PDB-5evh: Crystal structure of known function protein from Kribbella flavid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5evh

タイトル

Crystal structure of known function protein from Kribbella flavida DSM 17836

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / unkown function

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / SnoaL-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.852 Å

データ登録者

Chang, C. / Duke, N. / Endres, M. / Chhor, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of known function protein from Kribbella flavida DSM 17836
著者: Chang, C. / Duke, N. / Endres, M. / Chhor, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5evh.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5evh.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5evh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5evh_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5evh_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	5evh_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	5evh_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/5evh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3omo-2 6f49-2 5h1t-1 3omo-1 3omp-2 6kfs-d 6xc0-1 3hx8-1 3hx8-2 5jh2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103591

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.908, 45.908, 140.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 14062.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア) 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_2811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D2Q084
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Ammonium Actate, Sodium Acetate pH 4.6, PEG4000, glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 13604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.954 / Net I/av σ(I): 34.75 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 243644

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	15.6	1.442	647	0.874	0.368	1.489	0.836	100
1.88-1.92	16.4	1.125	668	0.953	0.28	1.16	0.826	100
1.92-1.95	17.8	1.028	652	0.915	0.248	1.058	0.86	100
1.95-1.99	18.1	0.825	675	0.946	0.197	0.849	0.866	100
1.99-2.04	18.4	0.685	655	0.977	0.163	0.705	0.892	100
2.04-2.08	18.8	0.578	668	0.97	0.136	0.594	0.935	100
2.08-2.14	18.8	0.445	644	0.986	0.105	0.457	0.919	100
2.14-2.19	18.6	0.344	673	0.991	0.082	0.354	0.969	100
2.19-2.26	18.8	0.293	657	0.991	0.069	0.301	0.986	100
2.26-2.33	18.6	0.238	688	0.994	0.056	0.245	0.991	100
2.33-2.41	18.7	0.231	675	0.992	0.055	0.238	1.003	100
2.41-2.51	18.5	0.183	663	0.997	0.044	0.188	0.988	100
2.51-2.63	18.6	0.134	675	0.996	0.032	0.138	0.971	100
2.63-2.76	18.4	0.111	681	0.998	0.027	0.115	0.96	100
2.76-2.94	18.3	0.095	684	0.992	0.023	0.097	0.987	100
2.94-3.16	18.2	0.08	684	0.995	0.019	0.082	1.117	100
3.16-3.48	18	0.073	691	0.997	0.018	0.075	1.315	100
3.48-3.99	17.5	0.06	707	0.998	0.015	0.062	1.23	100
3.99-5.02	16.9	0.037	732	0.999	0.009	0.038	0.747	100
5.02-50	15.6	0.032	785	0.998	0.008	0.033	0.63	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.852→32.462 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	545	4.16 %
R_work	0.1717	22277	-
obs	0.1729	12892	95.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.24 Å² / B_iso mean: 28.8752 Å² / B_iso min: 8.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.852→32.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	912	0	6	123	1041
B_iso mean	-	-	70.89	38.69	-
残基数	-	-	-	-	121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.582	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	151
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.22	579

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8515-1.9491	0.2963	89	0.2512	2282	2371	68
1.9491-2.0712	0.271	125	0.2134	3344	3469	99
2.0712-2.2311	0.2272	155	0.1822	3322	3477	100
2.2311-2.4556	0.239	139	0.1779	3331	3470	100
2.4556-2.8107	0.1926	145	0.1765	3341	3486	100
2.8107-3.5405	0.211	158	0.1644	3345	3503	100
3.5405-32.4668	0.1534	156	0.1463	3312	3468	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5264	-0.9956	-0.085	4.2144	0.5262	3.2645	-0.073	0.2242	0.329	-0.0302	0.1014	-0.0157	-0.0064	-0.1754	-0.0176	0.1359	0.0088	-0.0199	0.1412	0.0449	0.1249	11.6111	-4.5288	22.4774
2	1.9347	-0.3428	0.8837	1.5236	-0.6344	0.7612	0.0219	0.3383	0.0305	-0.0942	-0.2249	-0.4392	-0.0585	0.6309	0.0224	0.1302	-0.0311	-0.0584	0.2553	0.0303	0.2076	22.8399	-4.4501	23.7841
3	0.9689	0.3242	0.4723	0.9512	0.6345	0.6535	0.0216	0.3107	-0.0029	-0.0584	0.0177	-0.3973	-0.0149	0.3643	-0.0127	0.1298	-0.0029	-0.0029	0.3053	-0.0272	0.2514	21.9229	-11.9419	20.3643
4	1.6246	0.1396	-0.0697	0.9182	0.2213	1.0489	-0.0097	0.1991	-0.0087	0.0394	-0.0251	0.1385	0.001	0.0545	0.0342	0.1488	0.0371	-0.0221	0.1345	-0.0247	0.0936	11.2733	-13.7263	28.1847
5	2.275	-0.4609	0.1903	4.2515	-1.6267	1.9721	-0.0256	0.1585	0.3327	0.1863	-0.1122	-0.1646	-0.18	0.3405	0.1141	0.131	-0.0115	-0.0258	0.1507	0.0171	0.1157	18.1287	-5.6072	30.8705
6	2.4021	-3.304	-0.4274	5.5688	0.417	0.101	0.263	0.5615	-0.2919	-0.2997	-0.0946	-0.5762	0.4744	0.6327	0.2615	0.3775	0.3433	-0.0636	0.5274	-0.1877	0.3621	26.646	-29.5425	28.1071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 20 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 46 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 66 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 91 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 112 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 113 through 125 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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