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- PDB-5esn: Saccharomyces cerevisiae CYP51 (Lanosterol 14-alpha demethylase) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5esn
タイトルSaccharomyces cerevisiae CYP51 (Lanosterol 14-alpha demethylase) T322I mutant structure
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP51
機能・相同性
機能・相同性情報


ergosterol biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / methyltransferase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Lanosterol 14-alpha demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Sagatova, A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Sabherwal, M. / Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
Marsden Fund ニュージーランド
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of lanosterol 14-alpha demethylase mutants.
著者: Sagatova, A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Sabherwal, M. / Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014
タイトル: Architecture of a single membrane spanning cytochrome P450 suggests constraints that orient the catalytic domain relative to a bilayer.
著者: Monk, B.C. / Tomasiak, T.M. / Keniya, M.V. / Huschmann, F.U. / Tyndall, J.D. / O'Connell, J.D. / Cannon, R.D. / McDonald, J.G. / Rodriguez, A. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Binding of the Antifungal Drug Fluconazole to Saccharomyces cerevisiae Lanosterol 14alpha-Demethylase.
著者: Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5142
ポリマ－61,8971
非ポリマー6161
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.520, 65.950, 80.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase


分子量: 61897.270 Da / 分子数: 1 / 変異: T322I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AD2Delta / 参照: UniProt: A6ZSR0, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 45% PEG-400, 0.1 M Glycine / PH範囲: 9.3-9.55

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→79.99 Å / Num. obs: 33722 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LXJ

4lxj


解像度: 2.35→38.3 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 1700 5.04 %
Rwork0.1835 --
obs0.1857 33722 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4272 0 43 100 4415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8986029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0412622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.41920.28191260.21052651X-RAY DIFFRACTION100
2.4192-2.49720.24591560.19612629X-RAY DIFFRACTION100
2.4972-2.58650.23111230.1872676X-RAY DIFFRACTION100
2.5865-2.690.25911390.18732663X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.81240.24041320.18692670X-RAY DIFFRACTION100
2.8124-2.96060.25011520.18182634X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.1460.22761410.19052693X-RAY DIFFRACTION100
3.146-3.38880.22771490.19552668X-RAY DIFFRACTION100
3.3888-3.72960.23011430.17832661X-RAY DIFFRACTION99
3.7296-4.26860.21621560.16942666X-RAY DIFFRACTION100
4.2686-5.37570.21861400.16552678X-RAY DIFFRACTION99
5.3757-38.30470.21381430.19932733X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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