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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f5t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Prp38-MFAP1 complex of Chaetomium thermophilum | ||||||
![]() | (Putative uncharacterized protein) x 2 | ||||||
![]() | SPLICING / B-specific protein / pre-mRNA splicing / SAH / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() U2-type spliceosomal complex / precatalytic spliceosome / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ulrich, A.K.C. / Wahl, M.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Scaffolding in the Spliceosome via Single alpha Helices. 著者: Ulrich, A.K.C. / Seeger, M. / Schutze, T. / Bartlick, N. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25617.205 Da / 分子数: 2 / 断片: NTR / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0013190 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10139.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.21 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M ammonium acetate, and 20 % (v/v) isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→95.454 Å / Num. obs: 33726 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4rz9 解像度: 2.55→95.454 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 292.36 Å2 / Biso mean: 102.4795 Å2 / Biso min: 35.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→95.454 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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