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- PDB-5f0w: Crystal structure of human copper homeostatic proteins atox1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f0w
タイトルCrystal structure of human copper homeostatic proteins atox1
要素Copper transport protein ATOX1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / copper / homeostatic
機能・相同性
機能・相同性情報


metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / Copper transport protein ATOX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wei, W. / Wang, F. / Zhao, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of tetrasilver bound to human copper homeostatic proteins atox1 at 1.7 Angstroms resolution
著者: Wei, W. / Wang, F. / Zhao, J.
履歴
登録2015年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper transport protein ATOX1
B: Copper transport protein ATOX1
C: Copper transport protein ATOX1
D: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,51412
ポリマ－29,6514
非ポリマー8638
水21612
1
A: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6283
ポリマ－7,4131
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4130 Å2
手法PISA
2
B: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6283
ポリマ－7,4131
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4100 Å2
手法PISA
3
C: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6283
ポリマ－7,4131
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4080 Å2
手法PISA
4
D: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6283
ポリマ－7,4131
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.493, 112.493, 56.634
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 68 / Label seq-ID: 1 - 68

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Copper transport protein ATOX1 / Metal transport protein ATX1


分子量: 7412.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATOX1, HAH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00244
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-sodium citrate, 20 % (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 10336 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 17.776
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.667 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→24.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.736 / ESU R Free: 0.362
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28935 487 4.5 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.26235 10336 94.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→24.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 8 12 2076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6222.0082792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.80234828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9135268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58925.88268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85215416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.557154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5573.821084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5533.8151083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0195.7041348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0185.7091349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5844.065996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5414.056993
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9425.9951443
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.66428.6742128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.66528.6992129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A40010.1
12B40010.1
21A39120.14
22C39120.14
31A40170.1
32D40170.1
41B39290.15
42C39290.15
51B40630.09
52D40630.09
61C39270.14
62D39270.14
LS精密化 シェル解像度: 2.696→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 29 -
Rwork0.279 717 -
obs--92.21 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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