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万見
- PDB-5f3r: Structure of oxidized UDP-galactopyranose mutase from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f3r
タイトルStructure of oxidized UDP-galactopyranose mutase from Mycobacterium smegmatis in complex with magnesium ion
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase, C-terminal / UDP-galactopyranose mutase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI063596 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100346 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural dynamics of UDP-galactopyranose mutase from Mycobacterium smegmatis
著者: Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9085
ポリマ－47,9421
非ポリマー9664
水3,567198
1
A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子

A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,81710
ポリマ－95,8842
非ポリマー1,9328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area34480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.989, 85.989, 126.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

MG

21A-775-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase Glf


分子量: 47942.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: glf, MSMEG_6404, MSMEI_6236 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R629, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 25 mM MgCl2, 18% PEG 3350, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→42.2 Å / Num. obs: 30831 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.849 / Net I/av σ(I): 47.138 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 874713
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.04-2.1227.40.92330240.9250.1760.940.63100
2.12-2.2127.70.61930090.9630.1180.630.653100
2.21-2.3128.10.44230350.9820.0840.450.667100
2.31-2.4328.50.330420.9920.0570.3050.689100
2.43-2.5828.80.20930230.9960.0390.2130.71100
2.58-2.7829.20.13630790.9980.0260.1390.733100
2.78-3.0629.30.08630640.9990.0160.0880.773100
3.06-3.529.10.07130900.9990.0130.0721.072100
3.5-4.4228.70.06931340.9990.0130.071.632100
4.42-42.226.90.04133310.9990.0080.0420.87699.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EQD

5eqd


解像度: 2.04→40.696 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1498 4.98 %
Rwork0.1731 28558 -
obs0.1763 30056 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.27 Å2 / Biso mean: 52.1184 Å2 / Biso min: 29.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→40.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 62 198 3439
Biso mean--52.46 52.18 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0634585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0881208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0397-2.10560.34491220.24662350247290
2.1056-2.18080.28211270.23382454258194
2.1808-2.26810.2881290.22422509263896
2.2681-2.37140.2811340.21032544267897
2.3714-2.49640.25811360.21432573270998
2.4964-2.65270.26141370.20592590272798
2.6527-2.85750.27971380.20382621275999
2.8575-3.1450.23921390.192826442783100
3.145-3.59980.22881420.179626982840100
3.5998-4.53450.20651420.139827142856100
4.5345-40.70390.22811520.146728613013100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2238-0.10360.09161.7921-0.212.1518-0.1036-0.01080.2544-0.2365-0.01130.3171-0.3126-0.94970.04530.35280.0957-0.14190.5801-0.08240.4092-11.316624.083712.1636
21.60020.1262-0.89281.1809-0.17343.57340.0886-0.2548-0.1121-0.0105-0.1388-0.3122-0.15240.61960.060.3133-0.0708-0.02080.4557-0.00340.399114.83937.234228.5917
31.4825-0.0128-0.00382.7826-0.35882.6911-0.17530.07180.0847-0.49330.00230.10850.0014-0.51210.11720.2738-0.0218-0.10950.3697-0.09690.2718-4.234717.35498.7852
41.9536-1.1357-0.0321.87580.27922.4066-0.1588-0.09240.5654-0.2405-0.0846-0.2125-0.8464-0.1840.21870.52340.0215-0.17360.3288-0.07120.49593.126333.121410.4255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 15:98)A15 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 99:199)A99 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 200:325)A200 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 326:405)A326 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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