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- PDB-5f94: Crystal structure of GSK3b in complex with Compound 15: 2-[(cyclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f94
タイトルCrystal structure of GSK3b in complex with Compound 15: 2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]-N-(4-methoxypyridin-3-yl)pyridine-4-carboxamide
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GSK3b / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / ER overload response / glycogen metabolic process / establishment of cell polarity / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / canonical Wnt signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of protein binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / mitochondrion organization / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / peptidyl-serine phosphorylation / beta-catenin binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Wnt signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of protein catabolic process / p53 binding / kinase activity / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UO / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Kish, K. / Luo, G. / Dubowchick, G.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Isonicotinamides as Highly Selective, Brain Penetrable, and Orally Active Glycogen Synthase Kinase-3 Inhibitors.
著者: Luo, G. / Chen, L. / Burton, C.R. / Xiao, H. / Sivaprakasam, P. / Krause, C.M. / Cao, Y. / Liu, N. / Lippy, J. / Clarke, W.J. / Snow, K. / Raybon, J. / Arora, V. / Pokross, M. / Kish, K. / ...著者: Luo, G. / Chen, L. / Burton, C.R. / Xiao, H. / Sivaprakasam, P. / Krause, C.M. / Cao, Y. / Liu, N. / Lippy, J. / Clarke, W.J. / Snow, K. / Raybon, J. / Arora, V. / Pokross, M. / Kish, K. / Lewis, H.A. / Langley, D.R. / Macor, J.E. / Dubowchik, G.M.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3124
ポリマ－79,6882
非ポリマー6252
水68538
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1562
ポリマ－39,8441
非ポリマー3121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1562
ポリマ－39,8441
非ポリマー3121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.000, 82.910, 177.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 39843.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3UO / 2-[(cyclopropylcarbonyl)amino]-N-(4-methoxypyridin-3-yl)pyridine-4-carboxamide


分子量: 312.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Crystals grown in the presence of 25% PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→177.35 Å / Num. obs: 42664 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 12.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→44.337 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 2146 5.05 %
Rwork0.1887 --
obs0.1906 42491 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→44.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5231 0 46 38 5315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1937434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5361943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007987
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5098-2.56820.3571420.30172608X-RAY DIFFRACTION99
2.5682-2.63240.31551450.28852624X-RAY DIFFRACTION100
2.6324-2.70360.32031390.26552676X-RAY DIFFRACTION99
2.7036-2.78310.3021330.26062658X-RAY DIFFRACTION100
2.7831-2.8730.29771520.23832663X-RAY DIFFRACTION100
2.873-2.97560.28691350.24162643X-RAY DIFFRACTION100
2.9756-3.09470.28851440.22632689X-RAY DIFFRACTION100
3.0947-3.23550.28661250.22862654X-RAY DIFFRACTION100
3.2355-3.40610.2381480.22232675X-RAY DIFFRACTION100
3.4061-3.61940.26261120.20292740X-RAY DIFFRACTION100
3.6194-3.89870.2191390.17062690X-RAY DIFFRACTION100
3.8987-4.29070.19661520.16182693X-RAY DIFFRACTION100
4.2907-4.91090.17871600.13542715X-RAY DIFFRACTION100
4.9109-6.18460.18411530.16882742X-RAY DIFFRACTION100
6.1846-44.34390.19371670.1642875X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61072.03690.24463.27040.08242.31290.0624-0.2047-0.22760.1922-0.0727-0.00780.1282-0.323-0.01640.3420.0462-0.02440.678-0.03410.3899-26.2303-20.00987.4753
21.4090.3761-0.67351.81780.74632.82430.0123-0.0516-0.0270.0448-0.09080.0174-0.3299-0.14830.07690.41550.0699-0.03950.5738-0.00880.3434-18.7996-0.52096.6998
36.1317-1.4005-3.54985.6312-0.66166.3832-0.7068-0.04840.1716-0.41790.0880.604-0.9963-0.69410.49530.94880.18-0.25490.79320.11480.8781-21.113119.390814.116
42.0201-0.4618-0.5572.54891.66763.90330.04640.26810.034-0.39670.0829-0.1067-0.5880.2438-0.13990.5266-0.0076-0.00780.70640.07870.3966-12.7362.0047-6.1462
52.99111.3928-1.16712.95570.80423.05360.13-0.1358-0.0021-0.08860.0272-0.3177-0.42440.4499-0.10650.451-0.0077-0.02530.5921-0.04650.3834-0.309911.171635.7136
61.787-0.141-0.42512.13970.04093.7749-0.1337-0.02380.0703-0.07920.08950.0202-0.1711-0.27810.04770.48920.0534-0.0170.5858-0.04980.3542-17.93494.946436.524
72.0008-1.0445-0.8535.3697-1.12464.85050.06450.23020.1367-0.0427-0.06710.52930.346-0.3753-0.00060.4749-0.0302-0.03040.7773-0.12990.5267-30.9097-2.618425.5266
81.54110.2517-0.14162.10.14015.5066-0.0876-0.4304-0.1990.49340.07330.08270.4473-0.36920.02120.54720.09790.07380.72510.01920.4541-23.2817-1.328848.6562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 273 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 292 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 293 through 381 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 37 through 154 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 155 through 252 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 253 through 292 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 293 through 385 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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