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- PDB-5f5v: Crystal structure of the Snu23-Prp38-MFAP1(217-296) complex of Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5v
タイトルCrystal structure of the Snu23-Prp38-MFAP1(217-296) complex of Chaetomium thermophilum
要素
  • Prp38
  • Putative uncharacterized protein
  • Zinc finger domain-containing protein
キーワードSPLICING / B-specific protein / heterotrimer / pre-mRNA splicing / SAH / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type spliceosomal complex / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger ...Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor 38 / Zinc finger domain-containing protein / Micro-fibrillar-associated protein 1 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ulrich, A.K.C. / Seeger, M. / Bartlick, N. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationWA1126/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Scaffolding in the Spliceosome via Single alpha Helices.
著者: Ulrich, A.K.C. / Seeger, M. / Schutze, T. / Bartlick, N. / Wahl, M.C.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prp38
B: Putative uncharacterized protein
C: Zinc finger domain-containing protein
D: Prp38
E: Putative uncharacterized protein
F: Zinc finger domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8936
ポリマ－79,8936
非ポリマー00
水00
1
A: Prp38
B: Putative uncharacterized protein
C: Zinc finger domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9463
ポリマ－39,9463
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Prp38
E: Putative uncharacterized protein
F: Zinc finger domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9463
ポリマ－39,9463
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.810, 84.810, 96.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D
12chain B
22chain E
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLYGLYchain AAA19 - 21922 - 222
21GLYGLYGLYGLYchain DDD19 - 21922 - 222
12THRTHRLYSLYSchain BBB217 - 2785 - 66
22THRTHRALAALAchain EEE217 - 2755 - 63
13THRTHRLYSLYSchain CCC137 - 1579 - 29
23THRTHRLYSLYSchain FFF137 - 1579 - 29

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Prp38


分子量: 25617.205 Da / 分子数: 2 / 断片: NTR / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0013190 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0S1D3
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 10139.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last residue of chain B is modeled as an ALA because only the main chain is visible in the electron density. We are aware that this residue is a LYS.
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0069660 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0SHD7
#3: タンパク質・ペプチド Zinc finger domain-containing protein


分子量: 4189.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035280 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0S6R0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 10 / 詳細: 0.1 M CAPS, pH 10.0, and 30 % (w/v) PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→42.41 Å / Num. obs: 14056 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RZ9

4rz9


解像度: 3.1→42.405 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 48.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3473 701 5 %Random selection
Rwork0.2954 13314 --
obs0.2979 14015 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 461.33 Å2 / Biso mean: 230.8469 Å2 / Biso min: 87.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→42.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4651 0 0 0 4651
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8456356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9771858
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1833X-RAY DIFFRACTION13.658TORSIONAL
12D1833X-RAY DIFFRACTION13.658TORSIONAL
21B507X-RAY DIFFRACTION13.658TORSIONAL
22E507X-RAY DIFFRACTION13.658TORSIONAL
31C196X-RAY DIFFRACTION13.658TORSIONAL
32F196X-RAY DIFFRACTION13.658TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1001-3.33930.42131520.39292641279399
3.3393-3.67520.38351440.363826962840100
3.6752-4.20660.38631270.36892669279699
4.2066-5.29830.3641500.334326392789100
5.2983-42.40890.31531280.245926692797100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.59142.639-0.77013.62882.58063.01130.2201-3.3065-0.91483.2659-0.4118-0.38152.790.20630.87463.43560.63740.47353.43080.42321.273658.4188205.55195.4586
22.30342.3289-2.63866.18780.87416.38870.445-3.95631.02562.74210.4308-1.7102-2.21460.8264-0.26293.82030.7025-0.72193.2393-0.51111.576164.8038222.13640.2977
32.7558-2.14740.63093.0189-0.80661.788-1.5539-4.1969-0.53690.9559-0.43660.0698-1.03360.20061.97591.65230.31130.09162.2518-0.00951.236565.0568212.5836-3.2534
44.0497-3.69553.39236.109-2.59983.0756-1.79690.4920.25633.7681-0.52311.1379-1.31780.39411.91892.59030.729-0.0783.0776-0.86271.920949.5495220.9015-10.7655
54.839-0.14991.44069.27766.25536.8106-0.385-0.77290.76521.23680.49190.7395-1.1084-0.4335-0.06451.13220.5341-0.20671.4953-0.5660.802456.0396213.3907-9.7063
6-0.01030.02930.01380.38420.17020.0803-0.0352-0.71580.08471.0815-0.54952.58560.1041-0.5096-0.15780.46241.93741.37413.6927-0.8420.473546.3201207.4193-12.7278
76.80521.67353.86076.13750.9688.97441.1424-0.3557-3.51581.14230.09040.8092-0.27280.2276-0.13971.40540.71670.28641.8159-0.01371.086959.8971205.1117-14.6585
87.5691.0309-0.88312.10220.22052.50363.1883-0.45691.4874-0.7472-0.43412.34980.8387-0.905-1.94421.55890.0446-0.01352.7656-0.4991.927940.8512199.9552-20.22
98.03383.8662-6.48782.4704-3.3425.29372.01173.3310.2017-2.72540.91452.2577-0.0828-3.4341-2.97012.10960.407-0.1553.51630.72662.341149.0903203.9393-43.9815
103.48233.9687-0.79598.66562.04062.92590.0855-1.047-0.24150.80540.10610.86111.0497-0.48420.1112.2199-0.1596-0.28422.07740.20211.387750.4265196.6538-26.6886
110.7567-0.97860.76352.0383-0.78540.83953.15943.69812.4217-0.0544-1.3807-0.8707-2.6688-2.2218-0.41652.69520.67940.28954.51620.65471.7242.7546164.9079-19.5858
124.1387-0.13482.43937.70151.4655.203-2.57730.4993-0.9846-1.697-1.12151.1183-0.2149-0.53692.60254.00150.61910.11412.371-0.83332.575757.7681232.3714-11.4425
133.6642-4.6735-0.98739.48843.39992.285-0.07253.96710.1823-2.4772-1.72970.52251.0909-0.79581.37362.4997-0.0039-0.04083.0025-0.26461.407963.9131202.3652-68.3696
144.3535-0.762-4.33083.00253.0926.21210.68842.02011.0921-3.0774-0.7428-0.2863-0.50512.72910.09243.1634-0.2941-1.28245.18940.67173.349875.3956216.2925-63.2891
158.8803-1.5056-2.5397.12245.02395.8852-0.27421.55851.256-0.8672-0.3640.0449-0.5651.89370.60131.87330.47230.28252.29520.38130.794771.9789208.1749-57.1209
167.48861.254-0.398.2906-0.84468.2969-0.55220.32920.06520.24180.40940.44311.42151.29260.2810.88460.2290.26451.66020.02370.73666.4513201.5084-49.7459
172.0179-4.0812-5.21964.2417-1.31117.8081-1.1277-1.2845-1.8765-0.77160.1008-2.39282.5262-1.67330.1963.06940.34220.75811.8084-0.05581.82467.6506184.299-42.9675
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200.6090.3204-0.27631.118-1.24811.41050.0697-1.02190.7262-0.24690.3345-0.12570.15921.88891.2623.04920.8769-2.24362.9107-0.7356.563237.4733167.7603-43.4223
212.15230.8737-1.19032.9265-3.68629.2-0.0418-1.7151-0.58990.7228-0.9613-0.6361-1.73852.10170.39431.9936-0.92280.87414.5133-0.20631.587687.7985215.245-51.4762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 217 through 260 )E0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 261 through 275 )E0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 137 through 157 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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