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- PDB-5f8u: Ligand occupancy in crystal structure of beta1-adrenergic recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f8u
タイトルLigand occupancy in crystal structure of beta1-adrenergic receptor previously submitted by Huang et al
要素Beta-1 adrenergic receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta1-AR / cyanopindolol
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / early endosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P32 / Beta-1 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Leslie, A.G.W. / Warne, A. / Tate, C.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of oligomeric Beta1-adrenergic G protein-coupled receptors in ligand-free basal state.
著者: Huang, J. / Chen, S. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-1 adrenergic receptor
A: Beta-1 adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0804
ポリマ－71,5052
非ポリマー5752
水00
1
B: Beta-1 adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0402
ポリマ－35,7531
非ポリマー2871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-1 adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0402
ポリマ－35,7531
非ポリマー2871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)229.660, 79.590, 69.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 39 - 359 / Label seq-ID: 9 - 299

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Beta-1 adrenergic receptor / Beta-1 adrenoreceptor / Beta-T


分子量: 35752.598 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-243,272-276,279-367 / 変異: R68S,M90V,Y227A,A282L,F327A,F338MC116L, C358A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
遺伝子: ADRB1 / プラスミド: PVL1393 REMA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P07700
#2: 化合物 ChemComp-P32 / 4-{[(2S)-3-(tert-butylamino)-2-hydroxypropyl]oxy}-3H-indole-2-carbonitrile


分子量: 287.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O2

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.13 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 4GPO.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→67.57 Å / Num. obs: 17463 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 3.35→3.44 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0047精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4gpo

4gpo


解像度: 3.35→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.735 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.689 / SU B: 51.193 / SU ML: 0.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.833 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.38165 677 5 %RANDOM
Rwork0.34442 ---
obs0.34617 12909 76.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.28 Å2
2--1.79 Å2-0 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→67.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4390 0 42 0 4432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.024548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9616210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9983.00210256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2965548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37222.118170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.80615742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2661530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.2327.5892204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.2347.5822203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.4111.352748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.40811.3592749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5348.4152337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.5328.4142338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.59512.3473457
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined25.20372.15720046
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other25.20372.15520047
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17673 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.01 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 3.351→3.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 20 -
Rwork0.332 217 -
obs--18.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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