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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f26 | ||||||
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タイトル | Crystal structures of Pribnow box consensus promoter sequence (P63) | ||||||
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![]() | DNA / Racemic DNA crystallography / Pribnow box / Bacterial Promoter / B-DNA | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Srivastava, S.C. / Huc, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure elucidation of the Pribnow box consensus promoter sequence by racemic DNA crystallography. 著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Srivastava, S.C. / Kauffmann, B. / Huc, I. #1: ![]() タイトル: Racemic DNA crystallography 著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Pribnow box consensus sequence TATAAT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: DNA, sodium cacodylate, barium chloride, potassium chloride, spermine tetrahydrochloride, 2-methyl-2,4-pentanediol PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→42.64 Å / Num. obs: 2101 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 16.94 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 463D 解像度: 3→36.074 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→36.074 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.0004→36.0771 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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