PDB-5f32: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 40

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f32

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 40

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Dempster, S. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f32.cif.gz	587.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f32.ent.gz	484.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f32_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f32_full_validation.pdf.gz	520.5 KB	表示
XML形式データ	5f32_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	5f32_validation.cif.gz	82.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f2wC 5f37C 5f39C 5f3cC 5f3eC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f3i-3 6h4w-3 5f3e-3 6h4y-3 6h4t-3 5f3i-1 6h4o-3 6h4r-4 4ura-2 5f3e-1 4v2v-1 6h4q-4 6h4v-4 5a7o-2 5anq-1 5a7w-2 2vut-7 5f3g-3 3g5a-3 6cg2-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.218, 102.593, 141.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 791分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5V7 / 8-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 245.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇N₅OS
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0721 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→48.86 Å / Num. obs: 89282 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 43.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.05→41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9505 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9396 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.195 / SU R_free Blow DPI: 0.158 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.159

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2031	4452	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1681	-	-	-
obs	0.1699	89166	88.04 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8239 Å²	0 Å²	7.3743 Å²
2-	-	-10.7151 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.8912 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.243 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11083	0	140	765	11988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11569	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	15733	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3757	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		219	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1791	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11569	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		6	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.24
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.56
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1476	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		15	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13744	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	154	4.64 %
R_work	0.2076	3162	-
all	0.2079	3316	-
obs	-	-	44.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8368	0.9579	0.289	4.4484	0.0292	3.6224	-0.0936	-0.45	0.127	0.0014	0.1124	0.5367	0.4286	-0.6204	-0.0188	-0.2339	-0.0428	-0.0185	0.0507	-0.0989	-0.1536	2.9756	38.2858	-51.6004
2	1.6845	0.7756	-0.0669	2.7303	-0.0997	2.3891	-0.0591	-0.0537	0.4125	0.0731	-0.0755	0.2972	-0.4147	-0.0643	0.1346	-0.0923	0.0813	-0.0356	-0.0924	-0.14	0.0866	15.9248	61.4818	-53.6814
3	2.3199	-2.6447	1.5807	0.4964	-1.7229	1.1991	-0.0529	0.1167	0.147	-0.1955	0.0822	0.107	-0.0744	-0.1538	-0.0293	-0.0622	0.0399	-0.1527	-0.0461	-0.0023	0.1369	8.3249	58.2567	-66.8319
4	1.2365	1.0302	0.0754	2.8476	-1.0231	2.9375	0.0372	-0.4174	0.3768	0.2785	-0.2744	0.028	-0.056	-0.5555	0.2372	-0.1765	-0.001	0.0051	0.1129	-0.154	-0.093	9.6878	45.5128	-44.3683
5	3.1147	1.3565	-0.2504	2.236	-0.5209	2.3554	-0.062	-0.2033	0.0194	-0.07	-0.1068	-0.1905	0.1552	-0.0236	0.1688	-0.1277	0.0464	-0.0401	-0.0726	-0.0877	-0.094	18.1543	43.5765	-55.2982
6	0.1423	-2.5761	-0.5885	2.155	-2.2127	1.9004	-0.0338	-0.2313	-0.3537	0.0612	-0.0604	-0.2744	0.3175	0.1593	0.0942	0.056	0.128	0.019	-0.109	0.0768	0.0712	23.1732	23.0832	-47.143
7	2.2134	-1.1304	0.3123	3.7226	-1.1134	2.8947	-0.0393	0.2654	-0.016	-0.3659	-0.0485	-0.5062	0.5338	0.5857	0.0878	-0.0422	0.0253	0.0307	-0.0257	-0.0227	-0.1379	8.1555	0.1114	-17.0259
8	0.8921	-0.312	0.0261	1.4669	-0.5737	2.6198	-0.0135	0.2196	0.3428	-0.0522	-0.0308	-0.0006	-0.4218	-0.0714	0.0444	-0.0342	-0.072	-0.0082	-0.0564	0.1203	0.0086	-5.238	23.2577	-16.9707
9	0.8215	1.4526	2.6029	3.435	3.005	3.4785	-0.0518	-0.178	0.1229	0.2398	0.0886	-0.0748	-0.1415	0.1993	-0.0367	-0.0125	-0.0192	-0.0813	-0.051	-0.0243	0.0323	2.7953	21.0351	-3.5617
10	1.8508	-0.1984	-0.3027	2.0607	-0.1669	2.2319	-0.0648	0.2235	-0.0868	-0.3074	0.0799	0.2369	0.3615	-0.1294	-0.0151	-0.0244	-0.0612	-0.0488	-0.1266	0.0138	-0.1612	-6.7765	2.0672	-16.5693
11	2.8729	-0.1673	-1.1822	5.7406	-0.8572	2.3196	0.0847	0.0916	0.3334	0.1311	0.0764	-0.1428	-0.4925	0.1999	-0.1611	0.0741	-0.0185	0.0661	-0.1038	-0.011	-0.0833	-14.851	-4.0064	-59.237
12	1.8924	0.3718	0.6664	2.9086	-0.3307	1.4555	0.1254	-0.0753	-0.1597	0.1215	-0.0237	-0.3526	0.0953	0.1804	-0.1017	-0.0339	0.0703	-0.0555	-0.0276	0.0294	-0.1112	-16.6838	-30.9812	-52.0288
13	1.6497	-2.4315	1.6635	1.5054	0.4901	4.7967	-0.0207	0.2822	-0.1742	-0.3556	0.127	-0.1454	0.0969	0.0733	-0.1063	0.0227	0.0583	-0.0036	-0.0403	-0.037	-0.0229	-18.3611	-32.0099	-69.0728
14	1.4901	0.1415	-0.0213	1.8968	-0.3843	1.5384	0.0664	-0.1428	0.0612	0.2215	0.1029	0.0536	-0.1787	-0.021	-0.1693	0.0105	0.053	0.0229	-0.078	0.0106	-0.1348	-23.5686	-18.5548	-54.8375
15	3.6376	-0.7509	-0.013	0.8576	0.8746	2.256	-0.0018	-0.4831	0.5036	0.4911	0.0303	0.354	-0.3146	-0.3855	-0.0285	0.1729	0.1627	0.2109	-0.1199	-0.0599	-0.1394	-31.8857	-1.6985	-46.8945
16	3.1437	0.4747	-1.4927	3.1901	1.048	3.0317	0.0876	0.0402	0.2907	-0.0192	-0.1786	0.4773	-0.5453	-0.5393	0.091	-0.0103	0.1064	-0.0267	-0.0735	-0.0633	-0.0136	-32.5164	60.1826	-13.3356
17	1.7943	-0.8087	1.7203	2.6314	-0.1758	2.9406	-0.0438	0.0304	0.0175	0.0266	0.0059	0.5547	0.1906	-0.326	0.0379	-0.1025	-0.0814	-0.0324	-0.0633	-0.0078	0.02	-31.4794	33.5233	-18.8562
18	4.6592	0.3308	0.9766	2.7372	1.3006	2.549	0.0166	-0.2726	-0.2361	0.3404	-0.1046	0.3761	0.3579	-0.2738	0.0881	-0.041	-0.0652	0.0026	-0.1135	0.0158	-0.0179	-26.5037	31.0219	-8.6496
19	1.9448	-0.2137	0.3198	1.564	0.4191	1.2345	-0.0495	0.324	-0.0115	-0.2563	-0.0417	0.2744	-0.1397	-0.2785	0.0912	-0.0532	-0.0095	-0.0615	0.015	-0.0352	-0.0696	-28.1998	43.6135	-22.7365
20	1.5735	-0.164	0.1405	1.0468	0.1286	1.6822	0.0262	-0.0279	0.051	0.0394	-0.0604	0.1054	-0.122	-0.0359	0.0342	-0.005	-0.0101	-0.0249	-0.0675	-0.0155	-0.0458	-19.6374	46.7532	-12.2021
21	1.418	0.7409	-0.3134	0.0998	-1.5867	2.832	0.0979	0.3791	0.323	-0.1121	-0.1581	0.125	-0.5349	0.1548	0.0602	0.0992	-0.0204	-0.074	-0.0799	0.053	-0.0599	-14.214	61.2952	-27.4887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|11 - 70}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|71 - 102}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|103 - 124}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|125 - 164}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|165 - 317}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|318 - 354}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|11 - 70}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|71 - 102}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|103 - 124}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|125 - 354}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|7 - 48}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|49 - 102}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|103 - 124}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|125 - 293}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|294 - 355}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|6 - 53}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|54 - 78}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|79 - 124}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|125 - 190}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{D\|191 - 293}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{D\|294 - 354}

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 791分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 6種, 791分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 791分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)