登録情報 データベース : PDB / ID : 5eso 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Crystal Structure of M. tuberculosis MenD with ThDP, Mg2+ and Isochorismate bound 要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase 詳細 キーワード TRANSFERASE / menaquinone biosynthesis / MenD / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / thiamin-diphosphate dependent enzyme / pyruvate oxidase family機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold 類似検索 - ドメイン・相同性 BETA-MERCAPTOETHANOL / FORMIC ACID / Chem-ISC / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase 類似検索 - 構成要素生物種 Mycobacterium tuberculosis (結核菌)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 2.05 Å 詳細データ登録者 Johnston, J.M. / Jirgis, E.N.M. / Bashiri, G. / Bulloch, E.M.M. / Baker, E.N. 引用ジャーナル : Structure / 年 : 2016タイトル : Structural Views along the Mycobacterium tuberculosis MenD Reaction Pathway Illuminate Key Aspects of Thiamin Diphosphate-Dependent Enzyme Mechanisms.著者 : Jirgis, E.N. / Bashiri, G. / Bulloch, E.M. / Johnston, J.M. / Baker, E.N. 履歴 登録 2015年11月16日 登録サイト : RCSB / 処理サイト : RCSB改定 1.0 2016年6月22日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2016年7月6日 Group : Database references改定 1.2 2016年7月20日 Group : Database references改定 1.3 2017年11月22日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ : citation / diffrn_source ... citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software Item : _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ... _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification 改定 1.4 2018年1月17日 Group : Author supporting evidence / カテゴリ : pdbx_audit_support改定 2.0 2021年8月4日 Group : Atomic model / Data collection ... Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ : atom_site / chem_comp ... atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item : _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ... _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id 改定 2.1 2024年5月1日 Group : Data collection / Database references / Derived calculationsカテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond ... chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type Item : _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ... _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id
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