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万見
- PDB-5f1e: Apo protein of Sandercyanin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1e
タイトルApo protein of Sandercyanin
要素Sandercyanin Fluorescent Protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Sandercyanin / red-fluorescent protein / lipocalin / biliverdin / photo-stability
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin-like domain / Invertebrate colouration protein / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sandercyanin Fluorescent Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sander vitreus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ghosh, S. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Blue protein with red fluorescence
著者: Ghosh, S. / Yu, C.L. / Ferraro, D.J. / Sudha, S. / Pal, S.K. / Schaefer, W.F. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3192
ポリマ－40,3192
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein

A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6394
ポリマ－80,6394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area5910 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.764, 158.764, 84.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 22:188 )
211chain 'B' and (resseq 22:188 )

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要素

#1: タンパク質 Sandercyanin Fluorescent Protein


分子量: 20159.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sander vitreus (魚類) / 組織: Mucus / 細胞株: Mucosa / プラスミド: pET21a
詳細 (発現宿主): Ampicillin resistant plasmid, gene is cloned between NdeI and HindIII
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1D5B367*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG 8000, 8% v/v Ethylene glycol / PH範囲: 7.4-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→53.4 Å / Num. obs: 17824 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 36.7 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 31.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
iMOSFLMデータ削減
d*TREKデータスケーリング
d*TREK位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F6Z

5f6z


解像度: 2.7→53.4 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 908 5.1 %0.246
Rwork0.1965 ---
obs0.199 17808 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→53.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2567 0 0 95 2662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0883586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.867943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005468
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1278X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1278X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.86920.26731500.23062741X-RAY DIFFRACTION100
2.8692-3.09070.2961420.22412761X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.40170.2891630.21752771X-RAY DIFFRACTION100
3.4017-3.89380.2691650.19132780X-RAY DIFFRACTION100
3.8938-4.90520.18741470.17252832X-RAY DIFFRACTION100
4.9052-53.41170.24221410.19333015X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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