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- PDB-5f4q: Crystal structure of the human egg surface protein Juno -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4q
タイトルCrystal structure of the human egg surface protein Juno
要素Sperm-egg fusion protein Juno
キーワードCELL ADHESION / glycoprotein / membrane-bound / cysteine-rich / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / microvillus membrane / single fertilization / signaling receptor activity / cell adhesion / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sperm-egg fusion protein Juno
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Aydin, H. / Sultana, A. / Lee, J.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Molecular architecture of the human sperm IZUMO1 and egg JUNO fertilization complex.
著者: Aydin, H. / Sultana, A. / Li, S. / Thavalingam, A. / Lee, J.E.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年7月6日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sperm-egg fusion protein Juno
B: Sperm-egg fusion protein Juno
C: Sperm-egg fusion protein Juno
D: Sperm-egg fusion protein Juno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,60715
ポリマ－98,3044
非ポリマー1,30311
水21,5461196
1
A: Sperm-egg fusion protein Juno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9254
ポリマ－24,5761
非ポリマー3493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sperm-egg fusion protein Juno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8333
ポリマ－24,5761
非ポリマー2572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sperm-egg fusion protein Juno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9254
ポリマ－24,5761
非ポリマー3493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sperm-egg fusion protein Juno
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9254
ポリマ－24,5761
非ポリマー3493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.150, 73.150, 163.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Sperm-egg fusion protein Juno / Folate receptor 4 / Folate receptor delta / FR-delta / IZUMO1 receptor protein JUNO


分子量: 24575.932 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 20-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1R, FOLR4, JUNO
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A6ND01
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES sodium salt [pH 7.5], 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 1.8→43.68 Å / Num. obs: 79079 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 640808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.8-1.847.60.73533461845400.8980.28499.8
9.18-43.687.40.02562.6458661710.0199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F4E

5f4e


解像度: 1.8→43.68 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.45 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 2022 2.57 %
Rwork0.1962 --
obs0.1985 78621 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 78 1196 7567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0859069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8683964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8003-1.84530.28011460.23835506X-RAY DIFFRACTION97
1.8453-1.89520.35551420.32175386X-RAY DIFFRACTION96
1.8952-1.9510.35251420.28935492X-RAY DIFFRACTION97
1.951-2.01390.26391470.21975452X-RAY DIFFRACTION97
2.0139-2.08590.23381460.19065497X-RAY DIFFRACTION97
2.0859-2.16940.28211450.18295466X-RAY DIFFRACTION97
2.1694-2.26810.34071390.26155417X-RAY DIFFRACTION96
2.2681-2.38770.24711390.20095312X-RAY DIFFRACTION95
2.3877-2.53730.22431450.17635510X-RAY DIFFRACTION97
2.5373-2.73310.23191440.17465481X-RAY DIFFRACTION97
2.7331-3.0080.20111450.16635506X-RAY DIFFRACTION97
3.008-3.44310.21571410.1635517X-RAY DIFFRACTION98
3.4431-4.33690.1661480.15915483X-RAY DIFFRACTION97
4.3369-37.48220.2051470.20035555X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10050.39670.1351.82820.06731.4167-0.0252-0.0118-0.0078-0.1911-0.0028-0.0307-0.077-0.03490.00590.0912-0.01210.02080.068-0.00460.086519.606919.728-10.9392
21.5111.12180.52031.6167-1.39274.37960.0630.0225-0.21050.0986-0.1752-0.36710.03330.60250.08950.1138-0.0274-0.04860.19340.03720.174735.412422.41851.2708
31.41090.04521.23072.2109-0.93473.64450.06780.0519-0.0745-0.15420.05730.1918-0.02930.033-0.15290.1861-0.00430.0110.0638-0.00260.098218.083831.4042-12.775
40.8879-0.044-0.47511.21810.08820.80380.02380.04160.0333-0.2557-0.0367-0.0258-0.10050.01890.00330.1932-0.0055-0.01660.0771-0.00280.085554.695956.7857-12.0983
51.8234-0.1166-1.39531.0021.40572.95990.03470.07150.0352-0.0153-0.05910.0910.0252-0.20630.04140.1204-0.0102-0.01630.05860.00330.105147.846345.5907-10.6025
61.34190.12230.14423.76971.01610.73950.2240.17960.5866-0.668-0.28310.219-1.0425-0.70320.11430.35760.0798-0.0420.263-0.00370.362934.895759.3221-6.0337
71.75130.0799-1.00530.65730.12592.7506-0.09420.0693-0.09160.0578-0.05740.33090.1743-0.44290.14440.1379-0.02550.05010.2193-0.05590.174536.886947.99741.35
82.7644-0.4425-1.20291.64381.29553.2109-0.07280.0560.0041-0.05480.01710.07960.092-0.09760.03580.1414-0.0175-0.00170.06620.00730.073951.453241.234-12.2326
90.9045-0.6478-1.71652.27251.79374.1416-0.04590.05260.0094-0.20460.283-0.266-0.24130.3705-0.25350.1268-0.01160.02920.11120.0250.159260.899541.2141-21.5043
100.5531-0.24190.68671.33520.34191.6486-0.0065-0.0114-0.01480.3066-0.00060.03840.11660.0036-0.0020.1589-0.01640.01370.0842-0.00050.092717.004354.639-18.1906
113.74120.99261.66211.38951.15921.985-0.0833-0.1559-0.0372-0.0047-0.06070.1222-0.1533-0.13260.14630.14340.02810.01270.073-0.00420.09675.047862.3399-30.8777
121.17870.10661.47192.51781.18122.59060.09250.1345-0.02730.07960.0008-0.05950.07660.1502-0.07590.1316-0.00330.02960.08310.00080.084618.327368.5427-16.0896
132.1073-0.69670.47860.7802-0.60450.51630.0265-0.18340.13790.5436-0.0942-0.0277-0.0194-0.0360.04990.34430.0076-0.02480.1058-0.00060.121853.940818.9238-8.3349
142.08391.6751-0.38571.8457-1.37673.3179-0.00350.30560.1309-0.16520.20660.5049-0.0604-0.4209-0.21390.1517-0.0285-0.01680.12540.04930.194546.649420.7384-22.8538
151.4882-0.7019-1.47410.37780.51363.00010.02120.1165-0.0666-0.0483-0.01960.05230.02610.00980.01970.1298-0.00190.00220.067-0.00250.085157.887822.75-26.6945
160.809-0.0924-1.0721.3704-0.6831.8827-0.0288-0.10720.0860.23490.0882-0.07270.16120.1565-0.05850.20810.008-0.02680.0873-0.00760.109158.429113.3413-18.6539
172.59270.0012-1.1770.9982-0.74182.4676-0.0214-0.0189-0.0686-0.1269-0.1095-0.19680.39490.34750.13790.20270.05860.01980.17970.03290.098968.077510.697-32.7057
181.678-0.9610.04280.816-0.00753.03590.09390.1419-0.2263-0.1062-0.1076-0.11120.5180.19360.05130.15990.05350.05390.11710.01860.16865.91148.0923-23.7898
190.68950.3829-0.17411.573-0.68540.27880.02560.10710.0127-0.41310.0077-0.07710.21330.0907-0.03450.24910.00390.01260.0826-0.0040.095153.55972.5384-20.4971
201.03570.9333-1.34571.7332-0.2422.8037-0.13250.21980.11860.13230.1290.2397-0.3132-0.4223-0.01330.2580.0068-0.01970.1350.00470.093449.05084.81-12.3264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 181 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 228 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 20 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 100 through 153 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 154 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 164 through 181 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 182 through 211 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 212 through 232 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 22 through 132 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 133 through 181 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 182 through 232 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 20 through 39 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 40 through 50 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 51 through 83 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 84 through 132 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 133 through 181 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 182 through 193 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 194 through 211 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 212 through 232 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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