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Yorodumi- PDB-5f5t: Crystal structure of the Prp38-MFAP1 complex of Chaetomium thermo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f5t | ||||||
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Title | Crystal structure of the Prp38-MFAP1 complex of Chaetomium thermophilum | ||||||
Components | (Putative uncharacterized protein) x 2 | ||||||
Keywords | SPLICING / B-specific protein / pre-mRNA splicing / SAH / TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information U2-type spliceosomal complex / precatalytic spliceosome / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Ulrich, A.K.C. / Wahl, M.C. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2016 Title: Scaffolding in the Spliceosome via Single alpha Helices. Authors: Ulrich, A.K.C. / Seeger, M. / Schutze, T. / Bartlick, N. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f5t.cif.gz | 242 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f5t.ent.gz | 196.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f5t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5f5sC 5f5uC 5f5vC 4rz9S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO
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-Components
#1: Protein | Mass: 25617.205 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: NTR Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0013190 / Plasmid: pETM11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: G0S1D3 #2: Protein | Mass: 10139.329 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0069660 / Plasmid: pETM11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: G0SHD7 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M ammonium acetate, and 20 % (v/v) isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→95.454 Å / Num. obs: 33726 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 17.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Redundancy: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.4 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4rz9 Resolution: 2.55→95.454 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 292.36 Å2 / Biso mean: 102.4795 Å2 / Biso min: 35.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→95.454 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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