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- PDB-5etz: Structure of the all-trans isomer of pharaonis halorhodopsin in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5etz
タイトルStructure of the all-trans isomer of pharaonis halorhodopsin in the absence of halide ions
要素Halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / retinal protein / light-driven / chloride ion pump / seven-transmembrane / alpha helices
機能・相同性Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha / BACTERIORUBERIN / Chem-L3P / RETINAL / :
機能・相同性情報
生物種Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kouyama, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the 11-cis Isomer of Pharaonis Halorhodopsin: Structural Constraints on Interconversions among Different Isomeric States
著者: Chan, S.K. / Kawaguchi, H. / Kubo, H. / Murakami, M. / Ihara, K. / Maki, K. / Kouyama, T.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
D: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,66919
ポリマ－92,9253
非ポリマー8,74416
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11020 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area27420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.400, 97.770, 101.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABD

#1: タンパク質 Halorhodopsin


分子量: 30975.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌)
株: DSM 2160 / 参照: UniProt: Q3ITX1
#5: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 237分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN


分子量: 741.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#4: 化合物
ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % / 解説: the crystal mosaicity was 0.97.
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: The crystal was prepared by the membrane fusion method. A mixture solution containing 3 mg/ml halorhodopsin, 9 mg/ml nonylglucoside, 1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium azide was concentrated ...詳細: The crystal was prepared by the membrane fusion method. A mixture solution containing 3 mg/ml halorhodopsin, 9 mg/ml nonylglucoside, 1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium azide was concentrated by the sitting-drop vapor diffusion method. The crystal soaking in a halide-ion-free solution was performed under dim red light, and then the crystal was rapidly cooled with liquid propane at 87 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月30日
放射モノクロメーター: Silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.77 Å / Num. all: 99234 / Num. obs: 99234 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 60.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.21精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
XTALVIEWモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qbg

3qbg


解像度: 1.8→15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 5001 4.6 %Random selection
Rwork0.2185 ---
obs-99008 91.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.919 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----2.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5900 0 343 227 6470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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