PDB-5ex6: Structure of P450 StaH from glycopeptide antibiotic A47934 biosyn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ex6

タイトル

Structure of P450 StaH from glycopeptide antibiotic A47934 biosynthesis

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / monooxygenase / phenolic coupling / glycopeptide antibiotic biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces toyocaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Ulrich, V.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2016
タイトル: More than just recruitment: the X-domain influences catalysis of the first phenolic coupling reaction in A47934 biosynthesis by Cytochrome P450 StaH.
著者: Ulrich, V. / Peschke, M. / Brieke, C. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2015年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ex6.cif.gz	466.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ex6.ent.gz	385.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ex6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ex6_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ex6_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5ex6_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	5ex6_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1lfkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fsh-1 5y5k-2 6zi2-6 4ggv-d 5mnv-8 6l3a-1 5y5f-d 2ygx-2 6fsh-3 5y5l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

C: Cytochrome P450

A: Cytochrome P450

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

146 kDa, 3 ポリマー
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1

C: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.520, 109.520, 187.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Cytochrome P450 / StaH 分子量: 47965.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア) 遺伝子: BU52_01285 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KLL9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / StaH / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ 由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア) 遺伝子: BU52_01285 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)3 citrate pH 7.0, 16.0% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0039 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0039 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.4 Å / Num. obs: 47412 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LFK

1lfk

解像度: 2.4→47.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 19.072 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.544 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24728	4681	9.5 %	RANDOM
R_work	0.19587	-	-	-
obs	0.20072	44636	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.85 Å²	0.92 Å²	0 Å²
2-	-	1.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9038	0	30	233	9301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	9257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.08	2.022	12596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.739	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.884	21.601	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.385	15	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.052	15	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.258	1.5	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.514	2	9159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.934	3	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.599	4.5	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	477	-
R_work	0.247	4672	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6104	-1.0523	-1.9563	0.7993	0.8071	11.4486	-0.0456	-0.3826	-0.0289	-0.0634	0.1947	-0.1425	0.7517	1.2067	-0.1491	0.1659	0.0949	0.0877	0.1583	0.0223	0.3407	-24.92	-59.8554	-45.6491
2	10.1795	5.5499	0.1587	6.0486	3.2477	3.4381	-0.1967	-0.5537	-0.7895	0.2491	0.0615	-0.4634	0.2503	0.6206	0.1352	0.2742	-0.1353	-0.1552	0.6404	0.2603	0.4891	-22.2989	-41.9007	-33.6596
3	0.3696	0.0162	0.0837	1.1535	-1.1665	5.8973	-0.0506	-0.0864	0.0938	-0.0991	0.115	0.1185	-0.2652	-0.1957	-0.0644	0.165	0.069	0.002	0.0656	-0.0031	0.129	-37.112	-34.3869	-53.8376
4	5.1378	0.9487	-3.9908	3.1685	-0.4257	9.0711	0.0438	-0.4648	0.1234	0.0718	-0.0995	0.1041	-0.7943	0.7941	0.0557	0.3212	0.0078	-0.1412	0.2175	-0.0385	0.1447	-28.5379	-27.3436	-43.0669
5	1.9801	-0.0924	1.5385	1.3206	-0.4421	5.6859	-0.0066	-0.1202	-0.0611	-0.137	-0.0066	0.117	0.2729	-0.095	0.0132	0.1061	0.0291	0.0638	0.0173	0.0269	0.0772	-36.2162	-52.556	-54.1102
6	0.602	-0.5738	0.3916	1.8252	-1.0159	3.9525	-0.0747	0.0186	-0.0699	-0.2352	0.0322	0.014	0.162	0.0833	0.0426	0.1133	0.0032	0.0314	0.0144	0.0084	0.0744	-36.2397	-51.4102	-58.7033
7	9.2726	6.5216	-7.8601	5.1321	-4.5089	8.6697	-0.365	0.0697	-0.4017	0.3689	0.0053	-0.1887	1.6752	-0.1753	0.3596	1.0944	-0.0572	-0.084	0.2415	-0.0252	0.371	-65.1884	-75.5494	-20.9205
8	2.8594	5.1592	0.6242	9.3201	0.9516	7.2801	0.1688	0.0334	-0.8354	0.2258	0.051	-1.4819	1.369	0.7818	-0.2198	0.4525	0.1955	-0.0255	0.3271	-0.0094	0.3559	-57.8826	-66.97	-5.9869
9	1.8674	0.4909	-0.304	1.3643	-0.787	2.8666	0.0999	-0.1157	0.1752	-0.0882	-0.0877	-0.0528	-0.2677	0.1938	-0.0122	0.1238	0.0907	0.0242	0.2044	0.0089	0.124	-48.448	-48.0328	-23.6661
10	3.311	-2.6529	-3.2974	8.4441	4.1718	6.9593	0.2669	-0.7825	0.0299	0.6909	-0.0759	-0.2546	0.3894	0.4223	-0.191	0.3202	-0.0329	-0.0779	0.5997	0.1186	0.1757	-37.0548	-52.3017	-12.5583
11	1.6537	0.0358	0.8643	2.5294	-0.7163	4.354	0.0577	-0.051	-0.1947	-0.1099	-0.0503	0.2563	0.5567	-0.3766	-0.0074	0.2169	0.065	0.0272	0.1925	-0.0491	0.1018	-64.866	-60.287	-20.9389
12	0.4872	0.7437	-0.9274	2.0477	0.2212	7.1395	-0.1057	0.0956	-0.0458	-0.3628	0.0467	0.0399	0.4568	-0.0358	0.059	0.2049	0.1097	-0.0551	0.1907	-0.0429	0.0736	-59.1919	-55.8228	-30.3855
13	1.7908	0.7309	0.5206	1.1602	0.6345	6.1251	-0.0563	0.1304	-0.2832	0.0128	0.1576	0.1578	0.723	-0.4435	-0.1013	0.1232	-0.0731	0.0324	0.1504	-0.0037	0.1938	-17.6635	-38.7247	-7.1123
14	18.6393	12.631	-9.6714	18.5416	-10.7834	21.4453	-0.2474	-0.9563	-2.2194	0.8832	-0.8933	-0.4003	1.5336	0.4075	1.1408	0.4188	0.0671	0.1843	0.2986	0.149	0.5028	0.2452	-36.827	6.5864
15	1.243	0.9489	-0.4387	2.6426	-2.6997	10.6212	-0.199	0.1115	0.2739	-0.063	0.1166	-0.0446	-0.5529	0.1933	0.0824	0.0727	-0.0402	-0.0266	0.089	-0.007	0.2182	-1.359	-17.3484	-12.0388
16	2.5194	0.1507	0.589	1.2761	-0.0712	3.6249	-0.0397	-0.0473	0.1487	0.0247	0.0998	-0.0065	-0.0347	0.101	-0.0601	0.0078	-0.0114	0.0169	0.1209	0.02	0.1635	8.4391	-22.4134	-12.943
17	1.5346	-0.0741	0.4036	2.0039	-0.5467	4.6998	-0.1342	0.0015	0.1446	-0.1018	0.1117	0.3654	-0.1385	-0.5278	0.0224	0.0327	-0.0218	-0.0229	0.1436	-0.0169	0.1749	-16.6958	-26.5039	-15.841
18	0.5854	0.5748	-0.3868	1.5646	-0.8955	4.3102	-0.1385	0.221	0.0343	-0.297	0.0848	0.149	0.1097	-0.3203	0.0537	0.0662	-0.0423	-0.0455	0.1645	-0.0058	0.1675	-14.4453	-25.4789	-21.538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	173 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	233 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	303 - 398
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	6 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	40 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	94 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	173 - 226
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	227 - 334
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	335 - 398
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	6 - 64
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	65 - 82
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	83 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	134 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	240 - 305
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	306 - 398

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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