PDB-5ez3: Crystal structure Acyl-CoA dehydrogenase from Brucella melitensis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ez3

タイトル

Crystal structure Acyl-CoA dehydrogenase from Brucella melitensis in complex with FAD

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / dehydrogenase / FAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure Acyl-CoA dehydrogenase from Brucella melitensis in complex with FAD
著者: Abendroth, J. / Sankaran, B. / Lorimer, D. / Edwards, T.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ez3.cif.gz	871.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ez3.ent.gz	715 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ez3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ez3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3djlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tri-d 4uoj-1 5uqc-d 6bop-1 4lv9-d 5cyf-d 6pbj-d 2wya-2 4g47-2 5e4n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrmeA.01048.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

C: Acyl-CoA dehydrogenase

D: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

256 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acyl-CoA dehydrogenase

D: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.920, 141.250, 193.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 62750.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌) 株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0671 / プラスミド: BrmeA.0.1048a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8YC61, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる

#1: タンパク質

Acyl-CoA dehydrogenase

分子量: 62750.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)
株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0671 / プラスミド: BrmeA.0.1048a.A1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8YC61, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる

-
非ポリマー , 5種, 1296分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: JCSG+ B5: 40% MPD, 5% PEG 8000, 100mM Na-cacodylate/HCl pH 6.5, BrmeA.01048.a.A1.PS01389 at 22.4 mg/ml; cryo: 20% EG; tray 231351b5; puck lwt7-15

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 144369 / Num. obs: 143067 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.34 % / B_iso Wilson estimate: 26.84 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 11.23 / Num. measured all: 566602

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21		2.91	0.852	0.511	2.11	31706	9228	9127	0.462	97.2
2.31-2.37			0.88	0.351	3.45	31945	8992	8892	0.411	98.9
2.37-2.44			0.908	0.302	4.08	32412	8758	8687	0.352	99.2
2.44-2.52			0.935	0.258	4.93	32560	8499	8437	0.299	99.3
2.52-2.6			0.952	0.226	5.7	32644	8261	8193	0.26	99.2
2.6-2.69			0.96	0.2	6.66	32944	8011	7960	0.229	99.4
2.69-2.79			0.969	0.182	7.43	33173	7698	7645	0.207	99.3
2.79-2.9			0.977	0.154	9.04	33220	7434	7410	0.174	99.7
2.9-3.03			0.983	0.133	10.68	33261	7161	7134	0.15	99.6
3.03-3.18			0.988	0.112	12.76	33089	6829	6818	0.126	99.8
3.18-3.35			0.991	0.093	15.58	32622	6536	6526	0.104	99.8
3.35-3.56			0.995	0.08	18.37	31920	6150	6143	0.089	99.9
3.56-3.8			0.995	0.07	21.62	31263	5842	5838	0.077	99.9
3.8-4.11			0.996	0.061	23.91	29041	5387	5380	0.068	99.9
4.11-4.5			0.997	0.055	26.04	27013	5024	5022	0.061	100
4.5-5.03			0.997	0.051	26.6	24565	4548	4542	0.056	99.9
5.03-5.81			0.998	0.05	25.05	21792	4035	4025	0.056	99.8
5.81-7.12			0.998	0.046	25.54	19155	3462	3455	0.05	99.8
7.12-10.06			0.999	0.032	30.86	15078	2711	2699	0.035	99.6
	10.06		0.999	0.027	32.46	7199	1574	1333	0.03	84.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.75 Å
Translation	3.5 Å	19.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
ARP	モデル構築
PHENIX	精密化
PDB_EXTRACT	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3djl

3djl

解像度: 2.15→19.755 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1785	2000	1.4 %	Random selection
R_work	0.1453	141058	-	-
obs	0.1457	143058	99.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.37 Å² / B_iso mean: 32.0608 Å² / B_iso min: 10.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→19.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16348	0	310	1278	17936
B_iso mean	-	-	41.68	35.4	-
残基数	-	-	-	-	2163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17259
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	23496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3205
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.471	10410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2037	0.2332	138	0.2033	9764	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2037-2.2632	0.2273	141	0.1925	9873	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2632-2.3297	0.2452	141	0.1824	9939	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3297-2.4048	0.2255	140	0.1778	9956	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4048-2.4906	0.1907	142	0.1618	10012	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4906-2.5901	0.1824	142	0.1563	9965	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5901-2.7077	0.1983	142	0.1528	10059	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7077-2.8501	0.2155	143	0.1603	10071	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8501-3.028	0.2001	142	0.1598	10074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.028-3.2609	0.2018	144	0.1515	10111	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2609-3.5873	0.1837	145	0.1383	10192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5873-4.1023	0.1547	144	0.1217	10202	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1023-5.1532	0.1288	146	0.115	10281	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1532-50	0.15	150	0.1315	10559	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8274	0.1279	-0.1455	1.0886	-0.2514	1.0015	-0.0061	-0.3172	-0.3119	0.2036	-0.0068	-0.2477	0.0652	0.2335	-0.0201	0.1933	0.0343	-0.032	0.3201	0.1165	0.3254	31.3747	44.6015	-6.9521
2	1.0742	0.0656	0.0276	1.1483	-0.3416	1.5015	-0.0332	-0.0135	-0.381	-0.1329	-0.024	-0.0377	0.2126	-0.0101	0.0667	0.1531	0.0073	0.0231	0.1254	0.0016	0.2843	23.1391	41.0376	-26.221
3	3.0432	-1.5723	0.053	2.5006	0.129	1.0656	0.0363	0.3091	-0.3118	-0.3105	-0.0661	0.1767	0.101	-0.0954	0.0492	0.1922	-0.0387	-0.0016	0.1623	-0.0165	0.1814	12.3347	50.5634	-35.8843
4	1.8931	0.673	0.4714	1.69	0.5461	2.607	-0.0246	0.269	-0.2275	-0.2593	0.0573	0.0911	0.0487	-0.0649	-0.0197	0.1549	0.0275	-0.0132	0.1328	-0.0182	0.1597	13.8283	51.1499	-35.1642
5	1.2249	-0.1167	-0.4412	1.0852	-0.1792	0.8769	0.0582	-0.36	-0.2947	0.1818	-0.0515	-0.0578	0.0823	-0.0824	-0.0334	0.1607	0.0052	0.0065	0.2538	0.1287	0.2239	16.079	47.9576	-2.7235
6	0.6931	0.2116	-0.2261	2.2957	-0.3888	1.3264	0.042	-0.2098	-0.3147	-0.0449	-0.0201	0.2638	0.1435	-0.2717	-0.0099	0.1612	-0.0124	-0.0007	0.2843	0.0788	0.2481	2.7838	46.9002	-6.7403
7	0.8474	-0.134	0.1621	1.7166	-0.2756	0.1064	-0.0188	-0.4069	-0.2413	0.4468	-0.0025	-0.008	-0.0118	-0.0375	0.0212	0.2294	-0.0146	0.0125	0.4015	0.1299	0.2123	11.528	48.1938	4.0765
8	1.6121	0.1883	0.0793	0.9605	0.3186	0.9992	0.0358	-0.3561	0.2865	0.1036	0.0459	-0.1373	-0.2109	0.1567	-0.06	0.2472	-0.0059	0.0237	0.2633	-0.0633	0.2192	23.3121	81.2079	-2.1852
9	1.3912	-0.2595	0.2447	1.9317	0.4781	1.8321	-0.0188	-0.5898	0.0797	0.4705	0.0151	0.0789	-0.0997	-0.1184	-0.0118	0.2688	-0.0141	0.0387	0.3923	0.0001	0.1569	8.7686	69.4373	7.6148
10	2.2117	-1.701	0.8551	3.903	0.5777	1.4017	-0.0328	-0.3109	-0.1966	0.1952	0.0139	0.4427	0.0436	-0.3067	0.0522	0.122	-0.0141	0.0399	0.3129	0.0164	0.1586	-3.8527	65.4516	-3.9325
11	1.1218	0.1171	-0.1286	0.7773	-0.1258	1.1277	0.0252	-0.2514	0.2987	0.2218	-0.0347	-0.1464	-0.1969	0.0703	0.0133	0.2695	-0.0027	0.0108	0.1652	-0.0441	0.2756	47.4061	93.8073	-27.8409
12	0.8691	0.3515	-0.2716	1.3514	-0.3531	0.6128	0.0586	0.1165	0.3117	0.0138	0.0587	0.1581	-0.1476	-0.0986	-0.1065	0.2236	0.0108	0.0388	0.1443	0.0485	0.2326	30.5331	92.0788	-40.6682
13	2.1148	-1.3792	-0.8129	2.8732	0.8935	1.5942	0.1186	0.373	0.0667	-0.2024	-0.0288	0.2147	-0.0275	-0.2662	-0.1149	0.2101	-0.0347	-0.0142	0.2401	0.0837	0.1829	25.6037	78.816	-51.0592
14	1.2738	0.0597	-0.1419	0.6292	-0.093	0.5002	0.0136	0.1484	0.1409	-0.0617	0.0316	-0.0362	-0.1095	-0.0467	-0.034	0.2241	-0.0046	0.0343	0.1049	0.0248	0.1513	44.8073	85.3202	-44.1403
15	1.7851	0.6463	-0.7653	2.38	-0.7483	1.5052	-0.0659	0.3575	0.1941	-0.4503	0.086	0.0652	0.0875	-0.0723	-0.024	0.2506	0.0003	0.0106	0.1814	0.054	0.1992	55.0377	86.7573	-54.7554
16	0.8063	0.1104	1.0084	4.8654	0.2533	1.7116	0.02	0.0815	0.3119	-0.0306	-0.0381	-0.6096	-0.1884	0.3504	0.0162	0.2048	-0.0584	0.0463	0.1706	0.0397	0.3271	68.3072	91.6608	-42.1506
17	1.0303	-0.0422	0.25	0.5647	0.0279	0.9868	-0.0135	-0.1016	-0.2279	0.0076	0.0064	0.013	0.1601	-0.0595	0.0072	0.1808	-0.0147	0.0269	0.1086	0.0183	0.2371	56.9115	52.2853	-29.1775
18	2.462	1.0366	0.5788	4.6038	0.4755	1.9038	-0.0733	-0.3058	0.0877	0.0062	0.1127	-0.1323	-0.0881	0.1425	-0.0301	0.1559	0.067	0.0593	0.3045	0.0304	0.2089	64.3252	64.5228	-10.6168
19	0.9254	-0.111	0.3008	0.3751	-0.0056	1.0133	-0.025	-0.0878	-0.0976	-0.0324	0.0567	-0.073	-0.0044	0.0375	-0.0299	0.1687	-0.0145	0.0284	0.0907	0.014	0.1921	61.7811	63.4878	-29.5865
20	2.5604	-0.3062	0.3596	1.4203	0.0537	1.1193	-0.0324	-0.0666	0.0087	0.0413	0.0177	-0.3426	-0.0267	0.2017	0.0083	0.1902	-0.0234	0.0373	0.1231	0.022	0.2091	70.982	69.8673	-39.5008
21	1.6613	-1.0991	0.5536	2.8572	0.8697	2.7162	0.0167	0.4279	0.0046	-0.5812	0.0165	-0.3301	-0.034	0.2348	-0.021	0.2632	-0.0246	0.0918	0.2274	-0.007	0.159	65.1232	67.4312	-55.9849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 77 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 179 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 231 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 232 through 299 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 300 through 414 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 415 through 509 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 510 through 551 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 372 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 523 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 524 through 552 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 12 through 77 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 78 through 179 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 180 through 231 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 232 through 414 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 415 through 509 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 510 through 552 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 12 through 179 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 180 through 231 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 232 through 375 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 376 through 509 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 510 through 552 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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