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- PDB-5f4z: The crystal structure of an epoxide hydrolase from Streptomyces c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4z
タイトルThe crystal structure of an epoxide hydrolase from Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus
要素Epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / epoxide hydrolase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-stilbene-oxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase, N-terminal / Epoxide hydrolase N terminus / Epoxide hydrolase / Epoxide hydrolase-like / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1~{R},2~{R})-2,3-dihydro-1~{H}-indene-1,2-diol / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / BABNIGG, G. / BINGMAN, C.A. / YENNAMALLI, R. / LOHMAN, J. / Chang, C.Y. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / BABNIGG, G. / BINGMAN, C.A. / YENNAMALLI, R. / LOHMAN, J. / Chang, C.Y. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of an epoxide hydrolase from Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus
著者: Tan, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / BABNIGG, G. / BINGMAN, C.A. / YENNAMALLI, R. / LOHMAN, J. / Chang, C.Y. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年9月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase
B: Epoxide hydrolase
C: Epoxide hydrolase
D: Epoxide hydrolase
E: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,81622
ポリマ-218,8795
非ポリマー1,93617
21,4741192
1
A: Epoxide hydrolase
B: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,85314
ポリマ-87,5522
非ポリマー1,30112
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28530 Å2
手法PISA
2
C: Epoxide hydrolase
D: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9445
ポリマ-87,5522
非ポリマー3923
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
3
E: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子

E: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0366
ポリマ-87,5522
非ポリマー4854
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.356, 93.068, 134.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Epoxide hydrolase


分子量: 43775.891 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces carzinostaticus subsp. neocarzinostaticus (バクテリア)
プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84HB1

-
非ポリマー , 7種, 1209分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-5V4 / (1~{R},2~{R})-2,3-dihydro-1~{H}-indene-1,2-diol / (1R,2R)-1,2-インダンジオ-ル


分子量: 150.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C9H10O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1192 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16M MgCl2, 0.08M Tris:HCl, 24% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→34 Å / Num. obs: 177945 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化解像度: 1.82→33.267 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2004 8896 5.01 %Random selection
Rwork0.1599 ---
obs0.1619 177658 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→33.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15144 0 133 1192 16469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08221933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4225724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.84070.33672900.28695528X-RAY DIFFRACTION98
1.8407-1.86230.30482850.26125618X-RAY DIFFRACTION99
1.8623-1.8850.28272830.24715592X-RAY DIFFRACTION100
1.885-1.90890.29862920.23065638X-RAY DIFFRACTION100
1.9089-1.9340.26472920.23375580X-RAY DIFFRACTION100
1.934-1.96050.26912980.21715593X-RAY DIFFRACTION100
1.9605-1.98850.23442700.20115631X-RAY DIFFRACTION100
1.9885-2.01820.23492940.18945700X-RAY DIFFRACTION100
2.0182-2.04970.23182730.18565588X-RAY DIFFRACTION100
2.0497-2.08330.22132930.18495609X-RAY DIFFRACTION100
2.0833-2.11920.21623040.18095642X-RAY DIFFRACTION100
2.1192-2.15780.24242750.17265647X-RAY DIFFRACTION100
2.1578-2.19930.20763200.16255633X-RAY DIFFRACTION100
2.1993-2.24420.21433140.16295584X-RAY DIFFRACTION100
2.2442-2.29290.1982980.16765604X-RAY DIFFRACTION100
2.2929-2.34630.22453280.16465636X-RAY DIFFRACTION100
2.3463-2.40490.20743030.15765615X-RAY DIFFRACTION100
2.4049-2.46990.20143100.15375603X-RAY DIFFRACTION100
2.4699-2.54260.21233210.1645586X-RAY DIFFRACTION100
2.5426-2.62460.21683340.16545628X-RAY DIFFRACTION100
2.6246-2.71840.21062840.15555656X-RAY DIFFRACTION100
2.7184-2.82720.21893180.16365601X-RAY DIFFRACTION100
2.8272-2.95580.2062730.16575680X-RAY DIFFRACTION100
2.9558-3.11150.21422740.16255659X-RAY DIFFRACTION100
3.1115-3.30630.20343090.15835635X-RAY DIFFRACTION100
3.3063-3.56130.18282840.15215641X-RAY DIFFRACTION99
3.5613-3.91920.17142810.13895662X-RAY DIFFRACTION99
3.9192-4.48510.15533060.12495635X-RAY DIFFRACTION99
4.4851-5.64630.17322800.12925662X-RAY DIFFRACTION99
5.6463-33.27280.14943100.14235676X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4449-1.00110.24842.1788-1.26532.1553-0.0679-0.0495-0.26440.18450.080.25750.0048-0.0354-0.03670.1565-0.03730.02180.117-0.03050.2356-6.1974.596828.6691
22.9901-0.88290.64171.839-0.7590.9356-0.0239-0.186-0.43670.09510.05330.31080.169-0.1323-0.06440.1966-0.00530.06770.1272-0.020.17241.0439-3.698329.4481
30.9571-0.1066-0.15530.80770.20131.3381-0.03960.0228-0.11440.0644-0.0148-0.1060.1250.10540.03670.14880.0218-0.00350.15340.01210.196220.0872-2.998921.8728
41.1695-0.5133-0.48770.75710.37281.21280.00690.1413-0.0395-0.0202-0.02910.07910.0314-0.09210.02570.12490.0052-0.01390.1473-0.00130.16224.0358.510219.3211
52.6075-2.1945-2.1182.04061.96192.61440.1089-0.10620.3363-0.20550.0585-0.416-0.37260.153-0.1790.1923-0.0063-0.00960.17420.0540.219520.62999.021712.5171
64.0397-0.5325-1.77612.1921-0.84783.00690.03450.2604-0.0406-0.1178-0.0838-0.04150.0528-0.0056-0.0010.14780.0063-0.02240.1328-0.03460.10718.9992-0.71466.7741
78.9611-1.1344-2.63114.7447-0.75664.8241-0.0690.0215-0.3513-0.1588-0.0855-0.12690.37330.36420.27050.22730.02940.01470.1471-0.01990.181822.2797-12.290711.2361
83.2635-1.0450.03612.5222-0.51420.8554-0.0388-0.0468-0.23050.15660.10050.29830.0025-0.1146-0.0490.17560.00590.02790.1327-0.02910.089-9.579922.111434.5109
92.7927-1.68260.91172.143-1.15363.0245-0.0515-0.25680.01060.19880.15360.2554-0.1094-0.3932-0.07750.1405-0.02430.02720.1096-0.01270.2008-15.102231.158831.8511
100.89520.0512-0.10522.25070.26411.46440.05070.12190.1308-0.1289-0.02350.1429-0.2615-0.1128-0.01210.18530.0695-0.01050.19490.02920.1833-12.920943.155218.1317
113.34780.65580.29821.3869-0.04661.14720.00420.8062-0.0261-0.36950.0254-0.2265-0.27540.2511-0.03110.29030.01540.0870.36110.03580.23185.676244.833710.8096
124.45676.12510.53438.46530.74880.03080.05810.0003-0.0783-0.0097-0.0081-0.3317-0.09490.0568-0.10460.1847-0.00560.02330.1991-0.00090.221210.153231.385819.2715
131.14750.1028-0.06231.13250.51231.10720.0223-0.068-0.01460.0834-0.00830.0579-0.0296-0.0418-0.00830.18150.0227-0.00490.17070.00770.1855-4.638226.990628.7041
141.37451.03870.43344.0624-0.70690.71420.04590.36180.0867-0.5745-0.0023-0.3481-0.09560.015-0.06910.2230.05380.07040.27840.0470.21714.788439.514812.5361
154.5352-0.6969-1.59983.8946-1.34883.84740.11210.26560.4696-0.0212-0.1097-0.2597-0.39690.1975-0.01820.1958-0.0273-0.02110.17460.03140.25035.031448.22119.7189
162.2256-0.31560.83053.1943-1.31273.48330.14320.29990.7026-0.2034-0.0738-0.2001-0.72290.2169-0.0510.40180.04750.05460.18840.08710.4467-4.924457.535520.0638
170.5345-0.139-1.1621.214-0.18363.07460.0582-0.01310.0869-0.0425-0.0569-0.1201-0.16780.0598-0.00220.0765-0.0352-0.00520.1779-0.02060.215757.972643.185715.9175
181.70481.05920.68081.5981.4943.801-0.06690.10350.0578-0.10540.1176-0.1231-0.11120.3257-0.06350.1397-0.00390.01540.13890.01620.20758.926835.97788.7115
191.9693-0.1884-0.89892.61910.15262.5815-0.08780.1031-0.0803-0.1505-0.0329-0.12770.43530.05260.09560.2078-0.02040.01640.1884-0.01580.143651.614421.10794.4758
201.3351-0.16080.31151.8916-0.2613.2661-0.09020.0205-0.24580.01730.1390.12250.4314-0.3837-0.02250.2479-0.08320.02950.2375-0.02330.254543.632613.343115.9943
211.2253-1.81940.47743.4763-0.56241.4877-0.0415-0.17270.0170.20030.1089-0.01960.1469-0.0622-0.04490.2185-0.05690.01260.2707-0.02570.259345.596924.350330.7489
220.3733-0.3368-0.36162.2571-0.48731.1183-0.0164-0.00790.04060.064-0.0224-0.139-0.040.11750.03840.1599-0.0340.00080.2253-0.03620.208453.844135.732619.2452
230.29570.11660.47574.3938-0.09721.40090.0076-0.08990.02470.2271-0.02470.36210.2567-0.33380.0720.2562-0.08730.05210.2968-0.02220.220142.531716.717222.6639
244.14531.9915-0.29153.56910.5472.46410.0357-0.0448-0.4576-0.1049-0.0491-0.31260.60210.04140.01220.33450.032-0.01050.18170.02320.233554.26029.553717.5459
251.34840.2679-0.16512.30490.72522.42790.09620.02850.22530.10.02520.024-0.42260.033-0.06350.24410.0050.05050.14380.00580.249643.624859.302224.1425
261.5704-0.4225-0.39791.71080.16531.54450.1344-0.26930.22950.3707-0.04640.1074-0.5170.0104-0.09140.4877-0.06250.06720.281-0.0960.247239.536357.145849.4939
274.06632.34021.67273.25932.05792.90890.2199-0.2765-0.52540.35450.0279-0.1247-0.0497-0.2739-0.24470.26810.03180.03160.2370.07760.29926.187938.080344.589
281.45340.1268-0.39820.6276-0.12731.01510.0648-0.10920.05540.1612-0.00250.0616-0.1428-0.0001-0.04240.2467-0.0250.02140.2293-0.0450.234640.650946.506733.0402
292.10430.35910.18152.65541.18182.2110.1798-0.29830.13090.40080.00780.2212-0.3874-0.4463-0.17440.37710.05670.11390.2899-0.00220.264222.965949.90748.5298
301.42590.5405-0.34951.51030.16560.5527-0.1822-0.035-0.3341-0.1642-0.0167-0.41940.17460.09070.18080.35060.06440.09440.20480.0740.295481.28677.52952.7903
313.6661-0.96362.33714.2634-2.35543.8723-0.2717-0.23340.16510.02380.2065-0.1177-0.3763-0.13310.02180.24540.01920.02860.14820.01080.16784.105529.182353.3608
321.13510.0651-0.3711.59950.15520.5533-0.06810.0408-0.0796-0.1483-0.0909-0.03690.10380.01310.1550.26590.01930.0240.16530.0120.149468.250514.579252.8684
334.50011.9222-1.60692.4953-1.66491.21840.2993-0.49180.39520.1396-0.09060.0088-0.35130.1131-0.21440.27910.0270.00730.1599-0.01850.22176.929530.49253.9703
341.9990.741-0.26384.4232-0.00430.5893-0.10030.0594-0.0385-0.3613-0.0035-0.36190.08860.05430.09110.33270.020.09310.1760.05420.191385.142627.296842.1365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 306 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 307 through 341 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 342 through 369 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 370 through 388 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 39 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 80 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 81 through 187 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 188 through 215 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 216 through 242 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 243 through 306 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 307 through 341 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 342 through 369 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 370 through 390 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 39 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 40 through 80 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 81 through 164 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 165 through 215 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 216 through 242 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 243 through 306 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 307 through 341 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 342 through 387 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 65 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 66 through 187 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 188 through 231 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 232 through 325 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 326 through 391 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 1 through 164 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 165 through 215 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 216 through 306 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 307 through 341 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 342 through 388 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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