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万見
- PDB-5f0z: Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f0z
タイトルCrystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in fructose, ADP and calcium ion bound form
要素Fructokinase
キーワードTRANSFERASE / kinase / fructose / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


fructokinase / fructokinase activity / fructose metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / beta-D-fructofuranose / Fructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Paul, R. / Nath, S. / Sen, U.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department od Atomic Energy, Govt. of India インド
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fructokinase from Vibrio cholerae O395 in apo form
著者: Paul, R. / Nath, S. / Sen, U.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2015
タイトル: Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of a fructokinase from Vibrio cholerae O395
著者: Paul, R. / Nath, S. / Sen, U.
履歴
登録2015年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6665
ポリマ－34,9961
非ポリマー6704
水6,305350
1
A: Fructokinase
ヘテロ分子

A: Fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,33210
ポリマ－69,9912
非ポリマー1,3418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.884, 64.272, 41.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-787-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Fructokinase


分子量: 34995.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: cscK, VC0395_0600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3AER7, fructokinase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 353分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 5% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0, 3-4 days / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 30437 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.08 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TZ6

1tz6


解像度: 1.75→35 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 17.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1865 1497 5.08 %Random selection
Rwork0.1477 ---
obs0.1497 29487 99.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2339 0 41 350 2730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3053357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.958865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80650.27461360.23722513X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.8710.23021440.19052511X-RAY DIFFRACTION100
1.871-1.9460.22191430.1782528X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.03450.23211390.16722501X-RAY DIFFRACTION100
2.0345-2.14180.1871290.14752554X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.27590.17591280.13862536X-RAY DIFFRACTION100
2.2759-2.45160.17341470.13612566X-RAY DIFFRACTION100
2.4516-2.69820.16761410.13692540X-RAY DIFFRACTION100
2.6982-3.08850.19661430.1462557X-RAY DIFFRACTION99
3.0885-3.89040.18581230.12472583X-RAY DIFFRACTION98
3.8904-35.00750.1511240.14842601X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76650.01730.69232.27050.06722.6537-0.08820.0853-0.0566-0.20010.0934-0.10860.07290.03230.09040.0681-0.01110.04960.0108-0.0060.01414.57577.9612-14.795
21.55740.6864-0.58321.3302-0.11921.6101-0.08030.043-0.1629-0.09630.0188-0.04440.1173-0.01920.04890.0862-0.02190.00770.0488-0.01060.06412.19474.4151-12.4818
31.52720.7454-0.27141.322-0.26180.91730.0304-0.06650.12540.0747-0.01690.0414-0.0409-0.025-0.00210.0614-0.0102-0.00610.0518-0.01330.061214.156117.7315-1.0368
41.14640.53650.45961.66940.83961.4351-0.13180.1310.1491-0.15460.0884-0.0216-0.17950.08820.0430.1011-0.0395-0.01360.09330.02340.078919.577923.8199-17.6317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 120 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 222 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 223 through 323 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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