PDB-5euh: Crystal structure of the c-di-GMP-bound GGDEF domain of P. fluore...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5euh

タイトル

Crystal structure of the c-di-GMP-bound GGDEF domain of P. fluorescens GcbC

要素

Putative GGDEF domain membrane protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / diguanylate cyclase / second messenger / biofilm formation / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.989 Å

データ登録者

Giglio, K.M. / Cooley, R.B. / Sondermann, H.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI097307	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-103485	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1332208	米国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2015
タイトル: Contribution of Physical Interactions to Signaling Specificity between a Diguanylate Cyclase and Its Effector.
著者: Dahlstrom, K.M. / Giglio, K.M. / Collins, A.J. / Sondermann, H. / O'Toole, G.A.

履歴

登録	2015年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5euh.cif.gz	252.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5euh.ent.gz	205.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5euh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5euh_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5euh_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5euh_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	5euh_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/5euh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/5euh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i5cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1iwm-1 3evx-3 2wta-d 1w3c-1 6uuf-1 3wju-d 6uuf-2 3evx-2 6wys-1 5dn2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative GGDEF domain membrane protein

B: Putative GGDEF domain membrane protein

C: Putative GGDEF domain membrane protein

D: Putative GGDEF domain membrane protein

ヘテロ分子

79.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative GGDEF domain membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative GGDEF domain membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative GGDEF domain membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative GGDEF domain membrane protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.913, 141.913, 106.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Putative GGDEF domain membrane protein 分子量: 19063.297 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 339-501 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain Pf0-1) (蛍光菌) 株: Pf0-1 / 遺伝子: Pfl01_4666 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3K751
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), and 0.5% w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9771 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.989→46.5 Å / Num. obs: 24701 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 10.7 % / Net I/σ(I): 12.92
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I5C

3i5c

解像度: 2.989→46.452 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2434	1991	8.09 %	Random selection
R_work	0.2258	-	-	-
obs	0.2273	24616	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.989→46.452 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4586	0	209	8	4803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.699	6643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.272	1734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	833

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9891-3.0639	0.3645	136	0.314	1601	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0639-3.1467	0.3502	140	0.2881	1627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1467-3.2393	0.2496	139	0.2748	1601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2393-3.3438	0.3236	144	0.2631	1608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3438-3.4633	0.2178	145	0.2514	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4633-3.6019	0.2408	136	0.227	1617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6019-3.7657	0.2446	149	0.2236	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7657-3.9642	0.2781	144	0.2117	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9642-4.2124	0.2541	140	0.2129	1612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2124-4.5374	0.2461	146	0.195	1629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5374-4.9935	0.2157	140	0.1975	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9935-5.715	0.212	141	0.2046	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
5.715-7.1959	0.2528	143	0.247	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1959-46.4575	0.1749	148	0.2032	1606	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9688	0.1257	0.3323	1.2104	-0.282	1.3925	-0.0949	-0.0239	0.0995	0.3718	0.1773	0.343	-0.0445	-0.409	-0.0862	0.4974	0.0051	0.0297	0.3505	0.0717	0.376	70.2553	-31.0592	21.4264
2	1.4305	0.3782	-0.2185	1.5634	0.0814	2.0212	0.1303	-0.103	0.0262	0.4113	-0.1334	0.2452	-0.3887	-0.0715	-0.0418	0.6201	-0.0669	0.0222	0.3207	0.0425	0.3357	77.5227	-26.9203	28.262
3	1.284	0.0622	-0.0924	1.0288	-0.5526	1.5351	0.1729	0.3284	-0.2293	-0.101	-0.142	0.1579	0.44	-0.1194	-0.0449	0.4131	0.0515	-0.0757	0.4379	-0.0001	0.3691	79.1674	-46.5492	-5.4021
4	1.668	0.1802	-0.0105	1.2045	0.2707	1.8306	0.1221	0.5212	-0.1403	-0.1348	-0.0816	-0.0973	0.2024	0.4413	-0.0244	0.3387	0.1142	-0.0364	0.6026	0.0098	0.3583	86.3754	-42.3005	-12.2432
5	0.6917	0.0848	-0.1309	0.7555	-0.2069	0.6699	-0.0851	0.3797	0.0855	0.2467	-0.96	-0.8245	0.2947	0.7199	-0.2478	0.7836	0.1602	0.1035	0.9757	0.8291	1.0965	102.7793	-15.1763	-1.0875
6	0.8569	0.177	-0.3081	1.8986	0.3421	1.8283	-0.2199	0.8283	-0.2768	-0.3489	-0.7669	-0.6108	0.4498	0.3366	0.0377	0.6793	0.2766	0.127	0.8088	0.5502	0.9663	95.8512	-8.9628	-10.4414
7	0.7808	0.2868	0.3976	0.6312	0.0293	0.7462	-0.601	0.5167	0.3999	0.85	-0.8529	-0.3176	-0.9878	0.4582	-0.3619	1.1736	-0.1037	-1.0764	0.744	0.4956	0.9831	109.1583	-25.2016	17.9299
8	0.76	-0.1338	0.0258	0.9768	-0.3284	0.9698	-0.4506	-0.3823	0.755	0.9074	-0.3479	-0.0747	-0.6187	0.1321	-0.1968	0.9974	0.1254	-0.8087	0.5171	0.1705	1.0624	111.5602	-34.2749	26.7547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 339:421)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 422:502)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 339:421)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 422:502)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 340:462)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 463:502)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 340:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 446:502)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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