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- PDB-5f6c: The structure of E. coli RNase E catalytically inactive mutant wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6c
タイトルThe structure of E. coli RNase E catalytically inactive mutant with RNA bound
要素
  • (Ribonuclease ...) x 2
  • RNA (5'-R(P*GP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*G)-3')
キーワードHYDROLASE / ribonuclease / hydrolytic mechanism / regulatory RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing ...regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / protein complex oligomerization / RNA nuclease activity / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / molecular adaptor activity / protein homotetramerization / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease E, catalytic domain / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family ...Ribonuclease E, catalytic domain / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Ribonuclease E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Bandyra, K.J. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust076846/Z/05/A 英国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Substrate Recognition and Autoinhibition in the Central Ribonuclease RNase E.
著者: Bandyra, K.J. / Wandzik, J.M. / Luisi, B.F.
履歴
登録2015年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease E
B: Ribonuclease E
C: RNA (5'-R(P*GP*U)-3')
E: RNA (5'-R(P*GP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,3257
ポリマ－117,2114
非ポリマー1143
水181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area49570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.619, 122.562, 122.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Ribonuclease ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribonuclease E / RNase E


分子量: 57790.805 Da / 分子数: 1 / 変異: D303R,D346R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rne, ams, hmp1, b1084, JW1071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21513, ribonuclease E
#2: タンパク質 Ribonuclease E / RNase E


分子量: 57861.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rne, ams, hmp1, b1084, JW1071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21513, ribonuclease E

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RNA鎖 , 2種, 2分子 CE

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*U)-3')


分子量: 606.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*G)-3')


分子量: 951.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2 and 20% wt/v PEG 8000.
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.001→120.4 Å / Num. obs: 26464 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 14.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.002→54.616 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 1333 5.04 %RANDOM
Rwork0.1748 ---
obs0.1787 26437 99.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.002→54.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7973 111 3 1 8088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0168239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62811157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5856943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.002-3.10930.39931130.30292376X-RAY DIFFRACTION94
3.1093-3.23370.34671210.2532496X-RAY DIFFRACTION100
3.2337-3.38090.31581320.21932548X-RAY DIFFRACTION100
3.3809-3.55910.3221550.22312479X-RAY DIFFRACTION100
3.5591-3.7820.29951340.19192518X-RAY DIFFRACTION100
3.782-4.0740.28521160.17762544X-RAY DIFFRACTION100
4.074-4.48380.23671530.15162497X-RAY DIFFRACTION100
4.4838-5.13220.22461360.14142548X-RAY DIFFRACTION100
5.1322-6.46430.24641370.18082524X-RAY DIFFRACTION100
6.4643-54.62480.17921360.14222574X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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