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- PDB-5exf: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp.1860 comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exf
タイトルThermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp.1860 complexed with NADP+
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldehyde dehydrogenase / thermostable
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum ferrireducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Petrova, T. / Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RSF14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Archaea / 年: 2016
タイトル: NADP-Dependent Aldehyde Dehydrogenase from ArchaeonPyrobaculum sp.1860: Structural and Functional Features.
著者: Bezsudnova, E.Y. / Petrova, T.E. / Artemova, N.V. / Boyko, K.M. / Shabalin, I.G. / Rakitina, T.V. / Polyakov, K.M. / Popov, V.O.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)441,71317
ポリマ－435,6748
非ポリマー6,0399
水56,0093109
1
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,9039
ポリマ－217,8374
非ポリマー3,0665
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27200 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area59850 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
G: Aldehyde dehydrogenase
H: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,8108
ポリマ－217,8374
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26650 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area59980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.590, 208.720, 164.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase


分子量: 54459.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrobaculum ferrireducens (古細菌)
遺伝子: P186_1147 / プラスミド: Pqe (qiagen), pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Dlt1270/prare2 / 参照: UniProt: G7VCG0
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Imidazole ph 6.5, 1.2 M soduim acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→92.8 Å / Num. obs: 326817 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H73

4h73


解像度: 2.19→90.965 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2447 30774 4.98 %Random selection
Rwork0.2064 ---
obs0.2083 317478 97.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→90.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30099 0 390 3109 33598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07142837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.56511430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.21490.375710280.332319340X-RAY DIFFRACTION96
2.2149-2.24090.36199850.318219398X-RAY DIFFRACTION96
2.2409-2.26830.34379850.314319752X-RAY DIFFRACTION97
2.2683-2.2970.35469240.310119753X-RAY DIFFRACTION98
2.297-2.32720.348410770.301719608X-RAY DIFFRACTION98
2.3272-2.35910.32289670.289119704X-RAY DIFFRACTION98
2.3591-2.39280.32910320.287819750X-RAY DIFFRACTION98
2.3928-2.42850.307710370.270619756X-RAY DIFFRACTION98
2.4285-2.46650.30439890.271319677X-RAY DIFFRACTION98
2.4665-2.50690.307710450.267319786X-RAY DIFFRACTION98
2.5069-2.55010.292410640.257619683X-RAY DIFFRACTION98
2.5501-2.59650.2969620.251219835X-RAY DIFFRACTION98
2.5965-2.64650.2899370.238619786X-RAY DIFFRACTION98
2.6465-2.70050.29659880.239219721X-RAY DIFFRACTION97
2.7005-2.75920.265811300.2319488X-RAY DIFFRACTION97
2.7592-2.82340.290110490.232419350X-RAY DIFFRACTION96
2.8234-2.8940.27529610.218519315X-RAY DIFFRACTION96
2.894-2.97230.258410740.217819579X-RAY DIFFRACTION98
2.9723-3.05970.260911610.211519725X-RAY DIFFRACTION98
3.0597-3.15850.255410510.206319745X-RAY DIFFRACTION98
3.1585-3.27140.23610750.198819808X-RAY DIFFRACTION98
3.2714-3.40240.22559930.180319807X-RAY DIFFRACTION98
3.4024-3.55720.194410060.168219740X-RAY DIFFRACTION98
3.5572-3.74480.20611000.167519670X-RAY DIFFRACTION98
3.7448-3.97940.195811570.157419430X-RAY DIFFRACTION97
3.9794-4.28670.18029260.14518953X-RAY DIFFRACTION94
4.2867-4.7180.15869660.12719702X-RAY DIFFRACTION97
4.718-5.40070.15119710.131319639X-RAY DIFFRACTION97
5.4007-6.80390.197910210.154719441X-RAY DIFFRACTION96
6.8039-91.04330.19311130.160718705X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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