.1534	-0.0166	0.1621	-55.8093	-58.1142	23.0182
3	0.4342	-0.0843	-0.0995	0.3965	0.011	1.0506	-0.0056	0.0186	-0.0785	-0.0045	-0.0217	-0.0662	0.4267	0.0616	0.017	0.336	0.0149	0.0119	0.0697	0.0039	0.1966	-33.8626	-77.9436	14.6226
4	0.3424	-0.0731	-0.0167	0.128	-0.0615	0.7158	0.0313	0.0217	0.0763	-0.0083	0.0029	-0.0677	-0.4235	0.5374	-0.0453	0.0567	-0.1104	0.0113	0.4109	-0.0294	0.2489	-0.1655	-30.7437	2.4375
5	0.8912	-0.8391	-0.3565	0.8011	0.277	0.5396	0.1344	0.1742	-0.0039	-0.1229	-0.0671	0.0142	-0.0318	0.2427	-0.0723	0.1225	-0.0216	0.0085	0.2068	0.0001	0.1836	-11.5961	-39.897	-11.613
6	0.4747	0.0278	-0.0441	0.4233	0.0059	0.7746	-0.0126	0.0114	-0.0231	-0.008	0.0433	-0.0571	0.1387	0.3632	-0.0147	0.1084	0.0687	0.0038	0.3185	-0.0137	0.1929	-1.4133	-53.1807	3.1898
7	0.3264	-0.0529	0.1906	0.1954	-0.1482	2.0934	0.0095	-0.0643	0.0153	0.0746	0.0157	0.0065	-0.0641	0.1632	-0.0286	0.1029	0.0019	0.0008	0.1617	-0.0159	0.195	-15.9258	-39.0505	28.7129
8	0.8479	0.071	-0.1393	0.5241	-0.0064	0.6101	0.003	-0.0833	-0.0394	0.0402	0.0373	-0.1622	0.1387	0.4963	-0.0154	0.1386	0.0813	-0.0239	0.4283	-0.0243	0.2197	2.7	-51.5207	25.6468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 41 through 207 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 208 through 285 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 286 through 846 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 44 through 207 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 208 through 285 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 286 through 505 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 506 through 719 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 720 through 846 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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