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- PDB-5f5x: Crystal structure of S116A Ba3275 with AMP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5x
タイトルCrystal structure of S116A Ba3275 with AMP bound
要素MccC family protein Ba3275
キーワードHYDROLASE / MccF / serine peptidase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 ...Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / 3-Layer(bba) Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / MccC family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Nocek, B. / Severinov, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ba3275-AMP complex from Bacillus cereus ATCC 10987
著者: Nocek, B. / Severinov, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Structure summary
改定 1.22017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MccC family protein Ba3275
B: MccC family protein Ba3275
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8094
ポリマ－80,1152
非ポリマー6942
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MccC family protein Ba3275
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4052
ポリマ－40,0581
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: MccC family protein Ba3275
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4052
ポリマ－40,0581
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.116, 117.728, 54.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MccC family protein Ba3275


分子量: 40057.504 Da / 分子数: 2 / 変異: P10A, S116A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (バクテリア)
株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: BCE_3281
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q734X3
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Malate pH 5.0 0.15M, Peg 1000 %(w/v), Sodium fluoride 0.004 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月27日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32 Å / Num. obs: 45151 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.006→31.922 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.79 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 3340 5.04 %
Rwork0.2133 --
obs0.2149 66326 92.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.006→31.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5530 0 46 278 5854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7317752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8492130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0059-2.03450.3399560.27361166X-RAY DIFFRACTION31
2.0345-2.06490.2555940.25741518X-RAY DIFFRACTION42
2.0649-2.09710.2954880.25491729X-RAY DIFFRACTION48
2.0971-2.13150.3031240.24611864X-RAY DIFFRACTION51
2.1315-2.16820.26531100.24351920X-RAY DIFFRACTION53
2.1682-2.20770.28971070.22232048X-RAY DIFFRACTION56
2.2077-2.25010.3011960.23362044X-RAY DIFFRACTION57
2.2501-2.2960.25161270.2282176X-RAY DIFFRACTION60
2.296-2.34590.265990.2212223X-RAY DIFFRACTION61
2.3459-2.40050.25211420.21632390X-RAY DIFFRACTION64
2.4005-2.46050.2331410.22012423X-RAY DIFFRACTION68
2.4605-2.5270.25411560.22252570X-RAY DIFFRACTION71
2.527-2.60130.23121450.2192801X-RAY DIFFRACTION76
2.6013-2.68530.23521540.21552792X-RAY DIFFRACTION79
2.6853-2.78120.23821630.22313053X-RAY DIFFRACTION83
2.7812-2.89250.2981600.22263180X-RAY DIFFRACTION86
2.8925-3.0240.25921800.22533207X-RAY DIFFRACTION89
3.024-3.18330.25281770.22383275X-RAY DIFFRACTION91
3.1833-3.38250.26191590.20933358X-RAY DIFFRACTION91
3.3825-3.64340.23191670.19843396X-RAY DIFFRACTION93
3.6434-4.00940.2121810.18743363X-RAY DIFFRACTION94
4.0094-4.58810.2191810.1853487X-RAY DIFFRACTION95
4.5881-5.77490.20351440.19943503X-RAY DIFFRACTION95
5.7749-31.9260.2911890.24143500X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13460.2467-0.51082.1166-0.6040.9370.0152-0.11280.02230.1386-0.03630.0986-0.03730.10180.01180.1699-0.0122-0.00430.2050.00240.17340.09525.71999.5801
21.1476-0.066-0.20670.13750.12390.81390.00740.0058-0.20840.0406-0.00830.08840.228-0.12360.0540.2829-0.04010.00640.1771-0.00260.2982-1.7431-8.6285-4.0694
32.15410.3873-0.32082.2480.11251.8799-0.0052-0.0053-0.1752-0.0907-0.0614-0.06150.03130.07420.0620.1470.00670.01890.1710.00440.185715.043-1.8284-6.4801
42.0245-0.0711-1.08022.49640.21183.7197-0.0902-0.02420.05880.10530.0445-0.00310.05890.20280.03370.17710.01-0.02420.1790.02790.160137.253423.8107-22.8585
50.84560.27430.15112.0117-0.07081.03580.02420.03220.0743-0.07860.0372-0.1447-0.05480.1052-0.02830.1565-0.0310.02710.2021-0.00630.170534.982223.0158-22.6415
61.817-1.5734-2.11792.34762.58826.2931-0.06070.2441-0.0504-0.1299-0.17330.2121-0.1575-0.38040.14190.1632-0.0551-0.01280.23870.00020.213517.187932.2343-28.5324
72.00810.1226-0.35241.9833-0.44121.538-0.0077-0.01780.02760.03710.02280.054-0.04860.035-0.01450.1915-0.00060.00940.2118-0.01670.161518.542528.0255-9.6113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 149 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 343 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 29 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 30 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 207 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 208 through 343 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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