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万見
- PDB-5f6a: Drosophila Melanogaster Cycle W398A PAS-B with Empty Pocket -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f6a
タイトルDrosophila Melanogaster Cycle W398A PAS-B with Empty Pocket
要素Protein cycle
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / PAS / Glycerol / Clock / BMAL
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulation of cwo gene / Transcription activation by CLK:CYC and repression by VRI / NPAS4 regulates expression of target genes / circadian regulation of heart rate / Circadian Clock pathway / eclosion rhythm / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / Degradation of PER / Degradation of TIM ...Transcription regulation of cwo gene / Transcription activation by CLK:CYC and repression by VRI / NPAS4 regulates expression of target genes / circadian regulation of heart rate / Circadian Clock pathway / eclosion rhythm / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / Degradation of PER / Degradation of TIM / rhythmic behavior / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / aryl hydrocarbon receptor complex / response to starvation / locomotor rhythm / behavioral response to cocaine / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase ...: / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Manahan, C.C. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Drosophila Melanogaster Cycle PAS-B
著者: Manahan, C.C. / Crane, B.R.
履歴
登録2015年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cycle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1071
ポリマ－12,1071
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.999, 44.523, 38.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein cycle / Brain and muscle ARNT-like 1 / BMAL1 / MOP3


分子量: 12106.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cyc, CG8727 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O61734
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 100K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 6663 / % possible obs: 78.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.962 / Net I/av σ(I): 9.476 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 19318
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.93-1.961.60.4861480.5960.3950.6290.64634.7
1.96-21.80.5241800.5610.4270.680.53543.4
2-2.042.10.3962100.6940.290.4930.53449.8
2.04-2.082.30.3482030.790.2560.4340.64949.2
2.08-2.122.40.4042280.760.2820.4950.68854.4
2.12-2.172.50.3722540.4560.2580.4540.89958.5
2.17-2.232.60.3292650.8420.2320.4050.6164.2
2.23-2.292.50.2912880.8660.2090.3610.67268.9
2.29-2.362.60.2613300.9190.1850.3220.59978
2.36-2.432.80.2573350.940.1710.310.64280.3
2.43-2.522.90.2333870.9160.1550.2810.66690.2
2.52-2.622.90.2054060.950.1350.2470.66797.1
2.62-2.7430.1954140.9670.130.2350.64797.6
2.74-2.883.10.164340.9770.1070.1930.68399.5
2.88-3.063.40.1334220.9750.0840.1580.846100
3.06-3.33.40.114250.9830.070.130.903100
3.3-3.633.20.0864220.9850.0570.1030.947100
3.63-4.163.40.0734320.9920.0470.0870.974100
4.16-5.243.30.064300.9920.0380.0711.08599.8
5.24-503.20.0584500.9870.0380.073.037100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.93→34.516 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 665 10 %
Rwork0.2231 5984 -
obs0.2257 6649 78.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.33 Å2 / Biso mean: 32.6755 Å2 / Biso min: 17.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→34.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数852 0 0 29 881
Biso mean---34.77 -
残基数----103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6451176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.747519
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9247-2.07330.3078730.302565572843
2.0733-2.28190.29671040.2732943104762
2.2819-2.6120.28731440.2451305144986
2.612-3.29040.25031710.2241529170099
3.2904-34.52170.22731730.20221552172599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 136.4226 Å / Origin y: 3.8188 Å / Origin z: 51.211 Å
111213212223313233
T0.1532 Å20.0066 Å20.0433 Å2-0.1377 Å2-0.0358 Å2--0.2134 Å2
L0.7649 °20.4339 °20.0223 °2-0.5466 °2-0.2891 °2--1.3566 °2
S0.0977 Å °0.005 Å °0.3146 Å °-0.0761 Å °0.0967 Å °0.0264 Å °-0.1423 Å °0.0463 Å °0.4357 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA310 - 412
2X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 33
3X-RAY DIFFRACTION1allS34 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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