+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eyr | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound 5 at 1.57A resolution | ||||||||||||
要素 | EthR | ||||||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / EthR / repressor / Mycobacterium tuberculosis | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monooxygenase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Surade, S. / Blaszczyk, M. / Nikiforov, P.O. / Abell, C. / Blundell, T.L. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2016 タイトル: A fragment merging approach towards the development of small molecule inhibitors of Mycobacterium tuberculosis EthR for use as ethionamide boosters. 著者: Nikiforov, P.O. / Surade, S. / Blaszczyk, M. / Delorme, V. / Brodin, P. / Baulard, A.R. / Blundell, T.L. / Abell, C. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eyr.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5eyr.ent.gz | 39.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eyr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5eyr_validation.pdf.gz | 635.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5eyr_full_validation.pdf.gz | 635.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5eyr_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5eyr_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5eyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5eyr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25259.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: ethR_2, ethR, ethR_1, ABI38_03425, AC434_03675, ACQ94_17905, ACQ95_03225, ACQ96_05940, AFL40_4013, BN1213_00375, BN1303_02839, ERS024750_01557, ERS024751_00529, ERS024758_02192, ERS024764_ ...遺伝子: ethR_2, ethR, ethR_1, ABI38_03425, AC434_03675, ACQ94_17905, ACQ95_03225, ACQ96_05940, AFL40_4013, BN1213_00375, BN1303_02839, ERS024750_01557, ERS024751_00529, ERS024758_02192, ERS024764_01791, ERS094182_00752, ERS124362_00364, ERS124821_00273, ERS124823_00877, ERS124824_02674, ERS124825_01051, ERS124826_00657, ERS124827_01397, ERS124828_02317, ERS124829_02606, ERS124830_02614, ERS124831_02648, ERS124832_01045, IQ38_20160, IQ40_19545, IQ45_19480, IQ47_19420, IU13_19735, IU16_19625, TL06_14095 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045KCS8, UniProt: P9WMC1*PLUS |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-5T0 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Sulphate, glycerol, MES / PH範囲: 6.3 - 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月6日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.57→85.48 Å / Num. obs: 34875 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 26.02 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 29.6 / Num. measured all: 463192 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1T56 解像度: 1.57→21.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9391 / SU R Cruickshank DPI: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.45 Å2 / Biso mean: 32.48 Å2 / Biso min: 12.09 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.212 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→21.44 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.62 Å / Total num. of bins used: 17
|