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- PDB-5euj: PYRUVATE DECARBOXYLASE FROM ZYMOBACTER PALMAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5euj
タイトルPYRUVATE DECARBOXYLASE FROM ZYMOBACTER PALMAE
要素Pyruvate decarboxylase
キーワードLYASE / PYRUVATE DECARBOXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding ...: / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / pyruvate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymobacter palmae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Buddrus, L. / Crennell, S.J. / Leak, D.J. / Danson, M.J. / Andrews, E.S.V. / Arcus, V.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of pyruvate decarboxylase from Zymobacter palmae.
著者: Buddrus, L. / Andrews, E.S. / Leak, D.J. / Danson, M.J. / Arcus, V.L. / Crennell, S.J.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
C: Pyruvate decarboxylase
D: Pyruvate decarboxylase
E: Pyruvate decarboxylase
F: Pyruvate decarboxylase
G: Pyruvate decarboxylase
H: Pyruvate decarboxylase
I: Pyruvate decarboxylase
J: Pyruvate decarboxylase
K: Pyruvate decarboxylase
L: Pyruvate decarboxylase
M: Pyruvate decarboxylase
N: Pyruvate decarboxylase
O: Pyruvate decarboxylase
P: Pyruvate decarboxylase
Q: Pyruvate decarboxylase
R: Pyruvate decarboxylase
S: Pyruvate decarboxylase
T: Pyruvate decarboxylase
U: Pyruvate decarboxylase
V: Pyruvate decarboxylase
W: Pyruvate decarboxylase
X: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,496,18078
ポリマ－1,485,01624
非ポリマー11,16354
水77,7534316
1
A: Pyruvate decarboxylase
B: Pyruvate decarboxylase
C: Pyruvate decarboxylase
D: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,36313
ポリマ－247,5034
非ポリマー1,8619
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27460 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area64590 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate decarboxylase
F: Pyruvate decarboxylase
G: Pyruvate decarboxylase
H: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,36313
ポリマ－247,5034
非ポリマー1,8619
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27340 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area65260 Å2
手法PISA
3
I: Pyruvate decarboxylase
J: Pyruvate decarboxylase
K: Pyruvate decarboxylase
L: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,36313
ポリマ－247,5034
非ポリマー1,8619
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27330 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area64970 Å2
手法PISA
4
M: Pyruvate decarboxylase
N: Pyruvate decarboxylase
O: Pyruvate decarboxylase
P: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,36313
ポリマ－247,5034
非ポリマー1,8619
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27260 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area64660 Å2
手法PISA
5
Q: Pyruvate decarboxylase
R: Pyruvate decarboxylase
S: Pyruvate decarboxylase
T: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,42514
ポリマ－247,5034
非ポリマー1,92310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27460 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area65030 Å2
手法PISA
6
U: Pyruvate decarboxylase
V: Pyruvate decarboxylase
W: Pyruvate decarboxylase
X: Pyruvate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,30112
ポリマ－247,5034
非ポリマー1,7988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27400 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area65110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.557, 177.390, 244.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ...
Pyruvate decarboxylase


分子量: 61875.680 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymobacter palmae (バクテリア) / 遺伝子: pdc / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KTX6, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物...
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.15 M SODIUM CITRATE, PH 5.5, 14% PEG 3350, 1 MM PYRUVATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日 / 詳細: FOCUSSING MIRRORS (TWO
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→75.47 Å / Num. obs: 858032 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rejects: 0 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VBI

2vbi


解像度: 2.15→75.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.501 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 42940 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.1877 814954 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.19 Å2 / Biso mean: 26.635 Å2 / Biso min: 5.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å2-0 Å2-0.46 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→75.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数100954 0 668 4316 105938
Biso mean--24.42 25.54 -
残基数----13323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.019104825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0298251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.953142949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9353225463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.976513554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95324.7244723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1462.58453907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1462.58453906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9393.87267564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4082.76750918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 3176 -
Rwork0.271 59398 -
all-62574 -
obs--97.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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