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- PDB-5f1w: Crystal structure of the enantiomer of a macrocyclic peptide cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1w
タイトルCrystal structure of the enantiomer of a macrocyclic peptide containing fragments from alpha synuclein 36-55
要素Macrocyclic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-Hairpins
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.161 Å
データ登録者Salveson, P.J. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: X-ray Crystallographic Structure of Oligomers Formed by a Toxic beta-Hairpin Derived from alpha-Synuclein: Trimers and Higher-Order Oligomers.
著者: Salveson, P.J. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrocyclic peptide
B: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6819
ポリマ－10,3496
非ポリマー3323
水99155
1
A: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子

A: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子

A: Macrocyclic peptide
C: Macrocyclic peptide
F: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,87812
ポリマ－15,5239
非ポリマー3553
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7980 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
2
B: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子

B: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子

B: Macrocyclic peptide
D: Macrocyclic peptide
E: Macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,16615
ポリマ－15,5239
非ポリマー6436
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8460 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area7220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.910, 77.910, 77.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SO4

21B-101-

SO4

31C-203-

HOH

41C-206-

HOH

51C-207-

HOH

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要素

#1: Polypeptide(D)
Macrocyclic peptide


分子量: 1724.804 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES (pH 8.0), 0.5 m ammonium sulphate, 34% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月2日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.161→34.842 Å / Num. obs: 8669 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 5.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F1T

5f1t


解像度: 2.161→34.842 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 856 9.87 %
Rwork0.2232 --
obs0.2291 8669 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.161→34.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 21 55 754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.058962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.128294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1608-2.29620.34031400.28561289X-RAY DIFFRACTION100
2.2962-2.47340.30391390.23551260X-RAY DIFFRACTION100
2.4734-2.72230.30371410.24321297X-RAY DIFFRACTION100
2.7223-3.1160.25861400.20081313X-RAY DIFFRACTION100
3.116-3.92490.24181460.19531298X-RAY DIFFRACTION100
3.9249-34.84690.31500.23131364X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3612-1.46382.93056.46292.52426.0897-0.0787-0.3499-0.33051.2088-0.3626-0.49490.211-0.80380.07440.41510.0193-0.05330.36520.05210.39878.6002-2.2989-7.6665
24.5032-0.6699-3.95855.34923.84515.349-0.57470.1132-0.71570.8580.3217-0.37190.92660.09880.24960.30680.0052-0.01030.2655-0.05950.2668-5.8968-14.193-18.2988
34.85155.64130.14527.8739-1.66283.7486-0.1491-0.39750.5856-0.22270.33211.9635-1.33490.2945-0.07510.4076-0.03660.03450.3086-0.0160.294-2.9140.6126-11.5015
48.89073.79254.18534.16821.88757.6702-0.67481.0571-0.30210.1169-0.248-0.2546-0.4939-0.96070.28630.34880.14070.03440.4636-0.12430.3887-10.1328-25.7264-14.9928
52.5727-3.6813.13217.0875-4.59685.94460.3180.07710.2366-0.8098-0.32990.60050.7857-0.47090.03520.320.1199-0.01460.3144-0.13080.3548-7.9887-23.0214-24.1582
63.52292.1755-4.12216.9119-4.64636.3043-0.0138-0.16951.30010.59960.3599-0.3236-0.24820.3057-0.06740.20220.0601-0.10190.4622-0.02240.42889.7886-8.08130.7239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 16)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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