PDB-5f2y: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-homoCys-H-E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f2y

タイトル

A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-homoCys-H-E

要素

CC-Hept-hCys-H-E

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Coiled coil / heptamer / de novo design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Burton, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2016
タイトル: Installing hydrolytic activity into a completely de novo protein framework.
著者: Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f2y.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f2y.ent.gz	55.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f2y_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f2y_full_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示
XML形式データ	5f2y_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	5f2y_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/5f2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ez8C 5ez9C 5ezaC 5ezcC 5ezeC 4pnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eze-d 4pnb-1 4h8m-1 4pnb-2 6r4n-6 5ooo-1 2fr2-d 3woc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CC-Hept-hCys-H-E

B: CC-Hept-hCys-H-E

C: CC-Hept-hCys-H-E

D: CC-Hept-hCys-H-E

E: CC-Hept-hCys-H-E

F: CC-Hept-hCys-H-E

G: CC-Hept-hCys-H-E

23.8 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.250, 61.980, 68.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-hCys-H-E 分子量: 3395.978 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES at pH 7.0 with 18% w/v PEG 12000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→32.09 Å / Num. obs: 14347 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pna

4pna

解像度: 2.1→32.09 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2683	706	4.95 %	random selection
R_work	0.2208	-	-	-
obs	0.2232	14264	99.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1350	0	0	85	1435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	1857
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.571	506
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1001-2.2622	0.3028	135	0.2501	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.4898	0.2935	144	0.2314	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.8499	0.2649	138	0.2175	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8499-3.5898	0.2755	143	0.2297	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5898-32.0934	0.2526	146	0.2086	2749	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1918	-0.0155	0.1547	0.2546	0.0084	0.1866	0.1893	0.03	0.8845	-0.0074	-0.0647	-0.2205	-0.3434	0.1078	-0.0011	0.3242	-0.0235	0.0745	0.3208	0.0933	0.523	-62.0775	2.0199	25.6608
2	0.4196	-0.0493	0.3231	0.4388	0.0949	0.2593	0.085	0.2783	-1.0599	-0.1865	-0.0613	-0.2247	0.1291	0.1461	0.0005	0.2837	0.0476	-0.0045	0.2723	-0.0035	0.354	-60.0891	-17.0928	28.7051
3	0.3065	0.0164	0.2819	0.622	-0.3362	0.4968	0.1774	0.3497	0.5719	-0.1725	0.0043	-0.098	-0.3092	0.2321	-0.0007	0.3042	0.019	0.0513	0.3685	0.1348	0.3388	-66.4132	-1.5427	18.5416
4	0.1702	0.0609	0.3058	0.0777	0.0631	0.5646	0.1493	1.6202	-0.0561	-0.2414	-0.2705	0.0315	-0.0468	-0.508	0.0024	0.3782	0.0347	0.0232	0.4902	-0.0212	0.2965	-67.5579	-9.6477	16.6378
5	0.0877	0.0094	0.1511	0.2785	0.0171	0.2415	0.0334	0.8605	-0.8705	-0.6423	-0.1777	0.2261	0.1774	-0.1413	0.0012	0.3859	-0.0138	0.0398	0.3209	-0.1103	0.4178	-64.9426	-16.6951	21.0055
6	0.3466	0.0268	0.3968	0.2468	0.0158	0.4644	0.2951	-0.5128	0.1216	0.0788	-0.3389	-0.2665	-0.5775	0.3969	-0.0009	0.2692	-0.0084	0.045	0.3093	-0.0031	0.4297	-58.3768	-2.2178	32.1716
7	0.3165	-0.0447	0.3539	0.2073	-0.0651	0.4257	0.1174	-0.3537	-0.4206	0.1334	-0.0392	-0.0382	0.2814	0.5061	0.0005	0.2883	0.0049	-0.0332	0.3226	-0.0184	0.3458	-57.6917	-10.8885	33.6982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 18 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 2 through 18 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 2 through 18 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 2 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 2 through 18 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 2 through 18 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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