PDB-5ezw: Thiosulfate bound rat cysteine dioxygenase Y157H variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ezw

タイトル

Thiosulfate bound rat cysteine dioxygenase Y157H variant

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioether bond / post-translational modification / post translational / posttranslational / cysteine dioxygenase / non-heme mono-iron / cupin / tyrosine to histidine substitution / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

Model details

Y157H variant

データ登録者

Fellner, M. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Thiosulfate bound rat cysteine dioxygenase Y157H variant
著者: Fellner, M. / Wilbanks, S.M.

履歴

登録	2015年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ezw.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ezw.ent.gz	74.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ezw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ezw_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ezw_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	5ezw_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	5ezw_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kwjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yyo-d 4ysf-d 4ubh-d 6u4s-d 4xfg-d 6u4l-d 4ies-d 4piy-d 4yni-d 5i0s-d 4piz-d 5i0u-d 4ier-d 4ieu-d 4xff-d 5efu-d 4pix-d 6u4v-d 4xfi-d 2q4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.750, 57.750, 122.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 24234.168 Da / 分子数: 1 / 変異: Y157H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / プラスミド: pPR-IBA1/RatCDO/Y155H_Variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-THJ / THIOSULFATE 分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₃S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Hanging drops of 3 microL of approximately 25 mg/mL Y157H-CDO (20mM Tris-HCl, pH 8.0) and 1 microL reservoir buffer containing seeds from WT-CDO were allowed to equilibrate above the ...詳細: Hanging drops of 3 microL of approximately 25 mg/mL Y157H-CDO (20mM Tris-HCl, pH 8.0) and 1 microL reservoir buffer containing seeds from WT-CDO were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (26% (w/v) polyethylene glycol 4000, 200 mM ammonium acetate, 100 mM sodium citrate).

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Hanging drops of 3 microL of approximately 25 mg/mL Y157H-CDO (20mM Tris-HCl, pH 8.0) and 1 microL reservoir buffer containing seeds from WT-CDO were allowed to equilibrate above the ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月29日 / 詳細: Osmic VariMax optics

放射

モノクロメーター: Osmic VariMax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→26.12 Å / Num. obs: 24590 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 24.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.18 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 29.7 / Num. measured all: 592222 / Scaling rejects: 276

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.65-1.68	11.7	0.823	2.4	9950	853	0.815	0.247	68.3
8.89-26.12	19.8	0.039	60.3	4244	214	0.999	0.008	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	1.10-2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KWJ

4kwj

解像度: 1.65→26.115 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	2293	5.04 %
R_work	0.1715	43188	-
obs	0.1726	24543	95.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.48 Å² / B_iso mean: 25.7695 Å² / B_iso min: 10.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→26.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1517	0	6	243	1766
B_iso mean	-	-	16.57	36.25	-
残基数	-	-	-	-	187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1583
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	229
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.765	580

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6501-1.6859	0.4675	88	0.4006	1924	2012	69
1.6859-1.7252	0.3355	114	0.3096	2213	2327	78
1.7252-1.7683	0.3151	128	0.2479	2573	2701	91
1.7683-1.8161	0.2317	177	0.2053	2777	2954	98
1.8161-1.8695	0.2528	125	0.1871	2792	2917	99
1.8695-1.9298	0.2224	149	0.1827	2786	2935	99
1.9298-1.9988	0.1845	155	0.1821	2799	2954	99
1.9988-2.0788	0.1987	169	0.1846	2780	2949	99
2.0788-2.1734	0.1879	136	0.165	2803	2939	100
2.1734-2.2879	0.1784	145	0.1677	2808	2953	99
2.2879-2.4311	0.1994	162	0.1805	2809	2971	100
2.4311-2.6187	0.2239	180	0.1785	2798	2978	100
2.6187-2.8819	0.2232	160	0.1767	2819	2979	100
2.8819-3.2982	0.1869	145	0.1611	2821	2966	100
3.2982-4.1527	0.1312	131	0.1452	2837	2968	100
4.1527-26.1183	0.1454	129	0.1455	2849	2978	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9347	1.8265	-0.2741	8.9195	-2.8189	8.3031	-0.0159	0.3983	-0.6104	-0.5221	0.0666	0.1579	0.3635	-0.384	-0.0658	0.1515	0.014	-0.0011	0.1595	-0.0733	0.1844	-16.5425	-19.0819	9.4176
2	6.5028	-0.2163	-0.5539	7.3644	-4.3898	8.6532	0.0407	0.4282	0.1321	-0.3268	0.1373	0.4023	-0.0121	-0.5554	-0.2014	0.1335	0.0061	-0.0308	0.1674	-0.0544	0.165	-22.868	-10.796	8.1753
3	2.9335	0.5778	1.7011	7.6049	3.5644	4.4199	0.0483	-0.1156	-0.0977	0.1551	0.0946	-0.2724	0.0811	0.1132	-0.1369	0.0759	0.0078	0.0003	0.1183	0.0213	0.0683	-8.7521	-9.7829	25.6356
4	1.6035	-0.6388	0.2122	1.8763	0.3274	1.6766	-0.0274	0.0184	-0.0204	-0.0663	0.0531	-0.0156	-0.0374	-0.0315	-0.0245	0.1122	-0.0105	-0.0042	0.1254	0.008	0.1324	-16.0802	-2.7128	19.6328
5	6.8297	-1.1763	-1.5015	9.7988	1.6396	6.2407	-0.1203	-0.1871	1.0884	0.2231	-0.0185	0.7678	-1.2931	-0.7869	0.061	0.3725	0.1241	-0.0475	0.2388	-0.0251	0.3692	-29.0311	16.5222	20.9408
6	3.488	-0.9541	-1.1535	3.3511	0.4841	4.5237	-0.0124	-0.3188	-0.2085	0.2826	-0.0217	0.5487	-0.0867	-0.3615	-0.0039	0.1486	-0.0162	0.0272	0.2303	0.0008	0.2705	-26.5692	-4.8834	23.9788
7	5.8479	-2.9425	2.2105	7.001	-4.9707	2.0373	-0.194	-0.1282	-0.0275	0.0959	0.0885	0.2698	-0.3412	-0.5443	0.267	0.1306	0.0327	-0.0068	0.1514	-0.0211	0.1539	-24.3093	3.9014	19.5493
8	1.1059	-0.5349	0.5515	1.7988	0.4379	2.4744	0.0014	0.0004	0.0679	-0.0621	0.0142	0.0297	-0.056	0.0315	-0.0287	0.092	0.0052	0.0013	0.134	0.0042	0.1586	-15.706	-0.6757	21.8139
9	2.0937	-4.7587	-6.1649	6.9994	2.8861	7.5766	0.1769	-0.7512	1.1445	0.1523	0.2847	-0.7279	-0.8306	0.2981	-0.3457	0.2859	0.0092	-0.0614	0.2333	-0.0932	0.3415	-18.605	15.8575	21.787
10	4.7131	-4.7429	-1.0611	6.4458	0.5125	4.6062	-0.0494	0.2817	0.6236	-0.1234	0.1474	-0.0653	-0.2347	0.3326	-0.1124	0.1311	-0.0358	0.0092	0.2009	0.0167	0.2801	-2.4931	-1.6376	18.5306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 22 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 39 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 58 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 59 through 107 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 118 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 119 through 133 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 134 through 143 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 144 through 167 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 168 through 178 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 179 through 190 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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