PDB-5eqp: Crystal structure of choline kinase alpha-1 bound by 6-[(4-methyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eqp

タイトル

Crystal structure of choline kinase alpha-1 bound by 6-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]quinoline (compound 37)

要素

Choline kinase alpha

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / inhibitor / complex / drug target / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / Synthesis of PE / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Zhou, T. / Zhu, X. / Dalgarno, D.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Novel Small Molecule Inhibitors of Choline Kinase Identified by Fragment-Based Drug Discovery.
著者: Zech, S.G. / Kohlmann, A. / Zhou, T. / Li, F. / Squillace, R.M. / Parillon, L.E. / Greenfield, M.T. / Miller, D.P. / Qi, J. / Thomas, R.M. / Wang, Y. / Xu, Y. / Miret, J.J. / Shakespeare, W.C. ...

履歴

登録	2015年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eqp.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eqp.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eqp_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eqp_full_validation.pdf.gz	475 KB	表示
XML形式データ	5eqp_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	5eqp_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5eqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/5eqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eqeC 5eqyC 3g15S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7a04-d 4cg8-1 5eqe-d 4cga-1 7a06-1 5ftg-1 5cb1-d 4n5c-5 2rtq-2 2gpv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choline kinase alpha

B: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

94.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.495, 120.211, 130.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Choline kinase alpha / CK / CHETK-alpha / Ethanolamine kinase / EK 分子量: 46856.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物	ChemComp-5R9 / 6-[(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)methyl]quinoline 分子量: 255.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁N₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium formate, 8-12% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 37094 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.066 / Net I/av σ(I): 20.506 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 198232

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.35-2.43	4.9	0.69	3651	0.881	99.5
2.43-2.53	5.2	0.582	3648	0.969	99.9
2.53-2.65	5.3	0.437	3666	1.049	99.9
2.65-2.79	5.3	0.306	3669	1.098	99.9
2.79-2.96	5.3	0.234	3659	1.103	99.8
2.96-3.19	5.3	0.156	3665	1.108	99.8
3.19-3.51	5.4	0.095	3703	1.068	99.8
3.51-4.02	5.6	0.053	3749	0.966	100
4.02-5.06	5.7	0.041	3777	1.066	99.9
5.06-50	5.4	0.041	3907	1.315	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
CNX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
CNX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G15

3g15

解像度: 2.35→50 Å / FOM work R set: 0.8137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	1726	4.6 %
R_work	0.2266	32955	-
obs	-	34681	93.4 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.07 Å² / B_iso mean: 49.4484 Å² / B_iso min: 16.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.081 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.134 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.215 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5831	0	89	0	5920
B_iso mean	-	-	40.86	-	-
残基数	-	-	-	-	701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.444	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.101	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.454	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.193	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 34

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.35-2.37	0.4282	35	0.3618	858	893
2.37-2.4	0.338	42	0.347	854	896
2.4-2.42	0.3517	48	0.3423	872	920
2.42-2.45	0.3183	53	0.3126	875	928
2.45-2.48	0.3378	40	0.2955	874	914
2.48-2.51	0.308	47	0.3095	876	923
2.51-2.54	0.4049	47	0.3402	921	968
2.54-2.57	0.4019	54	0.3001	897	951
2.57-2.6	0.3112	50	0.2813	898	948
2.6-2.64	0.2956	59	0.2853	924	983
2.64-2.68	0.3483	38	0.3032	940	978
2.68-2.72	0.3737	42	0.2707	943	985
2.72-2.76	0.2909	47	0.284	948	995
2.76-2.8	0.2322	49	0.243	938	987
2.8-2.85	0.3543	44	0.2691	959	1003
2.85-2.9	0.346	45	0.2639	977	1022
2.9-2.96	0.3	54	0.2713	939	993
2.96-3.02	0.2868	56	0.271	964	1020
3.02-3.09	0.2919	63	0.2613	974	1037
3.09-3.16	0.2631	56	0.2696	969	1025
3.16-3.24	0.2786	61	0.2602	1005	1066
3.24-3.33	0.3346	49	0.2455	1011	1060
3.33-3.42	0.3144	53	0.2398	1008	1061
3.42-3.53	0.2813	34	0.2365	1031	1065
3.53-3.66	0.3004	52	0.2164	1031	1083
3.66-3.81	0.2431	56	0.2087	1017	1073
3.81-3.98	0.2579	63	0.201	1023	1086
3.98-4.19	0.1901	65	0.1873	1016	1081
4.19-4.45	0.2124	55	0.1819	1043	1098
4.45-4.79	0.2033	52	0.1769	1049	1101
4.79-5.28	0.1903	47	0.1757	1059	1106
5.28-6.04	0.2601	52	0.2286	1073	1125
6.04-7.6	0.3118	53	0.2126	1081	1134
7.6-50	0.2027	65	0.1755	1108	1173

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param
X-RAY DIFFRACTION	5	AP29295_A_new.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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