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- PDB-5etx: Crystal structure of HCV NS3/4A protease A156T variant in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5etx
タイトルCrystal structure of HCV NS3/4A protease A156T variant in complex with 5172-Linear (MK-5172 linear analogue)
要素NS3 protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / macrocyclization / MK-5172 analogue / grazoprevir / HCV protease inhibitor resistance / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transformation of host cell by virus / host cell membrane / serine-type peptidase activity / virion component / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5RS / NS3 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Soumana, D. / Yilmaz, N.K. / Ali, A. / Prachanronarong, K.L. / Aydin, C. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI085051 米国
Michigan Economic Development Corporation and the Michigan Technology Tri-Corrido085P1000817 米国
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural and Thermodynamic Effects of Macrocyclization in HCV NS3/4A Inhibitor MK-5172.
著者: Soumana, D.I. / Kurt Yilmaz, N. / Prachanronarong, K.L. / Aydin, C. / Ali, A. / Schiffer, C.A.
#1: ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2013
タイトル: Evaluating the role of macrocycles in the susceptibility of hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitors to drug resistance.
著者: Ali, A. / Aydin, C. / Gildemeister, R. / Romano, K.P. / Cao, H. / Ozen, A. / Soumana, D. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A.
#2: ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2012
タイトル: The molecular basis of drug resistance against hepatitis C virus NS3/4A protease inhibitors.
著者: Romano, K.P. / Ali, A. / Aydin, C. / Soumana, D. / Ozen, A. / Deveau, L.M. / Silver, C. / Cao, H. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2015年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protease
B: NS3 protease
C: NS3 protease
D: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,86213
ポリマ－82,5854
非ポリマー3,2779
水3,621201
1
A: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4573
ポリマ－20,6461
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4924
ポリマ－20,6461
非ポリマー8463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4573
ポリマ－20,6461
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4573
ポリマ－20,6461
非ポリマー8102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.441, 63.232, 92.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid
41chain D and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
311chain C and segidC0
411chain D and segidD0

-
要素

#1: タンパク質
NS3 protease


分子量: 20646.334 Da / 分子数: 4 / 変異: A156T, S139C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): BL21-DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1KIK8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-5RS / ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S})-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[(1~{R},2~{R})-1-(cyclopropylsulfonylcarbamoyl)-2-ethyl-cyclopropyl]carbamoyl]-4-(3-ethyl-7-methoxy-quinoxalin-2-yl)oxy-pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate / MK-5172 linear analogue


分子量: 744.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H52N6O9S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES buffer pH 6.5, 4% (w/v) ammonium sulfate, 20-26% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.08
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 31801 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.389 / Net I/av σ(I): 17.763 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 129154
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.4340.11831711.44599.8
2.43-2.534.10.10331631.4599.8
2.53-2.654.10.09731781.44599.9
2.65-2.794.10.08631641.45499.7
2.79-2.964.20.07932031.42399.6
2.96-3.194.20.07231781.34899.2
3.19-3.514.10.06831791.34799.3
3.51-4.0240.06631641.2998.6
4.02-5.063.80.06431441.2796.9
5.06-304.10.0732571.39898.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.37 Å27.66 Å
Translation7.37 Å27.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M5M

3m5m


解像度: 2.35→27.528 Å / FOM work R set: 0.8071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2167 6.82 %random
Rwork0.2004 30116 --
obs0.2047 31763 98.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.28 Å2 / Biso mean: 24.78 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→27.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5428 0 213 201 5842
Biso mean--20.36 24.14 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6758030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081009
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.422198
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3208X-RAY DIFFRACTION10.993TORSIONAL
12B3208X-RAY DIFFRACTION10.993TORSIONAL
13C3208X-RAY DIFFRACTION10.993TORSIONAL
14D3208X-RAY DIFFRACTION10.993TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.35-2.40370.34581550.2883228588
2.4037-2.48120.321320.272252495
2.4812-2.56970.3441230.2755253795
2.5697-2.67240.28291300.2579255595
2.6724-2.79380.31711380.2477251894
2.7938-2.94070.24881600.2251248894
2.9407-3.12440.26281220.2161254795
3.1244-3.36480.2271330.1885251994
3.3648-3.70190.23361330.1698251694
3.7019-4.23390.19811300.1539251393
4.2339-5.32070.2321130.146252493
5.32070.2611480.1997259094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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