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万見
- PDB-5f71: Human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 3 (hTIM-3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f71
タイトルHuman T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 3 (hTIM-3)
要素Hepatitis A virus cellular receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human T-cell immunoglobulin / mucin domain protein 3 / hTIM-3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / toll-like receptor 7 signaling pathway ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of immunological synapse formation / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage activation / anchoring junction / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatitis A virus cellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.404 Å
データ登録者Gao, G.F. / Lu, G. / Wang, H. / Qi, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81590761 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
引用ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of human TIM members: Ebolavirus entry-enhancing receptors
著者: Wang, H. / Qi, J.X. / Liu, N.N.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Source and taxonomy
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6424
ポリマ－24,5962
非ポリマー462
水1,09961
1
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3212
ポリマ－12,2981
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6890 Å2
2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3212
ポリマ－12,2981
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.997, 61.957, 67.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatitis A virus cellular receptor 2 / HAVcr-2 / HAVCR2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3


分子量: 12298.002 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDQ0
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium HEPES at pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97479 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97479 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 9178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 13.301
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.842 / Rsym value: 0.842 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OYP

2oyp


解像度: 2.404→34.81 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 436 4.75 %
Rwork0.2146 --
obs0.2166 9173 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.535 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0682 Å20 Å20 Å2
2--1.5838 Å20 Å2
3----9.652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.404→34.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 2 61 1789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2522408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.573642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4041-2.75180.36111420.27752822X-RAY DIFFRACTION100
2.7518-3.46650.28131420.23422900X-RAY DIFFRACTION100
3.4665-34.81410.21361520.18493015X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0818 Å / Origin y: 5.813 Å / Origin z: 19.1021 Å
111213212223313233
T0.1419 Å2-0.0057 Å20.0137 Å2-0.1389 Å2-0.0248 Å2--0.1422 Å2
L0.9872 °2-0.3011 °20.2494 °2-1.223 °2-0.2397 °2--0.7136 °2
S0.0269 Å °-0.0127 Å °-0.0012 Å °-0.0536 Å °0.0071 Å °-0.0732 Å °0.0407 Å °0.0059 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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