PDB-5es5: Crystal structure of the initiation module of LgrA in the "open" ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5es5

タイトル

Crystal structure of the initiation module of LgrA in the "open" and "closed " adenylation states

要素

Linear gramicidin synthetase subunit A

キーワード

LIGASE / NRPS / formylation domain / adenylation domain

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevibacillus parabrevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Reimer, J.M. / Aloise, M.N. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Synthetic cycle of the initiation module of a formylating nonribosomal peptide synthetase.
著者: Reimer, J.M. / Aloise, M.N. / Harrison, P.M. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2015年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5es5.cif.gz	507.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5es5.ent.gz	422.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5es5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/5es5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/5es5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5es6SC 5es7C 5es8C 5es9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5es9-1 6n5d-3 2nz0-d 6yk8-d 4k94-d 20836 6wty-1 5es9-2 6wty-4 6n5e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Linear gramicidin synthetase subunit A

B: Linear gramicidin synthetase subunit A

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Linear gramicidin synthetase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Linear gramicidin synthetase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	278.844, 278.844, 82.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Linear gramicidin synthetase subunit A 分子量: 88063.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-766 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア) 遺伝子: lgrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70LM7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.92 M AmSO4, 0.1 M bis-Tris pH 5.5, 1% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→46.05 Å / Num. obs: 59121 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 83.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 1.081 / Net I/av σ(I): 22.659 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 231403

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.8-2.85	3.8	2988	0.51	0.785	0.981	100
2.85-2.9	3.9	2938	0.612	0.666	0.993	100
2.9-2.96	3.9	2964	0.707	0.51	1.018	100	0.917
2.96-3.02	3.9	2945	0.804	0.39	1.015	100	0.697	0.803
3.02-3.08	3.9	2970	0.848	0.32	1.029	100	0.573	0.659
3.08-3.15	3.9	2978	0.896	0.26	1.055	100	0.465	0.535
3.15-3.23	3.9	2935	0.941	0.193	1.117	100	0.345	0.397
3.23-3.32	3.9	2970	0.958	0.152	1.104	100	0.269	0.31
3.32-3.42	3.9	2959	0.968	0.126	1.147	100	0.223	0.258
3.42-3.53	3.9	2934	0.978	0.099	1.3	99.9	0.174	0.201
3.53-3.65	3.9	2955	0.988	0.07	1.119	100	0.123	0.142
3.65-3.8	3.9	2976	0.992	0.056	1.19	99.9	0.098	0.114
3.8-3.97	3.9	2956	0.994	0.045	1.005	100	0.078	0.09
3.97-4.18	3.9	2941	0.996	0.032	0.945	100	0.056	0.065
4.18-4.44	3.9	2973	0.995	0.033	1.162	100	0.056	0.065
4.44-4.79	3.9	2915	0.995	0.032	1.063	99.2	0.055	0.064
4.79-5.27	3.9	2968	0.996	0.027	1.053	99.8	0.047	0.054
5.27-6.03	4	2956	0.997	0.023	1.194	100	0.04	0.046
6.03-7.59	4	2957	0.999	0.016	1.007	100	0.028	0.032
7.59-50	3.9	2943	0.999	0.012	1.114	99.6	0.02	0.023

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ES6

5es6

解像度: 2.8→46.05 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2631	2961	5.01 %
R_work	0.2267	56149	-
obs	0.2285	59110	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 425.81 Å² / B_iso mean: 148.4959 Å² / B_iso min: 60.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→46.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10887	0	10	9	10906
B_iso mean	-	-	169.13	111.99	-
残基数	-	-	-	-	1368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.544	15150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1979
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.619	6670

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8-2.8446	0.4111	136	0.3782	2663	2799	98
2.8446-2.8936	0.3712	138	0.3673	2648	2786	100
2.8936-2.9463	0.3736	140	0.3355	2689	2829	100
2.9463-3.0029	0.3433	141	0.3284	2686	2827	100
3.0029-3.0642	0.3763	141	0.3295	2689	2830	100
3.0642-3.1308	0.3835	142	0.3378	2648	2790	100
3.1308-3.2036	0.391	141	0.3223	2710	2851	100
3.2036-3.2837	0.3452	137	0.3089	2673	2810	100
3.2837-3.3725	0.348	143	0.3021	2676	2819	100
3.3725-3.4717	0.302	130	0.2996	2706	2836	100
3.4717-3.5837	0.303	140	0.2719	2653	2793	100
3.5837-3.7117	0.2982	131	0.2751	2706	2837	100
3.7117-3.8603	0.2675	145	0.2579	2655	2800	100
3.8603-4.0358	0.2528	150	0.237	2654	2804	100
4.0358-4.2485	0.2454	143	0.2109	2690	2833	100
4.2485-4.5145	0.2522	148	0.2146	2644	2792	100
4.5145-4.8627	0.2392	141	0.1895	2684	2825	99
4.8627-5.3514	0.2053	161	0.1924	2632	2793	100
5.3514-6.1242	0.2609	147	0.2055	2685	2832	100
6.1242-7.7099	0.2781	140	0.1983	2674	2814	100
7.7099-46.0561	0.1776	126	0.1494	2684	2810	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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