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- PDB-5f5w: Crystal structure of the alpha subunit of glycyl tRNA synthetase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5w
タイトルCrystal structure of the alpha subunit of glycyl tRNA synthetase (GlyRS) from Aquifex aeolicus in complex with an analog of glycyl adenylate (Gly-SA)
要素Glycine--tRNA ligase alpha subunit
キーワードLIGASE / class II tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Class II aaRS and biotin synthetases; domain 2 / Glycine-tRNA ligase, alpha subunit / Glycine-tRNA synthetase, heterodimeric / Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / Heterodimeric glycyl-transfer RNA synthetases family profile. / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich ...Class II aaRS and biotin synthetases; domain 2 / Glycine-tRNA ligase, alpha subunit / Glycine-tRNA synthetase, heterodimeric / Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / Heterodimeric glycyl-transfer RNA synthetases family profile. / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(glycylsulfamoyl)adenosine / Glycine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Valencia-Sanchez, M.I. / Torres-Larios, A.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)PDCPN2014-247543 メキシコ
UNAM-PAPIITIN202416 メキシコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Polyphyletic Origins of Glycyl tRNA Synthetases.
著者: Valencia-Sanchez, M.I. / Rodriguez-Hernandez, A. / Ferreira, R. / Santamaria-Suarez, H.A. / Arciniega, M. / Dock-Bregeon, A.C. / Moras, D. / Beinsteiner, B. / Mertens, H. / Svergun, D. / ...著者: Valencia-Sanchez, M.I. / Rodriguez-Hernandez, A. / Ferreira, R. / Santamaria-Suarez, H.A. / Arciniega, M. / Dock-Bregeon, A.C. / Moras, D. / Beinsteiner, B. / Mertens, H. / Svergun, D. / Brieba, L.G. / Grtli, M. / Torres-Larios, A.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32016年7月27日Group: Database references
改定 1.42020年1月15日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
B: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
C: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
D: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
E: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,75810
ポリマ－177,7415
非ポリマー2,0175
水362
1
A: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子

A: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9034
ポリマ－71,0962
非ポリマー8072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
2
B: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
C: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9034
ポリマ－71,0962
非ポリマー8072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
3
D: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
E: Glycine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9034
ポリマ－71,0962
非ポリマー8072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.829, 130.010, 145.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質
Glycine--tRNA ligase alpha subunit / Glycyl-tRNA synthetase alpha subunit / GlyRS


分子量: 35548.191 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: glyQ, aq_945 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67081, glycine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-G5A / 5'-O-(glycylsulfamoyl)adenosine / 5′-O-[(グリシルアミノ)スルホニル]アデノシン


分子量: 403.371 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N7O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: needles
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Drops containing 1 microliter of alpha-AaGlyRS at 15 mg/ml yielded crystals at 18C when mixed with 1 microliter of a reservoir solution containing 30% polyethylene glycol monomethyl ether ...詳細: Drops containing 1 microliter of alpha-AaGlyRS at 15 mg/ml yielded crystals at 18C when mixed with 1 microliter of a reservoir solution containing 30% polyethylene glycol monomethyl ether 2000 and 100 mM potassium thiocyanate. Crystals were soaked for 2 days in a solution containing a final concentration of 28 mM GSAd by mixing 1.3 microliters of the drop containing crystals, 2.5 microliters of reservoir solution and 1.5 microliters of GSAd at 100 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→83.43 Å / Num. all: 47824 / Num. obs: 47824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Aimless0.5.10データスケーリング
MOSFLM7.2.1データ削減
BALBES1.1.5位相決定
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J5W

1j5w


解像度: 2.81→80.166 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 2409 5.05 %random selection
Rwork0.2389 ---
obs0.2396 47741 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→80.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11740 0 135 2 11877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46216572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3364511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0981676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072122
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.86740.3631510.36282607X-RAY DIFFRACTION100
2.8674-2.92970.38761470.3442614X-RAY DIFFRACTION100
2.9297-2.99790.36421270.33722657X-RAY DIFFRACTION100
2.9979-3.07290.34251590.3112619X-RAY DIFFRACTION100
3.0729-3.15590.31981160.3032644X-RAY DIFFRACTION100
3.1559-3.24880.3541440.28312656X-RAY DIFFRACTION100
3.2488-3.35370.30991090.28522657X-RAY DIFFRACTION100
3.3537-3.47350.25411530.27622617X-RAY DIFFRACTION100
3.4735-3.61260.27341530.25172661X-RAY DIFFRACTION100
3.6126-3.7770.26241290.24122655X-RAY DIFFRACTION100
3.777-3.97620.24211350.22762651X-RAY DIFFRACTION100
3.9762-4.22530.22761380.22882683X-RAY DIFFRACTION100
4.2253-4.55150.24841390.21442684X-RAY DIFFRACTION100
4.5515-5.00940.21291570.20212668X-RAY DIFFRACTION100
5.0094-5.73420.19111400.21322709X-RAY DIFFRACTION100
5.7342-7.22370.23281470.21882731X-RAY DIFFRACTION100
7.2237-80.19890.2061650.18862819X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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