PDB-5f7r: ROK repressor Lmo0178 from Listeria monocytogenes bound to inducer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f7r

タイトル

ROK repressor Lmo0178 from Listeria monocytogenes bound to inducer

要素

Lmo0178 protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Repressor / open reading frame / kinase / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

D-xylose metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Light, S.H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structure to function of an alpha-glucan metabolic pathway that promotes Listeria monocytogenes pathogenesis.
著者: Light, S.H. / Cahoon, L.A. / Halavaty, A.S. / Freitag, N.E. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月23日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f7r.cif.gz	261.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f7r.ent.gz	210.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f7r_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f7r_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5f7r_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	5f7r_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kmqC 5do8C 5f7pC 5f7qC 5f7sC 5f7uC 5f7vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z4w-d 2zev-d 2z7h-d 2e8t-d 6q27-2 2e94-d 5ero-3 5loa-d 2z4z-d 5ero-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Lmo0178 protein

A: Lmo0178 protein

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.200, 95.064, 117.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 EA

#1: タンパク質

Lmo0178 protein / Rok repressor

分子量: 45094.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0178 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YAF1

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

-
非ポリマー , 5種, 269分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.34 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 9.0 mg/mL protein in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3 against Classics II D6 (Qiagen, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 55352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house structure

解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.098 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20029	2664	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16659	-	-	-
obs	0.1682	52630	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4731	0	61	264	5056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	1.965	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.76	3	10957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.486	5	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.52	25.133	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.913	15	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.465	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.07	1.798	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.069	1.797	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.754	2.684	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.754	2.685	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.454	2.052	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.442	2.05	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.378	2.985	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.263	15.201	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.263	15.206	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	204	-
R_work	0.226	3811	-
obs	-	-	99.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4234	-4.1156	1.0334	6.6942	-1.7118	1.8519	-0.0305	0.0444	0.026	-0.2476	-0.0729	-0.4393	0.1484	0.3517	0.1034	0.0895	0.053	0.0675	0.104	0.0035	0.0964	49.055	79.7687	87.989
2	2.7661	-1.3497	0.5674	5.5647	-1.2226	3.6336	-0.0914	0.2935	-0.2395	-0.3604	0.0625	0.0166	0.2095	0.104	0.0289	0.1528	0.016	0.0494	0.0705	-0.0417	0.0724	44.1167	75.9782	80.9788
3	0.9823	-0.6855	-0.4234	2.3394	0.5832	1.601	-0.0771	-0.0272	-0.147	0.0292	-0.0149	0.1024	0.1777	0.0757	0.092	0.0506	0.0094	0.0399	0.0358	-0.0023	0.0665	35.5462	86.966	95.9077
4	10.0876	0.3158	-1.3832	5.4125	-3.8216	2.8517	0.158	0.4561	0.8211	-0.3213	-0.1797	-0.191	0.113	0.0499	0.0217	0.4918	0.0442	0.0847	0.1726	0.0905	0.2554	39.5486	113.4575	85.5271
5	7.1185	2.0383	-0.2075	6.1114	-1.8553	6.1913	0.17	0.1257	0.2171	-0.3082	-0.1713	-0.6121	-0.3021	0.389	0.0012	0.1216	-0.0726	0.0828	0.106	0.0296	0.1911	47.8025	109.1793	88.4956
6	0.9684	-0.6151	-0.5423	1.59	0.6827	1.9486	-0.0579	-0.2406	0.0473	0.0334	0.1541	-0.2035	0.0698	0.3952	-0.0963	0.0109	0.0112	0.0089	0.1437	-0.0155	0.079	44.1041	95.1455	104.4693
7	2.844	0.4488	-0.7736	1.6854	0.6104	3.3156	-0.131	-0.5427	-0.1368	0.2174	0.0114	0.131	0.3152	0.2531	0.1195	0.0978	0.0898	0.0555	0.1816	0.0722	0.0402	21.5194	97.0404	133.6458
8	11.4701	4.7233	-11.361	5.1721	-2.9824	12.3591	-0.5591	0.2963	-0.8507	0.2588	-0.1629	-0.0285	1.1032	-0.3607	0.722	0.59	0.0484	-0.2036	0.1575	-0.1041	0.6425	16.5009	82.4105	115.5036
9	1.1277	-0.5547	-0.1598	2.267	-0.5081	1.9583	-0.1035	-0.1533	-0.0483	0.0002	0.1026	0.0351	-0.035	0.1145	0.001	0.0439	0.0228	0.0155	0.0534	0.0035	0.0204	24.8185	104.0566	113.0964
10	1.0784	-0.66	-0.2329	2.1772	-0.2135	1.1527	-0.0979	0.0063	-0.0943	0.0366	0.1437	0.2558	-0.132	-0.28	-0.0457	0.0378	0.0396	0.0056	0.1105	0.0217	0.0642	12.7384	106.4081	109.1219
11	1.7802	-0.4263	-1.6983	1.1777	0.6474	5.4584	-0.1737	0.2333	-0.3374	0.0632	-0.0764	0.2532	0.3475	-0.6777	0.25	0.0278	-0.0398	0.0413	0.0935	-0.014	0.1412	15.9265	92.429	110.0505
12	10.4769	-7.327	4.5537	10.4066	-8.4235	7.1789	0.545	-0.3906	-0.3222	-0.6398	-0.0316	0.5667	0.4828	0.1108	-0.5134	0.2316	0.0438	0.0173	0.0792	0.0811	0.2068	22.0708	80.2246	132.2078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	83 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	271 - 287
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	288 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	313 - 391
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	83 - 201
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	202 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	214 - 279
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	280 - 348
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	349 - 386
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	387 - 391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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