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- PDB-5esz: Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5esz
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244
要素
  • 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
  • CH04 Heavy Chain
  • CH04 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Env / V1V2 / CH0219 / CHAVI
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / : / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CD22 mediated BCR regulation / terpenoid biosynthetic process ...2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / : / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CD22 mediated BCR regulation / terpenoid biosynthetic process / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / host cell endosome membrane / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily ...2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.191 Å
データ登録者Gorman, J. / Yang, M. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of HIV-1 Env V1V2 with broadly neutralizing antibodies reveal commonalities that enable vaccine design.
著者: Gorman, J. / Soto, C. / Yang, M.M. / Davenport, T.M. / Guttman, M. / Bailer, R.T. / Chambers, M. / Chuang, G.Y. / DeKosky, B.J. / Doria-Rose, N.A. / Druz, A. / Ernandes, M.J. / Georgiev, I.S. ...著者: Gorman, J. / Soto, C. / Yang, M.M. / Davenport, T.M. / Guttman, M. / Bailer, R.T. / Chambers, M. / Chuang, G.Y. / DeKosky, B.J. / Doria-Rose, N.A. / Druz, A. / Ernandes, M.J. / Georgiev, I.S. / Jarosinski, M.C. / Joyce, M.G. / Lemmin, T.M. / Leung, S. / Louder, M.K. / McDaniel, J.R. / Narpala, S. / Pancera, M. / Stuckey, J. / Wu, X. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Mullikin, J.C. / Baxa, U. / Georgiou, G. / McDermott, A.B. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Moore, P.L. / Morris, L. / Lee, K.K. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2015年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CH04 Heavy Chain
L: CH04 Light Chain
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
G: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
A: CH04 Heavy Chain
B: CH04 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,40312
ポリマ－148,5876
非ポリマー4,8166
水00
1
H: CH04 Heavy Chain
L: CH04 Light Chain
G: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8646
ポリマ－74,2933
非ポリマー2,5703
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: CH04 Heavy Chain
L: CH04 Light Chain
G: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子

H: CH04 Heavy Chain
L: CH04 Light Chain
G: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子

H: CH04 Heavy Chain
L: CH04 Light Chain
G: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,59118
ポリマ－222,8809
非ポリマー7,7119
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_885-y+3,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_585-x+y,-x+3,z1
3
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
A: CH04 Heavy Chain
B: CH04 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5396
ポリマ－74,2933
非ポリマー2,2463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
A: CH04 Heavy Chain
B: CH04 Light Chain
ヘテロ分子

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
A: CH04 Heavy Chain
B: CH04 Light Chain
ヘテロ分子

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160
A: CH04 Heavy Chain
B: CH04 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,61818
ポリマ－222,8809
非ポリマー6,7389
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_785-y+2,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_475-x+y-1,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.716, 116.716, 249.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CG

#3: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase,Envelope glycoprotein gp160 / MECPS / Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K ...MECPS / Endogenous retrovirus group K member 113 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 13-1 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 18 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 19 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 21 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 24 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 7 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 8 Env polyprotein / Envelope glycoprotein gp160 / MECPS


分子量: 24333.811 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP Residues 125-205 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ...由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: ispF, HI_0671, env / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P44815, UniProt: Q4QX31, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 CH04 Heavy Chain


分子量: 26205.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A087WYE1
#2: 抗体 CH04 Light Chain


分子量: 23754.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834

-
糖 , 5種, 6分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.19→50 Å / Num. obs: 13064 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 4.19→4.32 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 77.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2243: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ESV

5esv


解像度: 4.191→47.774 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 36.62 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2821 679 5.2 %
Rwork0.2516 --
obs0.2547 13061 92.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.191→47.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8922 0 322 0 9244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82912861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9435606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2003-4.52390.29591040.22541818X-RAY DIFFRACTION65
4.5239-4.97780.26171340.22492515X-RAY DIFFRACTION91
4.9778-5.69510.25481510.26042653X-RAY DIFFRACTION94
5.6951-7.16380.35421430.29662665X-RAY DIFFRACTION95
7.1638-33.62250.26951350.26552704X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.085-0.04670.0630.0382-0.01930.0133-0.037-0.0802-0.14990.16020.1628-0.24610.20590.28020.0593-0.34290.5185-0.1284-0.0135-0.11980.7343-26.2605213.909-0.542
20.00570.0025-0.001-0.00770.0056-0.0024-0.01760.0927-0.0954-0.2386-0.0606-0.10530.13130.0128-0.02080.58510.08320.5420.8864-0.52360.5045-34.4267209.5282-36.1665
30.0171-0.0131-0.00420.0025-0.01460.0106-0.09720.04220.0615-0.0485-0.1079-0.127-0.03940.0928-0.0846-0.27980.34020.31890.67510.03961.0571-8.9758221.0258-11.9876
40.0093-0.01690.00410.01920.00550.01820.09430.09040.0357-0.034-0.0144-0.0441-0.02860.144600.63120.00870.29650.6347-0.17440.6673-30.146225.0873-39.9172
50.00430.005-0.00090.0038-00.0043-0.0139-0.06690.01750.05470.0251-0.0120.00750.0037-00.976-0.0671-0.06280.97370.06841.0697-7.0682203.433154.0732
60.007-0.00750.01290.008-0.00930.0158-0.0141-0.0351-0.03350.09280.00080.0306-0.02250.057700.70580.15840.15520.81960.17350.9144-18.284210.493125.3246
7-0.00130.0039-0.0007-0.0033-0.00490.0012-0.0458-0.0749-0.0040.1408-0.0594-0.0279-0.0289-0.02300.96520.0440.03131.2763-0.02311.0592-10.3428212.350656.4609
80.06650.0789-0.00670.1016-0.00040.0257-0.01-0.0220.04280.0767-0.0376-0.0114-0.0258-0.0236-0.02310.04620.104-0.1223-0.02-0.11120.0542-57.0181175.7048-117.3003
9-0.00160.0041-0.0017-0.0009-0.0031-0.00150.02690.0406-0.00290.0019-0.0146-0.00160.01250.04201.03620.15880.07541.3192-0.14751.1451-59.2779190.374-90.9275
100.1673-0.1172-0.10710.2553-0.19740.3946-0.0887-0.32880.31650.3317-0.17790.0095-0.18770.0408-0.118-0.27250.18780.3140.0659-0.09280.0671-64.9133181.4541-117.3775
11-0.00020.00270.00330.0057-0.01110.0094-0.05040.03460.0572-0.026-0.18020.0269-0.1150.0719-0.07020.9975-0.0452-0.24521.0891-0.74330.6872-62.1463196.8675-64.6306
120.0011-0.0075-0.0040.00850.0080.0029-0.154-0.0479-0.283-0.02210.02390.05850.11740.042100.8560.09690.25490.8534-0.47721.0063-54.4072199.2114-32.3476
130.01190.00650.010.00510.00080.0001-0.06590.0973-0.01480.04630.01660.08530.0265-0.04101.1879-0.1170.21991.142-0.65151.1209-77.3369185.2909-54.4017
140.00430.002-0.00930.00950.01160.0052-0.0265-0.0236-0.09770.057-0.02820.1152-0.01780.0057-00.9847-0.02220.25690.8453-0.24810.7347-69.7475202.0175-23.8206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 120 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 1 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 110 through 213 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 111 through 122)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 126 through 194 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 201 through 316 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 111 through 122 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 126 through 194 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 198 through 316 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 113 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 114 through 213 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 109 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 110 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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