PDB-5f3d: Structure of quinolinate synthase in complex with reaction interm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f3d

タイトル

Structure of quinolinate synthase in complex with reaction intermediate W

要素

Quinolinate synthase A

キーワード

TRANSFERASE / NAD BIOSYNTHESIS / IRON SULFUR CLUSTER

機能・相同性

機能・相同性情報

'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Quinolinate Synthase in Complex with a Substrate Analogue, the Condensation Intermediate, and Substrate-Derived Product.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.4	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f3d.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f3d.ent.gz	111.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f3d_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f3d_full_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示
XML形式データ	5f3d_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	5f3d_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f33C 5f35C 5lqmC 5lqsC 4p3xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p3x-d 6g74-1 4zk6-2 5f33-d 6i0r-d 6ora-2 6f4l-d 6g74-2 5f35-d 6nsu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Quinolinate synthase A

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.902, 49.029, 60.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Quinolinate synthase A 分子量: 34640.598 Da / 分子数: 1 / 変異: Y107F, K219R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: nadA, TM_1644 / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X7, quinolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-5UK / 2-IMINO,3-CARBOXY,5-OXO,6-HYDROXY HEXANOIC ACID 分子量: 203.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO₆
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG3350, Tris, LiSO4, NH4SO4, KCl, DHAP, oxaloacetic acid, anaerobic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.2 Å / Num. obs: 23542 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
Aimless	0.5.9	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P3X

4p3x

解像度: 1.9→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 10.543 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21082	1182	5 %	RANDOM
R_work	0.16991	-	-	-
obs	0.17202	22317	96.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.946 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.01 Å²	0 Å²	-2.57 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2396	0	37	236	2669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.999	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3.001	5980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.547	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.652	24.954	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.741	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.359	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.714	2.777	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.707	2.773	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.886	5.19	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.889	5.193	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.774	3.297	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.669	3.258	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.58	5.882	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.52	36.336	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.338	35.027	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	72	-
R_work	0.428	1508	-
obs	-	-	88.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4863	-0.1448	0.1356	0.2094	-0.1099	1.1467	-0.0026	-0.0718	0.0257	-0.0445	0.0512	0.0286	0.1042	-0.1274	-0.0486	0.0266	-0.0066	-0.0235	0.0358	0.0017	0.0539	2.4826	-4.3836	24.3062
2	0.4402	0.2369	-0.0619	0.4525	0.4377	2.1206	-0.0639	0.1217	-0.0453	0.0254	0.0253	-0.0119	-0.0656	0.0229	0.0386	0.0381	-0.0283	0.0002	0.056	-0.0277	0.0236	23.7295	8.9284	16.8389
3	1.5547	-0.7756	0.3408	0.4553	-0.4595	1.4562	0.039	0.1076	0.027	-0.0405	-0.0599	-0.0001	0.0158	0.1217	0.021	0.0775	-0.0093	-0.0448	0.0163	0.0092	0.0272	5.7484	1.0552	-1.4331
4	2.6886	0.3998	-0.7607	1.0698	0.2235	4.8569	0.0728	0.1311	-0.0007	0.0269	0.0694	-0.0153	0.0902	0.1214	-0.1422	0.0166	0.0171	-0.0159	0.0208	-0.015	0.0173	15.7396	-6.9424	11.5445

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	257 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	84 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	280 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	79 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	166 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	252 - 256
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	301 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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