PDB-5f0v: X-ray crystal structure of a thiolase from Escherichia coli at 1....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f0v

タイトル

X-ray crystal structure of a thiolase from Escherichia coli at 1.8 A resolution

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / E.coli thiolase / fatty acid metabolism / degradative enzyme / active site geometry

機能・相同性

機能・相同性情報

acetoacetic acid catabolic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ithayaraja, M. / Neelanjana, J. / Wierenga, R. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a thiolase from Escherichia coli at 1.8 angstrom resolution.
著者: Ithayaraja, M. / Janardan, N. / Wierenga, R.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.

履歴

登録	2015年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f0v.cif.gz	583.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f0v.ent.gz	481.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f0v_validation.pdf.gz	493.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f0v_full_validation.pdf.gz	510.4 KB	表示
XML形式データ	5f0v_validation.xml.gz	70.2 KB	表示
CIF形式データ	5f0v_validation.cif.gz	101 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/5f0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/5f0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f38C 4e1lS 5f0y PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wys-d 6aqp-d 4o9a-d 5f38-d 1m3k-d 4w61-2 4o99-d 4o9c-2 1qfl-d 1m1o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (13) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

C: Acetyl-CoA acetyltransferase

D: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.930, 75.310, 147.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	D
1	4	C
2	4	B
1	5	C
2	5	D
1	6	B
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 393 / Label seq-ID: 1 - 395

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	C	C
1	2	A	A
2	2	B	B
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	C	C
2	4	B	B
1	5	C	C
2	5	D	D
1	6	B	B
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase 分子量: 40461.434 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: atoB, b2224, JW2218 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76461, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium fluride 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35.6 Å / Num. obs: 135774 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 4.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
SCALA	2.2.1	データ削減
SCALA	2.2.1	データスケーリング
PHASER	2.2.21	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E1L

4e1l

解像度: 1.8→35.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.571 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19537	6673	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16032	-	-	-
obs	0.162	129093	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11088	0	175	1136	12399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	11415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	11327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.976	15378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.538	3	25884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.013	5	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.142	25.104	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.082	15	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.344	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	13219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.374	1.607	6325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.369	1.606	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.841	2.401	7899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.842	2.402	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.2	1.89	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.2	1.89	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.103	2.694	7470
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.784	16.107	51536
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.784	16.107	51537
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	23481	0.08
1	2	C	23481	0.08
2	1	A	23182	0.08
2	2	B	23182	0.08
3	1	A	23012	0.08
3	2	D	23012	0.08
4	1	C	23491	0.07
4	2	B	23491	0.07
5	1	C	23021	0.08
5	2	D	23021	0.08
6	1	B	22725	0.09
6	2	D	22725	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	421	-
R_work	0.24	8238	-
obs	-	-	81.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.483	-0.0345	-0.0374	0.7771	0.3981	0.5591	0.021	-0.0335	0.0853	0.0789	-0.0379	-0.0729	-0.0256	-0.0016	0.0168	0.0362	-0.031	-0.0074	0.0794	-0.0025	0.0339	67.2614	-27.29	25.9845
2	0.6402	0.1499	-0.0575	0.863	0.2903	0.6199	-0.004	-0.0495	0.0854	0.018	-0.0501	0.1325	-0.1414	0.0028	0.0542	0.0998	-0.0267	0.0328	0.0182	-0.0257	0.0521	14.4483	-42.1485	37.881
3	0.4587	-0.2945	-0.3825	0.7711	0.3535	1.0878	0.0214	0.0957	-0.0203	0.0078	-0.081	-0.0912	0.2398	-0.0275	0.0596	0.0979	0.0007	0.0221	0.0928	-0.0041	0.0289	67.5648	-50.1819	6.2424
4	0.9927	0.466	-0.0442	0.821	0.3131	0.7292	-0.0302	-0.0462	-0.2961	0.0761	-0.0148	-0.0942	0.1472	0.0737	0.0451	0.0917	0.0045	0.0587	0.0124	0.0083	0.1206	23.3595	-70.8059	36.4475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 393
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	-1 - 393
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-1 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 393

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