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- PDB-5f1f: Crystal structure of CMY-10 adenylylated by acetyl-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1f
タイトルCrystal structure of CMY-10 adenylylated by acetyl-AMP
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Class C beta lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / Beta-lactamase CMY-10
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.548 Å
データ登録者An, Y.J. / Kim, M.K. / Na, J.H. / Cha, S.S.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaNRF-2015R 1A2A2A 01004168 韓国
National Research Foundation of KoreaNRF-2015M 1A5A 1037480 韓国
KIOST in-house programsPE99314 韓国
KIOST in-house programsPE99302 韓国
引用ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic insights into the inhibition of class C beta-lactamases through the adenylylation of the nucleophilic serine.
著者: Kim, M.K. / An, Y.J. / Na, J.H. / Seol, J.H. / Ryu, J.Y. / Lee, J.W. / Kang, L.W. / Chung, K.M. / Lee, J.H. / Moon, J.H. / Lee, J.S. / Cha, S.S.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3258
ポリマ－39,3031
非ポリマー1,0227
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.874, 59.342, 111.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 39303.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア)
遺伝子: blaCMY-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99QC1, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: Cadmium chloride, Na-Cacodylate, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.548→50 Å / Num. obs: 44969 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZKJ

1zkj


解像度: 1.548→38.18 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1965 2405 5.08 %
Rwork0.1658 --
obs0.1673 44969 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.548→38.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2706 0 28 321 3055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4533802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6751000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5481-1.57970.21241270.16692431X-RAY DIFFRACTION90
1.5797-1.6140.20751430.15752500X-RAY DIFFRACTION92
1.614-1.65160.19761490.14942520X-RAY DIFFRACTION93
1.6516-1.69290.19351390.15492533X-RAY DIFFRACTION94
1.6929-1.73860.21251510.15832566X-RAY DIFFRACTION95
1.7386-1.78980.18011470.1592617X-RAY DIFFRACTION96
1.7898-1.84760.20561350.16252636X-RAY DIFFRACTION97
1.8476-1.91360.20821340.16382642X-RAY DIFFRACTION97
1.9136-1.99020.21281380.16392674X-RAY DIFFRACTION98
1.9902-2.08080.20121270.16042701X-RAY DIFFRACTION98
2.0808-2.19050.20481510.15522682X-RAY DIFFRACTION98
2.1905-2.32770.15931470.15642685X-RAY DIFFRACTION99
2.3277-2.50740.18881460.16432738X-RAY DIFFRACTION99
2.5074-2.75960.19021400.1692748X-RAY DIFFRACTION99
2.7596-3.15880.22751570.18042743X-RAY DIFFRACTION99
3.1588-3.97910.17321370.16452781X-RAY DIFFRACTION98
3.9791-38.19190.20551370.1782773X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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