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- PDB-5fa5: Crystal Structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and H4 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fa5
タイトルCrystal Structure of PRMT5:MEP50 in complex with MTA and H4 peptide
要素
  • Histone H4
  • Methylosome protein 50
  • Protein arginine N-methyltransferase 5
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / Methyl Transferase / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H4R3 methyltransferase activity / : / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / E-box binding / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ribonucleoprotein complex binding / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / liver regeneration / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / regulation of signal transduction by p53 class mediator / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / methyltransferase activity / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Regulation of TP53 Activity through Methylation / circadian regulation of gene expression / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA-templated transcription termination / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / protein polyubiquitination / structural constituent of chromatin / p53 binding / transcription corepressor activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Hnrnp arginine n-methyltransferase1 / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Vaccinia Virus protein VP39 / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Distorted Sandwich / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Histone H4 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Sprague, E.R. / McNamara, J.T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Disordered methionine metabolism in MTAP/CDKN2A-deleted cancers leads to dependence on PRMT5.
著者: Mavrakis, K.J. / McDonald, E.R. / Schlabach, M.R. / Billy, E. / Hoffman, G.R. / deWeck, A. / Ruddy, D.A. / Venkatesan, K. / Yu, J. / McAllister, G. / Stump, M. / deBeaumont, R. / Ho, S. / ...著者: Mavrakis, K.J. / McDonald, E.R. / Schlabach, M.R. / Billy, E. / Hoffman, G.R. / deWeck, A. / Ruddy, D.A. / Venkatesan, K. / Yu, J. / McAllister, G. / Stump, M. / deBeaumont, R. / Ho, S. / Yue, Y. / Liu, Y. / Yan-Neale, Y. / Yang, G. / Lin, F. / Yin, H. / Gao, H. / Kipp, D.R. / Zhao, S. / McNamara, J.T. / Sprague, E.R. / Zheng, B. / Lin, Y. / Cho, Y.S. / Gu, J. / Crawford, K. / Ciccone, D. / Vitari, A.C. / Lai, A. / Capka, V. / Hurov, K. / Porter, J.A. / Tallarico, J. / Mickanin, C. / Lees, E. / Pagliarini, R. / Keen, N. / Schmelzle, T. / Hofmann, F. / Stegmeier, F. / Sellers, W.R.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4374
ポリマ－116,1403
非ポリマー2971
水3,027168
1
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,75016
ポリマ－464,56012
非ポリマー1,1894
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area35850 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area136010 Å2
手法PISA
2
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,8758
ポリマ－232,2806
非ポリマー5952
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area14160 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area71770 Å2
手法PISA
3
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
C: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,8758
ポリマ－232,2806
非ポリマー5952
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area13950 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area71980 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area37600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.050, 137.850, 178.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs


分子量: 74281.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21
参照: UniProt: O14744, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, EC: 2.1.1.125
#2: タンパク質 Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50


分子量: 39857.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q9BQA1
#3: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 2001.370 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA binding residues 2-21 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#4: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 20-28% PEG 3350, 2 mM 5-deoxy-5-(methylthio)adenosine, 1 mM H4 peptide (1-20)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→89.22 Å / Num. obs: 53238 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 56.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 357014
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.34-2.76.80.5523.1125363184610.9350.228100
4.68-89.226.30.03245.74327569150.9990.01499.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GQB

4gqb


解像度: 2.34→89.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9334 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9044 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.231 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 2625 4.93 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1792 53238 99.83 %-
原子変位パラメータBiso max: 161.81 Å2 / Biso mean: 64.79 Å2 / Biso min: 29.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.6318 Å20 Å20 Å2
2--6.7528 Å20 Å2
3---14.879 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→89.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7353 0 31 168 7552
Biso mean--57.26 52.08 -
残基数----926
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2554SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1090HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7569HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion968SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8368SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7569HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10307HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.79
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3062 172 4.52 %
Rwork0.2215 3630 -
all0.2254 3802 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1342-0.1549-0.01540.9715-0.14181.15650.05950.0282-0.0279-0.1363-0.05270.1480.1659-0.2709-0.0069-0.0455-0.028-0.0523-0.0102-0.0035-0.0212-20.4741-76.7707-19.3068
20.8534-0.09380.18711.5353-0.11462.27480.03860.13050.1425-0.3979-0.09080.1487-0.9067-0.39870.05220.34370.3616-0.0502-0.19620.0784-0.2794-28.3115-27.343-37.3866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A13 - 637
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B21 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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