PDB-5et1: Crystal structure of Myo3b-ARB1 in complex with Espin1-AR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5et1

タイトル

Crystal structure of Myo3b-ARB1 in complex with Espin1-AR

要素

Espin
Myosin-IIIb

キーワード

PROTEIN BINDING/MOTOR PROTEIN / unconventional myosin / complex / protein binding / PROTEIN BINDING-MOTOR PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cytoskeleton organization / apical ectoplasmic specialization / regulation of actin filament length / actin filament network formation / parallel actin filament bundle assembly / stereocilium tip / filopodium tip / cochlea morphogenesis / stereocilium bundle / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Liu, H. / Li, J. / liu, W. / Zhang, M.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Myosin III-mediated cross-linking and stimulation of actin bundling activity of Espin
著者: Liu, H. / Li, J. / Raval, M.H. / Yao, N. / Deng, X. / Lu, Q. / Nie, S. / Feng, W. / Wan, J. / Yengo, C.M. / Liu, W. / Zhang, M.

履歴

登録	2015年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5et1.cif.gz	284.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5et1.ent.gz	230 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5et1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5et1_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5et1_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	5et1_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	5et1_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/5et1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/5et1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5et0C 1n0rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q3z-d 1koo-1 5kj4-3 4h09-3 4nbz-2 1koh-1 4h09-4 2gem-1 1gml-2 2ifq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (8)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (5)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Espin

B: Espin

C: Myosin-IIIb

D: Myosin-IIIb

ヘテロ分子

84.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Espin

C: Myosin-IIIb

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Espin

D: Myosin-IIIb

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.740, 71.142, 76.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Espin / Ectoplasmic specialization protein 分子量: 37921.555 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Espn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ET47
#2: タンパク質・ペプチド	Myosin-IIIb 分子量: 4322.861 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1216-1251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myo3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EG27
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.2 M Lithium Acetate, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 93433 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.916 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N0R

1n0r

解像度: 1.65→32.242 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1911	4345	4.65 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1704	93405	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.242 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5282	0	30	378	5690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	7575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.079	3301
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	857
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	995

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6491-1.6679	0.295	145	0.2735	2735	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6679-1.6875	0.2753	151	0.2593	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6875-1.7081	0.2908	138	0.2429	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7081-1.7297	0.2762	164	0.2385	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7297-1.7524	0.2586	147	0.2346	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7524-1.7764	0.2532	144	0.2305	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7764-1.8018	0.2477	155	0.2145	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8018-1.8287	0.2475	137	0.2131	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8287-1.8573	0.2255	135	0.2045	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8573-1.8877	0.2464	152	0.1989	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8877-1.9203	0.2204	152	0.1961	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9203-1.9552	0.2361	155	0.1818	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9552-1.9928	0.1757	157	0.1715	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.0335	0.2004	120	0.1595	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0335-2.0777	0.1693	154	0.1663	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0777-2.126	0.2158	155	0.1636	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.126-2.1791	0.2088	140	0.1651	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1791-2.238	0.1764	147	0.1619	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.238-2.3039	0.1924	167	0.1609	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3039-2.3782	0.2127	153	0.1669	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3782-2.4632	0.1832	145	0.1645	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4632-2.5618	0.1732	145	0.1663	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6783	0.1851	144	0.162	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6783-2.8194	0.1739	138	0.1715	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8194-2.996	0.1952	140	0.1742	2976	X-RAY DIFFRACTION	99
2.996-3.2271	0.1714	127	0.167	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2271-3.5515	0.1643	145	0.1641	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5515-4.0645	0.1625	132	0.141	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0645-5.1176	0.1543	146	0.1388	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1176-32.248	0.1724	115	0.1553	3110	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7234	-0.5727	-0.1037	4.3863	0.299	1.9432	-0.0591	0.2273	0.5299	-0.1721	0.0089	-0.08	-0.3535	0.1321	-0.0429	0.2361	-0.0479	0.0071	0.1717	0.085	0.332	9.64	48.142	63.7518
2	1.9514	-0.6306	-0.0045	3.048	-0.3668	2.4103	-0.0226	0.0007	0.2845	-0.0515	-0.019	0.0232	-0.0788	-0.0372	0.0376	0.0888	-0.0038	-0.0031	0.1167	0.0141	0.1392	5.8374	39.0594	68.9783
3	0.6894	-0.0351	-0.1041	2.3571	0.3075	0.6824	-0.0247	0.003	0.0193	0.0472	0.017	-0.0165	0.0566	0.0808	0.0108	0.0852	0.0104	-0.0081	0.1174	0.007	0.0981	14.3537	20.2486	75.423
4	2.159	-0.8819	-0.3042	1.8848	0.2007	1.2832	-0.0628	-0.016	0.019	0.0496	0.0606	0.0094	0.1803	0.2091	0.006	0.1375	0.051	-0.0025	0.1532	-0.0005	0.1263	23.7919	3.1622	65.0541
5	1.0466	0.1024	0.4276	0.791	0.1169	3.1398	0.0584	0.1698	-0.0662	-0.189	-0.0599	-0.0259	0.4487	0.1901	0.005	0.2784	0.0456	0.0109	0.2004	-0.0305	0.1824	22.9714	-3.5234	49.3307
6	2.6853	0.5548	0.2906	4.2978	1.2193	1.0288	0.0897	0.5069	-0.2995	-0.4317	0.0127	-0.0945	0.5713	0.169	0.0024	0.4583	0.0444	-0.0067	0.3168	-0.048	0.1877	19.7804	-5.1062	34.765
7	4.9607	-2.2478	0.9746	3.5594	-0.0606	3.834	-0.247	0.0914	0.1139	-0.6616	0.1537	0.382	0.2164	-0.3173	0.1206	0.3683	-0.1005	-0.0395	0.1892	0.0047	0.2527	-23.5903	4.0419	58.1088
8	1.8224	1.3004	-1.0865	1.069	-1.0329	1.1181	-0.279	-0.0798	-0.0864	-1.43	0.0542	-0.6695	0.2393	0.4381	0.2633	0.6344	-0.0464	0.1275	0.2898	-0.0227	0.2828	-14.6035	8.1318	52.7804
9	0.6727	0.6187	-0.019	4.3405	-0.983	0.702	-0.0501	-0.0291	-0.1483	-0.1092	0.0061	-0.163	0.1137	-0.0166	0.0434	0.1619	-0.0074	0.0066	0.1569	0.0143	0.1919	-14.7818	22.3665	64.7733
10	1.5018	-0.7027	0.2135	2.3718	-0.2045	1.7585	-0.0077	-0.0227	-0.0375	0.1001	-0.0043	-0.0586	0.0611	-0.0241	0.0137	0.1429	-0.0061	0.01	0.1269	-0.0006	0.1332	-18.5258	44.5278	62.1536
11	2.8207	0.0044	-0.1858	1.568	-0.3634	3.686	0.0394	0.2232	0.1146	-0.1278	-0.0549	-0.0479	-0.1586	0.0084	0.0004	0.1464	0.0033	0.0205	0.1125	0.0192	0.1342	-21.0979	53.3886	53.4879
12	0.848	0.2956	-0.0251	0.864	-0.0503	4.0577	0.0036	0.0461	0.0346	-0.0082	-0.0692	0.0094	-0.3593	-0.0584	0.0615	0.2366	0.0072	0.0065	0.1924	0.0204	0.1577	-24.7122	58.1276	40.4986
13	2.1486	1.2629	-0.8659	3.1438	0.2755	1.649	-0.0082	0.3611	0.0608	-0.1788	0.0759	0.074	-0.3697	-0.1846	-0.0196	0.2736	0.0154	-0.0167	0.2331	0.0324	0.1114	-25.9723	59.0273	25.6462
14	1.6436	-1.8604	-2.1593	3.9702	3.3354	4.6368	0.3584	0.4517	-0.2046	-0.5961	-0.1668	0.1844	-0.1442	-0.0746	-0.0867	0.2848	0.0592	-0.0522	0.3214	-0.0281	0.25	12.1014	8.2991	55.0795
15	4.9527	-2.5397	0.8149	7.2121	3.2112	7.1328	0.1273	0.1192	-0.2856	-0.419	-0.0508	0.2645	0.1966	0.0114	-0.0343	0.1727	0.0261	0.0067	0.1619	0.0198	0.1282	9.8693	25.0239	60.9715
16	1.1998	-2.53	1.5243	5.4062	-3.2716	1.9827	0.3723	0.2975	-0.0458	-1.2052	-0.2727	0.1397	0.6781	-0.1953	0.0023	0.4101	0.028	0.0251	0.3101	0.0011	0.2402	-17.4401	42.5018	43.5072
17	7.5569	2.2851	-0.7831	4.7337	-3.8842	5.1759	-0.2436	0.2692	0.1229	-0.8169	0.4389	0.4464	0.3761	-0.6148	-0.0991	0.2837	-0.0422	-0.0388	0.2068	0.0079	0.2018	-19.2613	26.017	51.2442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 228 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 229 through 293 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 294 through 330 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 23 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 24 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 140 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 141 through 194 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 195 through 228 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 229 through 293 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 294 through 330 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1250 through 1261 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1262 through 1272 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1250 through 1261 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1262 through 1272 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)