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- PDB-5f6z: Sandercyanin Fluorescent Protein purified from Sander vitreus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6z
タイトルSandercyanin Fluorescent Protein purified from Sander vitreus
要素Sandercyanin Fluorescent Protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Sandercyanin Fluorescent Protein (SFP) / walleye / lipocalin / photo-stability / red fluorescent protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin-like domain / Invertebrate colouration protein / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Sandercyanin Fluorescent Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sander vitreus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.248 Å
データ登録者Ghosh, S. / Yu, C.L. / Ferraro, D. / Sudha, S. / Pal, S. / Schaefer, W. / Gibson, D.T. / Subramanian, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Blue protein with red fluorescence
著者: Ghosh, S. / Yu, C.L. / Ferraro, D.J. / Sudha, S. / Pal, S.K. / Schaefer, W.F. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein
C: Sandercyanin Fluorescent Protein
D: Sandercyanin Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,39912
ポリマ－74,1844
非ポリマー3,2158
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.394, 93.394, 246.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-383-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Sandercyanin Fluorescent Protein


分子量: 18545.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sander vitreus (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1D5B369*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 % / 解説: Blue crystals rectangular in shape
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M sodium acetate, 3M magnesium sulphate hydrate, 20% PEG 8000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0210.979
シンクロトロンAPS 17-ID21.0414, 1.0405, 1.033
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2008年8月15日
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年7月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Au filterSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.04141
31.04051
41.0331
反射解像度: 2.248→19.84 Å / Num. obs: 52052 / % possible obs: 98.63 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 5.86
反射 シェル解像度: 2.248→2.329 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
d*TREK位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.248→19.835 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3116 2000 3.84 %
Rwork0.2369 --
obs0.2398 52045 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.248→19.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5079 0 228 324 5631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2887450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2081988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2483-2.30440.42481390.37223487X-RAY DIFFRACTION98
2.3044-2.36660.43211420.34983568X-RAY DIFFRACTION100
2.3666-2.43610.40241430.33163560X-RAY DIFFRACTION100
2.4361-2.51460.3461430.31263576X-RAY DIFFRACTION100
2.5146-2.60430.38081430.31073567X-RAY DIFFRACTION100
2.6043-2.70830.411420.29933573X-RAY DIFFRACTION100
2.7083-2.83130.36081440.27573606X-RAY DIFFRACTION100
2.8313-2.98010.32881430.25183571X-RAY DIFFRACTION100
2.9801-3.16610.32941440.23543592X-RAY DIFFRACTION100
3.1661-3.40940.28451440.20543616X-RAY DIFFRACTION100
3.4094-3.75040.26781450.18743630X-RAY DIFFRACTION99
3.7504-4.28830.24281460.16753639X-RAY DIFFRACTION99
4.2883-5.38490.24121450.16393650X-RAY DIFFRACTION98
5.3849-19.83550.26881370.21083410X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17950.08260.230.3619-0.13920.4756-0.0964-0.14230.05550.1262-0.0029-0.05350.0442-0.1138-0.00430.15740.03530.00330.25190.01380.2006-2.710621.7368-10.1038
20.2410.0117-0.28770.0086-0.00670.3323-0.0060.0378-0.1161-0.0597-0.070.022-0.1290.052-00.1941-0.0174-0.03140.27580.02020.270512.818141.5588-42.0827
30.40680.4217-0.0480.5092-0.2480.5952-0.08770.14210.04210.0430.1315-0.0775-0.0638-0.06070.0020.1765-0.04540.01740.3356-0.00360.2229-16.467923.1214-42.635
40.3037-0.2072-0.49310.55330.25280.7463-0.03020.0375-0.04830.0236-0.07380.1685-0.278-0.023300.33480.0359-0.070.22120.00350.2518-9.025254.7485-18.1049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 20:185)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 20:185)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 20:185)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 20:185)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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