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万見
- PDB-5f4b: Structure of B. abortus WrbA-related protein A (WrpA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4b
タイトルStructure of B. abortus WrbA-related protein A (WrpA)
要素NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Brucella / WrbA / NADH:quinone oxidoreductase / tetramer / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Herrou, J. / Czyz, D. / Willett, J.W. / Kim, H.S. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Crosson, S. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI107792 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI107159 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2016
タイトル: WrpA Is an Atypical Flavodoxin Family Protein under Regulatory Control of the Brucella abortus General Stress Response System.
著者: Herrou, J. / Czyz, D.M. / Willett, J.W. / Kim, H.S. / Chhor, G. / Babnigg, G. / Kim, Y. / Crosson, S.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4596
ポリマ－43,4752
非ポリマー9844
水93752
1
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子

A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,91812
ポリマ－86,9514
非ポリマー1,9678
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_467y-1,x+1,-z+21
Buried area12060 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.580, 63.580, 188.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / Flavoprotein WrbA / NAD(P)H:quinone oxidoreductase / NQO


分子量: 21737.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1070 / プラスミド: pMCSG68
詳細 (発現宿主): N-terminal 6 His tag cleavable by TEV protease
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: Q2YQ23, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.2 M potassium formate pH 7.3, 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→44.7 Å / Num. all: 14207 / Num. obs: 14207 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.36 Å2 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 11.26
反射 シェル解像度: 2.498→2.54 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The 2.4 A structure of Apo-protein solved by SAD phasing

解像度: 2.498→44.696 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 758 3 %Random selection
Rwork0.2303 ---
obs0.2314 13940 98.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→44.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2609 0 64 52 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6183665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.384989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4985-2.69140.35351460.30324733X-RAY DIFFRACTION95
2.6914-2.96220.29151600.28064936X-RAY DIFFRACTION100
2.9622-3.39070.31681490.2434950X-RAY DIFFRACTION100
3.3907-4.27140.24021570.20764947X-RAY DIFFRACTION100
4.2714-44.70310.23891460.20384902X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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