PDB-5f5u: Crystal structure of the Snu23-Prp38-MFAP1(217-258) complex of Ch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f5u

タイトル

Crystal structure of the Snu23-Prp38-MFAP1(217-258) complex of Chaetomium thermophilum

要素

Prp38
Putative uncharacterized protein
Zinc finger domain-containing protein

キーワード

SPLICING / B-specific protein / heterotrimer / pre-mRNA splicing / SAH

機能・相同性

機能・相同性情報

U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.748 Å

データ登録者

Ulrich, A.K.C. / Seeger, M. / Bartlick, N. / Wahl, M.C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Scaffolding in the Spliceosome via Single alpha Helices.
著者: Ulrich, A.K.C. / Seeger, M. / Schutze, T. / Bartlick, N. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2015年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f5u.cif.gz	350.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f5u.ent.gz	289.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f5u_validation.pdf.gz	504 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f5u_full_validation.pdf.gz	517.6 KB	表示
XML形式データ	5f5u_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5f5u_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f5sC 5f5tC 5f5vC 4rz9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hcl-1 1d6f-d 6c7j-3 6g9x-1 2hrz-d 1cml-d 5ahs-4 6is6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3)

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PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Prp38

B: Putative uncharacterized protein

C: Zinc finger domain-containing protein

D: Prp38

E: Putative uncharacterized protein

F: Zinc finger domain-containing protein

G: Prp38

H: Putative uncharacterized protein

I: Zinc finger domain-containing protein

120 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Prp38

B: Putative uncharacterized protein

C: Zinc finger domain-containing protein

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Prp38

E: Putative uncharacterized protein

F: Zinc finger domain-containing protein

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Prp38

H: Putative uncharacterized protein

I: Zinc finger domain-containing protein

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.960, 95.260, 133.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain D
3	1	chain G
1	2	chain B
2	2	chain E
3	2	chain H
1	3	chain C
2	3	chain F
3	3	chain I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	chain A	A	A	22 - 209	25 - 212
2	1	LEU	LEU	ASN	ASN	chain D	D	D	15 - 216	18 - 219
3	1	GLY	GLY	LYS	LYS	chain G	G	G	22 - 215	25 - 218
1	2	GLY	GLY	ARG	ARG	chain B	B	B	213 - 257	1 - 45
2	2	VAL	VAL	ARG	ARG	chain E	E	E	221 - 258	9 - 46
3	2	THR	THR	ARG	ARG	chain H	H	H	217 - 258	5 - 46
1	3	GLY	GLY	SER	SER	chain C	C	C	131 - 162	3 - 34
2	3	GLU	GLU	VAL	VAL	chain F	F	F	132 - 160	4 - 32
3	3	VAL	VAL	VAL	VAL	chain I	I	I	133 - 160	5 - 32

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Prp38 分子量: 25617.205 Da / 分子数: 3 / 断片: NTR / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0013190 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0S1D3
#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 10139.329 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0069660 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0SHD7
#3: タンパク質・ペプチド	Zinc finger domain-containing protein 分子量: 4189.787 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035280 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G0S6R0
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.75 / 詳細: 0.1M citric acid, pH 4.75, and 15% (w/v) PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.748→19.93 Å / Num. obs: 30180 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.748→2.82 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4rz9

4rz9

解像度: 2.748→19.927 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2749	1524	5.06 %	Random selection
R_work	0.2294	28618	-	-
obs	0.2317	30142	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 263.64 Å² / B_iso mean: 92.5637 Å² / B_iso min: 32.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.748→19.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6577	0	0	101	6678
B_iso mean	-	-	-	64.1	-
残基数	-	-	-	-	798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836	8993
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	974
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.36	2630

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2809	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
1	2	D	2809	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
1	3	G	2809	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
2	1	B	612	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
2	2	E	612	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
2	3	H	612	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
3	1	C	423	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
3	2	F	423	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL
3	3	I	423	X-RAY DIFFRACTION	9.967	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7483-2.8367	0.433	152	0.3823	2528	2680	99
2.8367-2.9378	0.4261	125	0.3568	2558	2683	100
2.9378-3.055	0.3348	126	0.3342	2597	2723	100
3.055-3.1935	0.3569	139	0.3157	2569	2708	100
3.1935-3.3612	0.3227	132	0.275	2573	2705	100
3.3612-3.5706	0.324	137	0.244	2582	2719	100
3.5706-3.8445	0.2772	153	0.2202	2584	2737	100
3.8445-4.228	0.2051	140	0.1912	2605	2745	100
4.228-4.8322	0.2216	124	0.1792	2632	2756	100
4.8322-6.0596	0.2605	142	0.2085	2652	2794	100
6.0596-19.9278	0.2463	154	0.1984	2738	2892	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2235	-6.1969	-5.2948	6.1489	5.1724	5.8868	-1.4736	-1.55	-2.2299	1.2824	0.5012	2.2865	1.4068	-0.2154	1.077	0.83	-0.1365	0.0075	1.5109	0.2322	1.3703	27.4045	28.7551	160.7698
2	2.0862	-1.9929	-3.7073	2.1423	3.7335	9.5504	-0.4795	-0.3748	-1.9668	0.5683	0.6374	0.3486	1.6737	-0.1802	-0.4858	0.7785	0.0623	-0.0657	0.7494	0.1976	1.26	41.4631	24.0121	154.4802
3	0.2367	0.9885	0.4989	4.8488	-0.2558	8.6017	0.8167	-0.9343	-1.2487	0.9682	-0.0692	-0.4315	0.0829	1.1052	-0.5169	0.3503	0.1077	-0.4748	1.263	0.5937	0.76	50.6042	33.1222	161.4001
4	5.9171	0.0893	-0.5592	6.0693	-1.1238	4.3829	0.1746	-0.5581	-0.5125	0.3172	0.1019	0.1554	0.1927	0.0196	-0.2627	0.3469	0.0319	-0.0303	0.5264	0.1656	0.4587	40.6946	40.2768	155.5003
5	3.4314	-0.7919	3.6301	2.0837	-1.207	9.2536	0.2983	-0.3662	0.83	-0.2489	-0.4736	-0.3055	0.4872	-0.0498	0.2267	0.3798	0.0058	0.0265	0.691	0.0476	0.6099	25.2755	43.172	150.0569
6	9.68	-1.0798	2.3501	8.1141	-4.927	3.369	0.3106	2.5017	-0.9146	-1.6108	-0.3171	-0.5142	0.5786	0.0881	0.1366	0.5977	0.118	0.0187	1.0809	-0.036	0.7374	43.0468	42.9993	141.2201
7	8.9836	2.7482	-0.373	1.6507	-0.1824	3.9862	0.029	1.025	-0.5444	-0.3943	0.1418	0.2175	0.6054	-0.5745	-0.1179	0.4631	0.0345	-0.1184	0.6225	0.0273	0.7069	28.512	37.2376	143.6194
8	0.5516	-1.1447	-0.0437	6.6132	1.5125	0.4564	0.2504	1.6034	2.3528	-0.5725	1.3905	2.0617	-0.8642	-1.5775	-1.5314	0.6943	0.0955	-0.2804	1.2209	0.4573	1.2793	18.6796	50.7681	139.1758
9	6.6053	5.3074	-1.429	7.1345	2.546	5.1207	1.5915	-1.2536	0.6664	0.673	0.729	0.8078	-0.0369	1.6081	-1.8366	0.6149	-0.0636	-0.0305	0.994	-0.0535	0.9092	46.3491	54.1868	143.0144
10	3.9406	5.5342	2.2109	8.2605	4.3809	2.3498	-0.119	1.5138	-0.2862	-0.364	-0.1102	0.4553	0.149	-0.2892	0.2874	0.6265	0.0328	-0.2105	1.2644	0.0825	1.0581	23.0878	43.9054	130.3005
11	6.786	1.0168	6.3624	3.5097	1.416	6.1126	-0.9346	-0.4372	-2.8053	3.2671	0.3427	-0.7136	0.112	0.1139	0.4148	0.8688	-0.039	0.0672	1.5254	0.4143	1.0829	40.7656	38.0163	173.6375
12	4.5223	-0.982	4.2572	3.1866	-0.7695	4.0596	0.0711	-0.9827	0.8955	0.4346	-0.4207	-1.0935	-0.9451	1.5114	0.5424	0.6617	-0.0695	0.0884	1.0399	0.0143	0.9927	48.7465	55.7628	160.9174
13	9.4565	2.8073	-4.4813	4.258	-3.3759	6.1396	-1.0967	-1.0216	-0.7782	-0.276	0.3101	-1.2753	1.0727	0.4746	0.6604	0.5399	0.0107	0.0252	0.9054	0.0299	1.0762	36.0585	-8.7223	130.8748
14	7.3353	-0.285	0.7697	3.7884	-1.0369	4.6899	0.0552	-0.3928	0.63	0.2062	0.0507	-0.3519	-0.1591	0.3495	-0.1031	0.3568	-0.0272	0.0727	0.576	-0.0902	0.6553	39.4676	8.0519	128.5094
15	6.2252	2.7172	2.7005	3.6588	-0.778	2.5228	0.0322	0.5735	0.6176	-0.2857	-0.0016	-0.2062	-0.1155	-0.0676	-0.0775	0.4695	-0.0108	0.0674	0.7289	0.0128	0.6753	30.0872	9.092	116.5035
16	1.3799	-2.5934	-1.5464	4.9443	2.9159	1.7626	0.537	1.7537	-0.2597	-1.3311	0.5434	1.0465	-0.39	-0.7543	-0.6588	1.8463	0.622	0.0533	2.8353	0.6432	1.9171	24.8195	26.5473	103.2837
17	3.243	4.9646	2.2167	7.9539	3.5194	5.0061	-0.2054	1.4092	0.1219	-0.6165	0.0028	-0.6343	-0.3236	-0.0073	0.3533	0.7271	0.0922	0.0882	0.996	0.2814	0.9907	23.086	13.3947	104.7197
18	1.5939	-1.2122	0.296	0.9294	-0.0993	8.0315	-0.7557	-0.8757	-1.4412	0.7415	1.7941	-1.6486	1.1628	-0.1197	-1.2534	0.8095	0.03	-0.0777	1.3415	-0.063	1.3062	40.1683	5.0989	145.0514
19	1.6848	-0.2688	0.8672	6.0625	-1.9093	5.331	0.3929	-1.0336	1.9043	0.0536	-0.0465	-0.6409	-1.9928	1.1228	-0.2674	1.053	-0.3202	0.1498	1.1943	-0.3548	1.3819	47.0801	22.76	135.5338
20	2.5965	1.6167	1.3677	1.4448	-0.5638	7.3006	0.1872	-1.4733	0.8177	0.6854	0.3735	0.4742	-0.5214	-1.6487	-0.5878	0.978	0.4868	0.2237	1.9588	-0.0733	1.0195	7.8611	-6.6664	155.3376
21	5.9914	-4.8291	-1.5131	7.1139	3.2775	1.7332	-1.1546	-2.2935	-1.1131	2.48	0.8685	1.0098	-1.3042	-0.157	0.4268	1.1717	0.5176	-0.0042	1.9224	0.0159	0.627	22.8083	-9.2755	158.6931
22	6.4587	2.5403	-3.6762	6.2875	0.5211	2.8099	-0.1567	-1.6572	0.3508	1.2678	-0.3277	0.9669	1.6728	-1.2374	0.3164	1.0498	0.2059	0.3065	2.4602	0.2567	1.0614	10.7614	-20.5322	156.9289
23	1.7614	-0.173	0.2659	1.5861	-0.8464	0.5669	0.0575	-1.506	0.4827	0.9601	-0.3982	0.1649	-1.0085	-0.7237	-0.6073	0.9407	0.7804	0.356	2.3945	-0.0738	0.463	13.717	-6.8032	153.0577
24	5.7402	5.8283	-0.9835	8.9758	3.4126	6.7212	-1.2105	-2.727	1.8744	0.3606	1.4361	-1.9339	-0.2659	0.0139	-0.341	0.9566	0.5026	-0.1751	1.0886	-0.2446	0.718	27.047	-6.6557	146.0349
25	3.6755	-0.0737	-2.1288	1.9796	2.122	5.9234	-0.48	-1.7503	-0.5457	0.3109	0.5913	0.5594	-0.2985	-0.9422	-0.246	0.41	0.1145	0.0373	1.0802	0.1705	0.5638	18.7023	-15.6079	142.9229
26	4.0487	-1.568	0.6408	6.1279	-1.5607	0.3658	0.2575	-0.8267	-0.7427	-0.8091	0.4094	0.5757	0.5007	-0.8215	-0.4769	0.5087	0.0905	-0.0862	1.261	0.2712	0.8249	14.6899	-16.2701	133.6602
27	0.9865	-1.3664	0.4292	1.9438	-0.7889	0.598	-0.6498	-0.5116	1.1153	-1.1624	-0.3597	-0.2129	-0.0621	-0.8415	0.5688	1.4389	0.2157	-0.2465	1.6226	-0.2924	1.2039	28.3358	-34.585	122.0406
28	5.5524	-4.7191	-7.3277	6.0985	5.4756	9.9693	2.0346	-1.5994	0.9024	0.6191	1.5252	-1.4926	-0.8593	-2.4088	-2.5723	0.7508	-0.0607	-0.0633	2.0553	0.6218	1.696	31.1635	-29.1939	148.1419
29	7.864	-4.121	5.2856	6.6619	-5.2934	6.4609	0.3021	-0.1299	-1.0474	-1.1338	0.1375	0.8921	0.3935	-0.6524	-0.3065	0.8113	0.1793	-0.2417	0.9071	-0.164	0.7743	15.2454	-24.6218	125.0501
30	7.9485	-0.9035	-3.2399	3.1425	2.8629	3.4596	-0.3065	-1.6169	-0.8085	0.4863	0.3449	-0.1253	-0.1551	0.2729	-0.2147	1.2938	0.3575	-0.2695	1.914	-0.3897	0.5943	33.9211	-10.1031	157.7065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 30 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 45 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 57 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 127 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 142 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 143 through 155 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 190 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 191 through 206 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 213 through 222 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 223 through 257 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 131 through 137 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 138 through 162 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 16 through 45 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 46 through 142 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 143 through 199 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 200 through 216 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 221 through 258 )	E
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 132 through 137 )	F
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 138 through 159 )	F
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 22 through 57 )	G
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 58 through 68 )	G
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 69 through 83 )	G
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 84 through 98 )	G
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 99 through 112 )	G
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 113 through 155 )	G
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 156 through 202 )	G
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 203 through 215 )	G
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 217 through 222 )	H
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 223 through 258 )	H
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 135 through 160 )	I

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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