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万見
- PDB-3wo8: Crystal structure of the beta-N-acetylglucosaminidase from Thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wo8
タイトルCrystal structure of the beta-N-acetylglucosaminidase from Thermotoga maritima
要素Beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Beta-N-acetylglucosaminidase, C-terminal domain / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Mine, S. / Kado, Y. / Watanabe, M. / Inoue, T. / Ishikawa, K.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: The structure of hyperthermophilic beta-N-acetylglucosaminidase reveals a novel dimer architecture associated with the active site.
著者: Mine, S. / Kado, Y. / Watanabe, M. / Fukuda, Y. / Abe, Y. / Ueda, T. / Kawarabayasi, Y. / Inoue, T. / Ishikawa, K.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylglucosaminidase
B: Beta-N-acetylglucosaminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7612
ポリマ－107,7612
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.457, 133.457, 142.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylglucosaminidase / Hydrolase / putative


分子量: 53880.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: nagA, TM_0809 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZR6, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.43 Å / Num. obs: 54833

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.43→26.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.932 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24634 2572 5 %RANDOM
Rwork0.19352 ---
obs0.1962 48565 91.98 %-
all-54833 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→26.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7089 0 0 107 7196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.9829775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.352316149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.355889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68224.136324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.381151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0781540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9734.8573571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9624.8573570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2417.274451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2427.2714452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2685.3733666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2675.3743667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8087.8535325
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.48138.6958268
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.48238.7018267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.493 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 109 -
Rwork0.273 2005 -
obs--52.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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