PDB-5equ: Crystal structure of the epimerase SnoN in complex with Fe3+, alp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5equ

タイトル

Crystal structure of the epimerase SnoN in complex with Fe3+, alpha ketoglutarate and nogalamycin RO

要素

SnoN,SnoN

キーワード

ISOMERASE / none-heme iron / substrate complex / nogalamycin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces nogalater (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Selvaraj, B. / Lindqvist, Y. / Siitonen, V. / Metsa-Ketela, M. / Schneider, G.

資金援助

スウェーデン,

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Divergent non-heme iron enzymes in the nogalamycin biosynthetic pathway.
著者: Siitonen, V. / Selvaraj, B. / Niiranen, L. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Metsa-Ketela, M.

履歴

登録	2015年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5equ.cif.gz	417.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5equ.ent.gz	342.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5equ.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5equ_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5equ_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5equ_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	5equ_validation.cif.gz	58.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5equ ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5equ	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ep9SC 5epaC 5erlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5erl-4 5erl-2 5erl-1 5erl-3 6ozf-1 1mkx-1 5ep9-4 3r3g-d 5zdf-d 5zdd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SnoN,SnoN

B: SnoN,SnoN

C: SnoN,SnoN

D: SnoN,SnoN

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SnoN,SnoN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SnoN,SnoN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SnoN,SnoN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SnoN,SnoN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.908, 119.742, 159.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SnoN,SnoN 分子量: 33079.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア) 遺伝子: snoN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RN67, UniProt: Q9EYI0
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID 分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-5R6 / Nogalamycin RO 分子量: 699.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₁NO₁₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG3350, ammonium acetate, BIS-Tris, FeCl3, alpha-ketoglutarate, nogalamycin RO PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→96 Å / Num. all: 69960 / Num. obs: 69960 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 44.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 282204
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EP9

5ep9

解像度: 2.2→95.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 17.954 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23804	3423	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19929	-	-	-
obs	0.20122	66472	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.92 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→95.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7784	0	244	293	8321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	8294
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	7652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	1.999	11362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.696	3.009	17578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.189	5	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.083	21.771	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.277	15	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.532	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	9288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.999	2.732	4096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.998	2.732	4095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.651	4.094	5114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.651	4.094	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.215	2.895	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.215	2.895	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.802	4.3	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.702	24.124	9557
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.664	23.995	9499
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	250	-
R_work	0.362	4791	-
obs	-	-	97.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4734	-0.7806	-0.1371	1.7432	-0.3977	3.9082	-0.0795	-0.1276	0.2093	0.2354	-0.0456	0.0066	-0.1031	0.1662	0.125	0.033	-0.02	0.0023	0.3749	-0.0336	0.0295	-18.256	19.316	-1.767
2	3.3673	-0.0331	0.2154	0.9705	1.0909	5.491	-0.1428	0.4104	0.1508	-0.2036	0.0957	-0.1227	-0.4364	0.8005	0.0472	0.0589	-0.0837	0.0111	0.7091	0.0344	0.029	-6.994	16.815	-38.227
3	2.4024	0.621	-0.691	1.6948	-0.2295	5.2441	0.0758	-0.2633	0.1163	0.2672	-0.1783	-0.1597	-0.4942	0.548	0.1025	0.0868	-0.0381	-0.0374	0.6325	0.0386	0.0336	2.76	-1.134	37.321
4	1.2363	-0.3645	0.8324	3.0624	-0.5683	4.7568	0.0813	0.2046	-0.2353	-0.5413	-0.2004	-0.1664	0.9457	0.1341	0.119	0.2784	0.1159	0.0776	0.6533	-0.0215	0.0789	-1.712	-12.327	1.059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 272
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	17 - 272

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