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- PDB-5f03: TRYPTASE B2 IN COMPLEX WITH 5-(3-Aminomethyl-phenoxymethyl)-3-[3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f03
タイトルTRYPTASE B2 IN COMPLEX WITH 5-(3-Aminomethyl-phenoxymethyl)-3-[3-(2-chloro-pyridin-3-ylethynyl)-phenyl]-oxazolidin-2-one; compound with trifluoro-acetic acid
要素Tryptase beta-2
キーワードHYDROLASE / HUMAN TRYPTASE / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5TA / Tryptase beta-2 / Tryptase alpha/beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Banner, D. / Benz, J. / Joseph, C. / Kuglstatter, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Real-World Perspective on Molecular Design.
著者: Kuhn, B. / Guba, W. / Hert, J. / Banner, D. / Bissantz, C. / Ceccarelli, S. / Haap, W. / Korner, M. / Kuglstatter, A. / Lerner, C. / Mattei, P. / Neidhart, W. / Pinard, E. / Rudolph, M.G. / ...著者: Kuhn, B. / Guba, W. / Hert, J. / Banner, D. / Bissantz, C. / Ceccarelli, S. / Haap, W. / Korner, M. / Kuglstatter, A. / Lerner, C. / Mattei, P. / Neidhart, W. / Pinard, E. / Rudolph, M.G. / Schulz-Gasch, T. / Woltering, T. / Stahl, M.
履歴
登録2015年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase beta-2
B: Tryptase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8514
ポリマ－54,9832
非ポリマー8682
水12,412689
1
A: Tryptase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9252
ポリマ－27,4911
非ポリマー4341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tryptase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9252
ポリマ－27,4911
非ポリマー4341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.340, 78.340, 165.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Tryptase beta-2 / Tryptase-2 / Tryptase II


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 2 / 変異: NO / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: MAST CELLS / 遺伝子: TPSB2, TPS2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P20231, UniProt: Q15661*PLUS, tryptase
#2: 化合物 ChemComp-5TA / (5~{S})-5-[[3-(aminomethyl)phenoxy]methyl]-3-[3-[2-(2-chloranylpyridin-3-yl)ethynyl]phenyl]-1,3-oxazolidin-2-one


分子量: 433.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20ClN3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 10000, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→67.88 Å / Num. obs: 43956 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/av σ(I): 13.84 / Net I/σ(I): 0.0103
反射 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.78 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
XDSデータ削減
XPREPデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house structure

解像度: 1.94→67.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.787 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20026 2218 5 %RANDOM
Rwork0.15494 ---
obs0.15726 41738 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.16 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→67.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3831 0 62 689 4582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9565735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2335508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.51923.511188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03115613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0391525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.681.52565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07424087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67531926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.424.51648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.944→1.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 138 -
Rwork0.192 2906 -
obs--93.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73390.1822-0.27761.3302-0.44720.7634-0.0013-0.0698-0.02870.0795-0.0122-0.07050.01810.06340.0135-0.0926-0.0065-0.0044-0.1341-0.0063-0.1106-21.4239.343-1.269
20.83390.09670.17260.56940.15651.90950.0202-0.0602-0.01960.12070.00260.0020.2216-0.0685-0.0228-0.03810.0012-0.0026-0.15880.0018-0.0904-25.615-28.003-23.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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