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- PDB-5f3w: Structure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f3w
タイトルStructure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex
要素
  • (27-MER DNA) x 2
  • (DNA double-strand break repair ...) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/HYDROLASE/DNA / Nuclease / Complex / DNA BINDING PROTEIN-HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mre11, C-terminal domain-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain ...Mre11, C-terminal domain-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / : / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Liu, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: ATP-dependent DNA binding, unwinding, and resection by the Mre11/Rad50 complex
著者: Liu, Y. / Sung, S. / Kim, Y. / Li, F. / Gwon, G. / Jo, A. / Kim, A.K. / Kim, T. / Song, O.K. / Lee, S.E. / Cho, Y.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA double-strand break repair protein Mre11
B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
C: DNA double-strand break repair protein Mre11
D: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
E: 27-MER DNA
F: 27-MER DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,51912
ポリマ－192,3756
非ポリマー1,1446
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20100 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area69100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.303, 130.111, 166.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
DNA double-strand break repair ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA double-strand break repair protein Mre11


分子量: 45370.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: mre11, MJ1323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q58719, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase


分子量: 42521.121 Da / 分子数: 2
Fragment: UNP RESIDUES 1-190, 825-1005,UNP RESIDUES 1-190, 825-1005
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: rad50, MJ1322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58718

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#3: DNA鎖 27-MER DNA


分子量: 8364.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 27-MER DNA


分子量: 8226.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, Tris-Cl / PH範囲: 8-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 32303 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 15.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10-2152_1069: ???)精密化
PHENIXデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.11→40.865 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 1636 5.08 %
Rwork0.2219 --
obs0.2244 32220 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→40.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11606 984 66 2 12658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53817658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5247713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022080
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1103-3.20180.39861220.36792325X-RAY DIFFRACTION90
3.2018-3.30510.42981310.33392525X-RAY DIFFRACTION96
3.3051-3.42320.35521400.3062500X-RAY DIFFRACTION96
3.4232-3.56010.34211240.29772524X-RAY DIFFRACTION95
3.5601-3.72210.31661330.26422502X-RAY DIFFRACTION95
3.7221-3.91810.27891350.2452511X-RAY DIFFRACTION95
3.9181-4.16340.29691340.23472504X-RAY DIFFRACTION94
4.1634-4.48450.26831300.20782513X-RAY DIFFRACTION95
4.4845-4.93510.24021400.19722570X-RAY DIFFRACTION96
4.9351-5.64760.27841370.21592639X-RAY DIFFRACTION98
5.6476-7.10930.26311540.23482690X-RAY DIFFRACTION100
7.1093-40.86820.20791560.16522781X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.92450.10112.14333.8134-0.87196.7880.00970.8679-0.0159-0.7992-0.082-0.0286-0.31560.29930.07810.76840.08880.00040.6049-0.02760.5677-30.383133.7764-63.4251
2-0.213-0.15040.7556.30110.39631.62440.36750.11250.402-0.7534-0.3127-0.006-0.02830.1235-0.25120.5430.11530.31661.24530.09431.0823-0.82266.7083-73.5836
35.03722.79011.28277.3261.55487.9594-0.56810.3265-0.3327-0.70460.2273-0.17430.2974-0.23690.25290.5349-0.00130.06790.4988-0.03990.7817-29.0714-11.0992-51.8614
4-0.9281-1.8276-0.84264.22835.51274.9293-0.26380.0047-0.18320.6213-0.0260.73550.90970.14430.32510.93760.05930.07040.7757-0.14121.1162-4.7094-17.2243-67.8561
57.94092.4035-3.43333.4882-0.71652.58760.0191-0.04550.960.05850.2451-0.0429-0.2228-0.0163-0.29530.57050.0852-0.0870.54690.07960.96-13.24488.0479-54.9732
66.07830.7071-1.91865.73792.24127.1659-0.325-0.0821-0.50650.16580.08560.38050.381-0.34350.23230.52830.072-0.04530.38440.05890.4256-33.576732.575-30.008
77.10740.2944-0.174.55812.75066.8775-0.4244-0.78880.25730.44880.6384-0.6775-0.44610.835-0.24130.74490.0182-0.20740.5987-0.050.7312-19.016542.5053-22.2513
87.11513.38561.03836.49634.98694.1672-0.9498-0.7848-0.72921.44260.50470.03951.82660.75660.04831.0890.2643-0.16710.75770.09620.7069-26.623733.2331-14.2587
97.57241.1468-0.58848.43062.37847.45-0.077-1.47-0.26842.68230.05381.11410.221-0.69030.07491.16410.20320.00740.7833-0.02230.6026-35.54533.143-14.1781
106.54963.04272.0899.7097-5.86076.1164-0.6724-0.3777-0.3312-0.0112-0.465-0.67961.3212-1.04030.59371.9936-0.27660.6631.03380.08731.4247-41.7395.2766-17.2206
113.01320.11941.36840.12810.32341.0274-0.7545-1.6594-0.0510.67590.29521.2122-1.2763-0.79180.13941.63980.01970.40741.0120.1321.1925-14.6183-4.0431-7.3637
129.667-2.89291.12919.6934-0.5346.9987-0.102-1.5822.80761.3955-0.3128-0.8878-0.79580.74790.48120.7293-0.0552-0.23381.46540.11321.166611.5514-5.42922.9806
138.5475-1.3433-0.34040.29710.59635.0681-0.0454-0.2883-0.21940.24850.1144-0.3086-0.08840.7476-0.19670.688-0.0468-0.17690.566-0.08681.296112.132413.7181-32.0452
141.03652.037-1.21734.8701-2.70111.6814-0.0647-0.2969-0.6505-0.6244-0.5492-0.54740.7415-0.22550.71651.2237-0.0233-0.34160.7109-0.02261.1552-1.2492-0.9111-27.7886
153.1959-2.03653.32142.882-3.90854.88360.0624-0.01890.4517-0.7845-0.3492-0.82070.01330.40140.19521.30890.03090.24980.8342-0.18890.83975.7405-11.8155-5.5335
167.09232.20370.13285.3558-1.94418.33420.97440.2684-1.59071.3828-0.3246-0.21941.728-0.67660.24751.1777-0.1268-0.10510.5208-0.01520.9735-21.7551-5.0587-26.5658
175.4191.8815-1.71832.83330.01062.86760.1252-0.16550.55550.12970.0971-0.0126-0.3415-0.0127-0.34750.87730.045-0.13580.4773-0.07341.1402-9.251314.766-30.761
184.17745.51051.34197.34542.16152.19160.642-2.2547-0.73830.9913-2.8719-0.6177-0.65920.58951.02281.95850.0236-0.39292.86560.08471.9089-34.8676-36.5916-38.729
193.14493.66342.03934.35852.16471.52470.0305-1.5821-1.9477-0.07480.2987-2.11310.49660.88360.48771.54720.0836-0.40791.39830.21682.8456-17.1021-31.7583-44.4572
207.69786.555-1.3238.7983-2.53411.1399-0.6791-1.3971-0.8843-1.0087-0.40230.3393-0.18850.38341.08651.29150.0503-0.11981.2037-0.20732.75413.2666-17.8351-40.5409
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228.67283.72163.43378.21437.30666.48992.42621.68210.32861.5432-0.9818-1.47861.88821.2418-1.26861.53020.6261-0.01511.67980.09622.362227.3728-6.5838-38.9202
234.28973.92783.50013.813.35022.92211.3429-1.56561.89480.2135-1.90631.34270.1273-1.63540.34471.52910.09240.33991.7975-0.15522.21479.6359-8.5299-40.4122
241.5880.5743-3.89774.6239-0.84529.7488-0.6731-1.2243-2.12540.29550.9679-1.52750.32291.4374-0.19191.21290.1669-0.27450.9366-0.22172.0515-12.9101-27.0024-42.3924
精密化 TLSグループ
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16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 887 through 916 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 917 through 1005 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 5 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 6 through 10 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 11 through 20 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 21 through 25 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 4 through 8 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 9 through 13 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 14 through 26 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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